El equipo, ahora designado como SG-1, está planeando su próxima incursión a través de la puerta mientras intentan mapear la variedad de sitios disponibles y localizar a sus amigos desaparecidos. O'Neill pide que Teal'c se le permita unirse a su equipo, pero el Gral. Hammond piensa que eso será poco probable dado que él es el huésped de un Goa'uld. Sin que nadie lo sepa, sin embargo, el amigo cercano de O'Neill, el Mayor Charles Kawalsky, líder del SG-2, ha sido infectado por un Goa'uld, una versión inmadura que aún no ha tomado el control completo del huésped. Kawalsky tiene apagones regulares durante los cuales el Goa'uld intenta regresar a la puerta. Una resonancia magnética revela cuál es el problema, pero es poco probable que la criatura que se ha fusionado a la columna de Kawalsky pueda ser removida quirúrgicamente. Mientras tanto, el Coronel Kennedy llega para interrogar a Teal'c, quien ha prometido lealtad a su nuevo mundo.

En una misión de observación astronómica de agujeros negros, SG-1 encuentra una epidemia masiva y mortal de bacterias en un planeta donde los nativos les dijeron a Daniel, incrédulo en ese momento, hace meses que el próximo eclipse solar traería desastres. También llevan de vuelta a la Base de la Montaña Cheyenne a una joven huérfana llamada Cassandra, que ha sobrevivido y está relativamente sana, despertando el instinto maternal de Sam. Los rastros de Naquadah encontrados en su sangre resultan haberla hecho inmune, pero después de tener una convulsión, se diagnostica que constituyen una enorme bomba, de alguna manera activada al rescatarla; todo esto debe ser planeado como un "Caballo de Troya" por los Goa'uld. Sam toma la perspectiva de sacrificar a Cassie de manera personal y está dispuesta a correr riesgos personales.

SG-11 failed to report regularly while mining trinium, a vital mineral for earth's defense against the Goa'uld. SG-1 finds them missing, and all traces cease at the site of arrow-heads made from trinium. Then they are all sedated by such arrows and brought to the village of Tonané, whose earthly tribal ancestry Daniel identifies by its animal totems. However, they are soon awake and released, their guns even returned, and promised to get their friends back, too, from the wolf spirit T'akaya, and the raven-shaped supreme spirit Xe'ls. The council of elders refuses to allow resuming of the mining, which is disrespectful to nature, but Tonané is delegated to be shown alternatives on earth. Both teams return to SGC, or so it appears; in fact, SG-11 is a series of incarnated spirits, who are soon convinced the earthlings are most untrustworthy.

When the SG-1 team discover a sealed chamber of nine dead Goa'uld, Daniel Jackson is exposed to the parasites that killed them and threaten to drive him insane.