Con Abruzzi volviéndose más desesperado por recuperar autoridad dentro de la prisión, parece que el tiempo de Fibonacci se ha agotado.

Michael recibe una visita de su esposa, mientras que Veronica y Nick reciben una visita de Quinn.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

El agente del F.B.I. Mahone decide utilizar a L.J. para llegar a Michael y Lincoln, haciendo un trato con él y haciéndolo engañar a los dos fugitivos para que revelen su ubicación. Michael y Lincoln deciden que solo pueden hacer una cosa: rescatar a L.J. en una audaz incursión en la cárcel del condado. Solo hay un problema, Mahone está personalmente custodiando a L.J. y no lo dejará fuera de su vista.

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

Michael, Linc y Nika son capturados por Bellick y Geary, quienes intentan recuperar el dinero de Westmoreland en Utah. Tweener continúa su viaje con Debra Jean. Abruzzi se reúne con su esposa e hijos y planea huir del país con ellos, pero decide ocuparse de Fibonacci primero. T-Bag tiene un susto cerca de la policía en una gasolinera de Nebraska, y luego se hace pasar por un marine que perdió una mano en Iraq. Mahone espera confirmación de la muerte de Michael y Linc en la explosión del automóvil, y al mismo tiempo obtiene pistas sobre uno de los otros fugitivos. Kellerman (haciéndose pasar por un adicto en recuperación llamado Lance) entabla amistad con Sara.

Michael y Linc llegan a Tooele, pero el mapa que necesitan para localizar la doble-K ranch está desaparecido. Se encuentran con T-Bag y Tweener, quienes también han venido a Tooele en busca del dinero de Westmoreland. Mientras tanto, C-Note se dirige en tren hacia Tooele. Sucre llega a Las Vegas e intenta detener la boda de Maricruz y Héctor. Sara invita a Kellerman a su apartamento, creyendo que no representa ningún peligro. En la oficina del FBI en Chicago, Mahone revisa los archivos recuperados del disco duro de Michael y comienza a juntar las piezas.

Mahone llega a Salt Lake City, tratando de localizar exactamente dónde están los fugitivos en Utah. Michael y Linc idean un plan con T-Bag y Tweener que les permitirá cavar en el lugar correcto. C-Note y Sucre se encuentran en la autopista y se dirigen hacia Tooele. Kellerman, en Washington, D.C., informa a Kim. El gobernador Tancredi llama a Sara con una advertencia.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.