Harm forma equipo con Sarah McKenzie y el Teniente Roberts con el objetivo de investigar el robo de la Declaración de la Independencia. Se descubre que el robo es obra del Coronel O´Hara, que resulta ser el tío de Harm.

Un condenado se escapa y llega hasta las dependencias del Coronel Chegwidden, donde lo toma como rehén junto con Mac y Bud. Mientras, Harm, desde el exterior trata de resolver la situación con la ayuda de Webb. Pero entre los dos no pueden hacerse con el secuestrador y tienen que recurrir a los Swat.

Harm descubre que varios miembros de del equipo han muerto en extrañas circunstancias. Además descubre que el admirante Chegwidden y su equipo formaron parte de la CIA durante la guerra de Vietnam. De esta forma sospecha que las muertes pueden estar relacionadas con esa guerra, así que comienza una investigación. Con ello, descubre que se trata de un complot para eliminar a todos los testigos de un terrible accidente que ocurrió durante la misión.

Harm es asignado a la escolta a de una exuberante y encantadora princesa rumana, cuya vida ha sido amenazada por que su padre ha solicitado ingresar en la OTAN. Mientras tanto, Bud intenta comenzar de un romance con Ens.

Una cabecilla de la droga colombiana quiere negociar con la vida de un Marinero que fue dejado atrás en una misión encubierta de secuestra que no salió bien.

Harm y Mac investigan el descubrimiento del cuerpo de un piloto a bordo de un portaviones en desuso, lo cual les lleva a descubrir una lista de MIAs (militares desaparecidos) y de POWs (prisioneros de guerra) en la que aparece el nombre del padre de Harm, que supuestamente sigue con vida y bajo el control de la KGB en Rusia. La lista desaparece antes de que ellos puedan actuar en consecuencia.

Harm es arrestado por el FBI acusado del asesinato de Konaplanik, un ruso que supuestamente le había vendido a Harm información sobre el paradero de su padre desaparecido El asesino pasará a ser el Coronel Tomashevsky, un agente ruso que seguía la pista de Konaplanik un conocido falsificador de arte. Clayton Webb, el agente de la CIA que ocasionalmente trabaja con Harm arregla la huida de este esperando que Tomashevsky trate de contactar con él. Cuando Harm es llevado a juicio opta por no obtener los servicios del JAG para que sea Mac quien le defienda, la cual es ahora una abogada civil. Harm será absuelto y Mac le pedirá al Almirante Chedwiggen su reincorporación al JAG.

Annie Pendry, la viuda del mejor amigo de Harm que murió en un accidente con su Tomcat, le pide ayuda a Harm porque Josh, su hijo de 10 años, quien no es propenso a inventarse historias, la dijo que había sido testigo de un secuestro y posible asesinato cuando estaba visitando la base de las fuerzas aéreas Andrews Durante la investigación Harm y Josh serán blanco de un tiroteo, por lo que Harm trasladará a Josh y Annie a su apartamento, mientras que Mac, Bud y Harriett se vuelcan en ayudarles. Harm descubre que el crimen original y el posterior tiroteo están relacionados con el robo de armamento secreto llevado a cabo por unos importantes traficantes de armas. Cuando Josh es secuestrado por el comerciante de la banda Harm, Mac y Bud idearán un plan para liberarle y atrapar a los traficantes.

El misterioso hundimiento de un lujoso yate perteneciente a un conocido traficante de drogas sudamericano llevan a Mac, Harm y Bud hasta Miami. Su investigación les conduce a tres veteranos retirados cuya causa es la de emprender una guerra privada contra los traficantes de la zona.

Tras conseguir una evidencia que parece probar que el padre de Harm se encuentra aún con vida en Siberia Harm convence al Almirante para que le de unos días libres y poder ir a Rusia con Mac de acompañante para que le haga de intérprete. Cuando llegan a Moscú son entrevistado por Mark Falcon, el agente de la KGB que había robado para Harm una lista de prisioneros de guerra y recibirán información adicional de manos del Coronel Parlovsky que fue el primero en entregarle a Harm la primera evidencia de que su padre se encontraba aún con vida en 1980. Con los Rusos bloqueando cualquier acceso a Siberia a través de tierra o de aire, con la ayuda de Alexi, un operario del mercado negro, consiguen robar un caza para lograr llegar a Siberia. Nada más aterrizar Falcon y Parlovsky abandonan a su suerte a Mac y Harm mientras que oficiales del ejército del aire ruso les esperan para matarles paro Mac y Harm logran hacer despegar al avión antes de que les alcancen los misiles.

Harm y Mac se encuentran investigando las pistas que han obtenido acerca del paradero del padre de Harm. Pero sus propósitos son algo arriesgados ya que tienen que estar huyendo de los agentes de la KGB. Por su parte, los rusos informan de que ambos marines americanos han muerto en un accidente de avión. Sin embargo, el Almirante Chegwidden no se cree esta versión y se traslada a Rusia para buscarlos.

Durante una fiesta en la Embajada de Sudán, Harm y Mac llevan a cabo una investigación sobre un secuestro. Mientras tanto, Bud sospecha que Harriet está sufriendo algo más que síntomas de gripe.

Harm y Mac tienen que presentar un folleto en el que explican que el avión que se estrelló en Irán fue a causa de un fallo mecánico. Pero el caso se complica cuando se descubre el elevado coste del avión.

Harm y Mac están buscando al asesino del agente de la CIA que apareció muerto a bordo de un buque. Ambos descubren que todo esto es debido a una misión secreta sobre armas de alta tecnología. Además averiguan que un ex agente de la CIA está trabajando en el espionaje al margen de la ley.

El Almirante Chewidden y Clayton Webb deciden formar un equipo para salvar a un agente italiano de la CIA de los terroristas. Webb ya lo intentó, pero sin éxito. Ahora, ambos irán a Italia para poner en marcha una peligrosa trampa para los terroristas, que en caso de no salga bien, podrá matar a los participantes.

El Almirante Chegwidden envía a Harm y a Bud a Australia para representar a un oficial de la Marina, Kevin Lee, que reaparece 28 años después de haber sido supuestamente asesinado. Lee asegura que mató por accidente a su enemigo australiano y que tuvo que cambiar su identidad fruto del pánico. Ahora, acusado de asesinato y robo de identidad, va a ser juzgado en Australia.

El juicio de Lee toma un rumbo diferente cuando la mujer del acusado, Kevin Lee, cambia su testimonio. El oficial ve como sus opciones para librarse de los cargos de los que se le acusa, cada vez son menores. A pesar de todo, Harm y Bud lucharán para que gane el caso.

Harm y Mac deben investigar un caso en el que los americanos son acusados de haber disparado y asesinado a civiles durante la Guerra de Corea. Para ello, deberán viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados veteranos demandados. El viaje se complica cuando unos terroristas coreanos se hacen con el control de la aeronave y se toman la justicia por su mano.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.

Harm tendrá que viajar a Rusia para ayudar a los rusos a mejorar sus métodos de enjuiciamiento militar. Allí se verá envuelto en una investigación de corrupción.

Harm tendrá que enfrentarse con el hecho de que su recién descubierto hermano por parte de padre (Sergei) es acusado de un crimen por el que puede ser condenado a la pena capital. A su vez Mac viaja hasta Rusia para impedir que se cometa un asesinato presidencial

Boone está a punto de convertirse en Comandante de la sexta flota. Sin embargo, un informante anónimo le acusa de haber matado a civiles durante la Guerra de Vietnam. Mac y Harm tan sólo tendrán cuatro días para investigar las acusaciones.

El consejo de guerra contra el Almirante Boone sigue su curso mientras Harm y Mac ven cómo se complica su futuro militar.

Bud lleva a juicio al doctor de Harriet al que acusa de haber cometido una negligencia en la muerte del hijo que estaban esperando. El caso amenaza con poner en peligro su carrera. Cuando Harriet se recupera, desvela un secreto acerca de su pasado. Mientras tanto, Webb le dice a Harm que su hermano ha desaparecido en territorio Checheno, tras verse obligado a hacer un aterrizaje de emergencia en una misión.

Harm y Mac viajan a Bahrein para aclarar si la mujer que apareció en un barco de los terroristas que atacaron a los navíos de EEUU, fue obligada a ayudar a sus captores o se trata de una participante voluntaria. Por otro lado, Clayton Web solicita ayuda para investigar a un terrorista que planea poner otra bomba en EEUU en 48 horas.

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.

Harm se hace cargo de un nuevo caso. Esta vez alguien está cometiendo varios asesinatos dentro de un centro de seguridad naval y entre las víctimas mortales se encuentra un buen amigo suyo. Sin embargo, Harm verá obstaculizada su labor como investigador por el servicio de inteligencia. A su vez, Reene le comunicará una noticia que dejará a Harm totalmente sorprendido. Mientras, Mac se centra en buscar a la pequeña que les ayudó a escapar del edificio del consulado en Indonesia.

Una oficial es acusada de robo en los días festivos de Navidad, en los que no debía trabajar. Harm deberá hacerse cargo de este nuevo caso y defender a la mujer de dichas acusaciones.

Un sospechoso de pertenecer a la organización terrorista de Al –Queda es procesado por Harm y Mac. Ambos le llevaran a un tribunal militar estadounidense.

Tras un terrible accidente de tráfico, en el que una mujer con su bebe se vieron obligados a salirse de la calzada porque un vehículo, conducido por un juez naval, circulaba de manera extraña, Harm deberá defender a este hombre, que ha sido acusado de homicidio involuntario.

Harm y Mac acuden al lugar de un trágico accidente ocurrido en Afganistán que se ha cobrado varias vidas. Por otra parte, continuarán persiguiendo a los terroristas de AlQaeda que planean un atentado contra la Marina de los EEUU. Un terrorista de AlQaeda se encuentra trabajando junto con un oficial ruso. Ambos están planeando llevar a cabo un terrible ataque contra los EE.UU, que los miembros del JAG han descubierto e intentarán evitar.

Un terrorista de al-Qaeda trabaja junto con un oficial ruso, para planear y llevar a cabo un terrible ataque contra los Estados Unidos.

Harm, Mac y Turner se enfrentan a un poderoso abogado de la CIA al descubrir que pretendía mantener en secreto la tragedia ocurrida a un submarino en el que murieron 129 hombres. El equipo debe encontrar una manera de acceder a la información que tiene la CIA sin saltarse las reglas y siguiendo las órdenes del nuevo Secretario de la Marina.

Un año antes, a Sturgis le fue asignado el caso de Bud, para que actuara en su defensa. Sin embargo, la capacidad de este abogado para ejercer sus funciones está ahora en tela de juicio, y Sturgis deberá confiar en su cliente para obtener resultados óptimos en el juicio. Mientras, Clayton Weeb deberá ayudar a la CIA a impedir que unos terroristas se hagan con unos misiles, para ello contará con la ayuda de Mac, que se hará pasar por la mujer embarazada de Webb.

Mac y Webb continúan en Paraguay en su misión, intentando impedir que los terroristas y los traficantes de drogas se pongan en contacto para la operación de compra de los misiles. Mientras, Harm continua enfrentándose a sus sentimientos respecto a Mac, y busca en Catherine Gale la ayuda necesaria para superar su situación personal.

Webb y Mac continúan desaparecidos en América del Sur. Harm decide ir a buscar a Mac, aún sabiendo que esto puede suponer el fin de su trabajo en el JAG, y que tenga que interponer su dimisión.

Harm, Mac, Webb y Gunny continúan en Paraguay buscando al terrorista Sadik. Sin embargo, la búsqueda se complicará cuando los sentimientos de Harm se vean implicados en el caso.

Harm vuelve a Washington y quedará sorprendido cuando descubra que el Almirante Chedwidden ha procesado su dimisión a través de los canales oficiales.

Mac continúa atormentada por sus sentimientos tras tener que matar a Sadik Fahd.

El Almirante Chedwidden revelará una sorprendente decisión y Mac tendrá noticias acerca de su salud.

Mac es incapaz de aceptar la muerte de Clayton Webb y su vida correrá peligro cuando intente averiguar lo ocurrido.

Harm, Mac y Turner se enfrentan a un poderoso abogado de la CIA al descubrir que pretendía mantener en secreto la tragedia ocurrida a un submarino en el que murieron 129 hombres. El equipo debe encontrar una manera de acceder a la información que tiene la CIA sin saltarse las reglas y siguiendo las órdenes del nuevo Secretario de la Marina.

Harm y Mac están buscando al asesino del agente de la CIA que apareció muerto a bordo de un buque. Ambos descubren que todo esto es debido a una misión secreta sobre armas de alta tecnología. Además averiguan que un ex agente de la CIA está trabajando en el espionaje al margen de la ley.

Un año antes, a Sturgis le fue asignado el caso de Bud, para que actuara en su defensa. Sin embargo, la capacidad de este abogado para ejercer sus funciones está ahora en tela de juicio, y Sturgis deberá confiar en su cliente para obtener resultados óptimos en el juicio. Mientras, Clayton Weeb deberá ayudar a la CIA a impedir que unos terroristas se hagan con unos misiles, para ello contará con la ayuda de Mac, que se hará pasar por la mujer embarazada de Webb.

Webb y Mac continúan desaparecidos en América del Sur. Harm decide ir a buscar a Mac, aún sabiendo que esto puede suponer el fin de su trabajo en el JAG, y que tenga que interponer su dimisión.

Mac y Webb continúan en Paraguay en su misión, intentando impedir que los terroristas y los traficantes de drogas se pongan en contacto para la operación de compra de los misiles. Mientras, Harm continua enfrentándose a sus sentimientos respecto a Mac, y busca en Catherine Gale la ayuda necesaria para superar su situación personal.

Una cabecilla de la droga colombiana quiere negociar con la vida de un Marinero que fue dejado atrás en una misión encubierta de secuestra que no salió bien.

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.

El consejo de guerra contra el Almirante Boone sigue su curso mientras Harm y Mac ven cómo se complica su futuro militar.

Una oficial es acusada de robo en los días festivos de Navidad, en los que no debía trabajar. Harm deberá hacerse cargo de este nuevo caso y defender a la mujer de dichas acusaciones.

Harm es arrestado por el FBI acusado del asesinato de Konaplanik, un ruso que supuestamente le había vendido a Harm información sobre el paradero de su padre desaparecido El asesino pasará a ser el Coronel Tomashevsky, un agente ruso que seguía la pista de Konaplanik un conocido falsificador de arte. Clayton Webb, el agente de la CIA que ocasionalmente trabaja con Harm arregla la huida de este esperando que Tomashevsky trate de contactar con él. Cuando Harm es llevado a juicio opta por no obtener los servicios del JAG para que sea Mac quien le defienda, la cual es ahora una abogada civil. Harm será absuelto y Mac le pedirá al Almirante Chedwiggen su reincorporación al JAG.