El equipo de Atlantis, junto con Weir y ahora con la capacidad de realizar grandes saltos en el hiperespacio solo con una jumper, debe ahora viajar al planeta de origen de los replicadores para robar uno de sus muchos ZPMs y traer de vuelta a la ciudad a la vida, y así completar el viaje hacia su nuevo planeta.

The entire city locks down for a false quarantine, leaving people stranded with a decreasing amount of oxygen, while Rodney is unable to reach a computer.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Dr. Carson Beckett is removed from stasis because he's the only one who can find the antidote to a mysterious virus that has incapacitated base personnel, beginning with Dr. Jennifer Keller.

Rodney está infectado con una enfermedad mortal conocida como "segunda infancia" que disminuye sus capacidades mentales y hace que pierda su memoria gradualmente.

Teyla arriesga su vida en una audaz misión a bordo de una nave colmena de los wraith.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.

Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.

Radek descubre un dispositivo alienígena que Rodney encuentra guarda sorpresas serias. Sheppard se encuentra con un Acastus Kolya reencarnado que planea atacar Atlantis. Llega un representante del COI para reemplazar a Woolsey, quien recibe consejos de una mujer misteriosa.

Una nave de combate Wraith llega a Atlantis y se muestra extrañamente poco comunicativa.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.