El joven merlín es enviado por su madre a Camelot, para que tenga una vida mejor, donde aprenderá de Cayo, el médico del rey Uther, que cree que la magia es el mal y castiga con la muerte. Cuando se da cuenta de que Cayo Merlin ha mágico, telekinetic poderes que se compromete a mantener el secreto del niño. Uther ha ejecutado un brujo, cuya madre viene a Camelot bajo la apariencia de una hermosa niña de los encantos que el tribunal a dormir con su canto. Merlin sólo ve lo que está sucediendo y se mantiene despierto, el ahorro de la situación sin que se expone como un brujo. Como recompensa es ascendido a camarero de el hijo de Uther, Arthur.

Camelot es el anfitrión del torneo anual de espadas y caballeros, por ello los caballeros de todo el reino han llegado a competir por el ansiado titulo. Entre los que desean ganar la corona se encuentra el caballero Valiant.

A modo de maldición, la oscura hechicera Nimueh lanza una plaga que causa cientos de muertes sobre Camelot. El Rey Uther busca por todos los rincones del reino al brujo causante de esta epidemia, pero finalmente Merlín y Caius encuentran una solución cuando el padre de Gwen presenta los síntomas: la piel se vuelve blanca y las venas se oscurecen.

Nimueh fija en Merlín su objetivo y planea acabar con él aprovechando la celebración de la paz en Camelot con la visita del príncipe Bayard. Así, la hechicera prepara una bebida envenenada para el joven mago, que compartirá mesa con el Rey. Al probar el cáliz, Merlín cae enfermo. Según Caius, el único remedio para que se salve es encontrar la flor de una planta que crece únicamente en algunas peligrosas cuevas. Arturo se ofrece para ir a buscarlas, por lo que su padre se enfrenta con él, recordándole que Merlín es un siervo.

Merlín habría sido asesinado por un monstruo gigante (mitad águila, mitad león), si no hubiera sido por el valiente Lancelot, que se expuso para salvarlo. El sueño de Lancelot es convertirse en caballero, y Merlín, como agradecimiento, le lleva a la corte para que le nombren noble. Lancelot pasa las novatadas propias de su condición y combate contra Arturo como prueba, pero le encuentran como a un plebeyo y es encarcelado. Cuando el monstruo ataca Camelot, desde el castillo real las armas de los caballeros consiguen que no entre en el pueblo. Melín libera a Lancelot por arte de magia y lo ayuda a triunfar donde todos los demás caballeros no lo hacen. Pero ¿el rey Uther escuchará las súplicas de Arturo para permitir a la mejor espada servir con caballerosidad contra su ley?

En la sala real, Morgana cae enferma con una enfermedad cerebral a la que Gaius no encuentra cura con los lirios recolectados por Gwen. El misterioso curandero Edwin aparece en ayuda con su remido para curar todos los males, que en realidad elimina la maldición del escarabajo negro que había en los lirios. Agradecido, el rey Uther permitirá que Edwin se instale junto a Gaius en el tribunal médico. Gaius consigue que el bibliotecario real le deje acceder ilegalmente a los archivos secretos del rey Uther, probando que los padres de Edwin fueron ejecutados como hechiceros de magia negra. Después de consultar al dragón, que dice que debe elegir si el momento de Arturo y Merlín ha llegado, Gaius le dice a Merlín, el hijo que nunca tuvo, que su hora ha llegado. Edwin utilizará ahora otro escarabajo negro para condenar a Uther a una muerte lenta y agonizante como la de sus padres, pero se enfrenta a un gran riesgo: un duelo de magia con el principiante como Merlín.

Arturo rescata al anciano Aulfric y a su hermosa hija Sofía de ser secuestrados, tras lo que se instalan en Camelot. Además Arturo se enamora de Sofía y planean fugarse para casarse. Morgana está preocupada, porque ha tenido un sueño en el que Sofía ahoga a Arturo, por lo que confía su profecía a Merlín y Caius. Merlín sigue a Aulfric hasta un lago, donde descubre que tanto él como su hija Sofía son Sidhes, antiguos inmortales que han perdido su poder, y para recuperarlo tienen que asesinar a Arturo.

Arturo encuentra en Morgana una aliada una vez que ha decidido ayudarla a rescatarla. La pareja está desesperada por rescatar al pequeño de los contrabandistas, pero la operación se vuelve peligrosa cuando el malvado Uther declara que todo el mundo que intente esconder a un niño estará condenado a muerte.

El Caballero Negro irrumpe en las celebraciones de Arturo retando a todo el que quiera luchar contra él. Gaius descubre que el cuñado muerto de Uther, que ha aparecido de nuevo tras ser convocado por la bruja Nimueh, está buscando venganza por la muerte de su hermana, que murió dando a luz a Arturo.

Merlín vuelve a casa con Gwen, Morgana y Arturo y en el camino, éste último intenta pacificar a unos aldeanos que se encuentran en medio de un combate.

Arturo y Merlín van de caza cuando se cruzan con un animal. A pesar de las protestas de Merlín, Arturo termina matando a la bella criatura para brindárselo la a Camelot. Sin embargo, pronto se darán cuenta de que la leyenda de que matar a un unicornio da mala suerte: pronto los cultivos se marchitan y el agua del pozo se convierte en arena...

Cuando el padre de Gwen es encarcelado por traición y ejecutado por requerimiento de Uther, Morgana decide que debe vengarse. Merlín es sorprendido al descubrir lo lejos que Morgana es capaz de llegar, cuando desenmascara un complot para matar al rey.

Amistad, lealtad y amor son puestos a prueba en el último episodio de la serie. Merlín se ve forzado a elegir entre aquello que más ama en el mundo. ¿Qué tendrá que sacrificar merlín para proteger su destino?