Una mujer joven se da cuenta de lo oscura que puede ser la ciudad en realidad cuando se entera de la verdad sobre su pasado. Clary Fray, que descubre el día de su cumpleaños que no es quien creía ser: una descendiente de una familia con un largo recorrido como Shadowhunters, híbridos entre humano y ángel que se dedican a cazar demonios. Ahora llevada al mundo de la caza de demonios tras el secuestro de su madre, Clary debe confiar en el misterioso Jace y sus compañeros Shadowhunters Isabelle y Alec para navegar este nuevo mundo oscuro. Con su mejor amigo Simon junto a ella, Clary ahora debe vivir entre hadas, brujos, vampiros y hombres lobo para encontrar respuestas que podrían ayudar a encontrar a su madre. Nada es lo que parece, incluyendo a su amigo de la familia Luke que sabe más de lo que dice, así como el brujo enigmático Magnus Bane que podría ser la clave para desbloquear el pasado de Clary.

Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.