Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Después de un vistazo al futuro, se desvela quién disparó a Nathan. Matt lo persigue y acaba en un desierto. Hiro recibe un importante mensaje de su padre. Sylar visita a Claire. Maya le da una idea a Mohinder para su investigación. Nathan se recupera y recibe una visita de Linderman

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le h acambiad. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Viendo un futuro en el que casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a la destrucción, Peter decide intentar evitar el fin de la tierra cueste lo que cueste. Esto le lleva a hacerse con un oscuro e incontrolable poder para conseguir salvar al mundo, arriesgándose a que le destruya a él y a todos los que aprecia primero. Por otro lado y después de permitir que la mitad de “la fórmula” de Angela fuera robada, Hiro y Ando se proponen descubrir la identidad del villano que contrató a Daphne, y para ello deben consultar a la persona que más sabe sobre ellos… Adam Monroe. Por su parte, y después del baño de sangre en el banco, HRG decide librarse de su compañero, mientras que Claire, convencida de ser una heroína, se echa a la carretera para perseguir a uno de los villanos que aparecía en los antiguos ficheros de HRG. Mohinder cede a sus impulsos, mientras que Linderman y Molly vuelven de forma inesperada. Un nuevo romance aparecerá entre dos de nuestros Heroes.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca. Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando. Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos. En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy luchan por sus vidas ante un monstruoso y muy cambiado Suresh, y conseguir escapar junto a Maya y al resto de sujetos que usa como cobayas. Elle vuelve con una sorpresa para Claire y su familia. Mientras tanto, conociendo el despiadado intento de sus rivales en Pinehearst por derrotar a Peter, Angela intenta convencer a Sylar para que salve a su hermano. Como no se va a unir a los Villanos, el jefe de Daphne le manda acabar con Matt... o acabar muriendo ella. Bajo los efectos del poder del vidente africano, Hiro se cuestiona la validez de los consejos que le da Usuto sobre cómo enfrentarse a sus enemigos.

Después del ataque preventivo contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que capturen a su hijo Peter y a su nieta Claire. Nathan queda atónito con la noticia de que su padre está vivo, y que se encuentra al frente de un grupo de villanos cuyo fin es destruir el mundo. Mientras tanto en Pineahearst, Sylar se enfrenta a Elle. Suresh comienza las pruebas con su nueva fórmula combinando poderes. Más tarde, con el resto muertos, heridos o escapándose, Matt intenta despertar a Angela.

Después de reunir a Sylar y Elle, Arthur les ordena que encuentren a Claire y que se la traigan. Matt, Hiro y Ando se reunen como equipo y siguen a Daphne a su lugar de nacimiento de Atenas, Georgia, para así descubrir lo que ella tanto esconde. Mientras, Nathan y Peter Petrelli viajan juntos a Haiti en busca del único hombre que puede detener a su padre en la destrucción del mundo, el Haitiano.

El eclipse continua impactando en las habilidades de los héroes mientras Elle y Sylar se enfrentan a un vengativo H.R.G. mientras Claire lucha por sobrevivir. En Haiti, Peter y Nathan unen sus fuerzas con el Haitiano para luchar contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan llega a tomar una decisión muy chocante. Mientras, Ando, Sam y Frack trabajan duramente para que Hiro recupere su memoría con la ayuda de los cómics de "9th Wonders" en una tienda de cómics local.

Con la esperanza de encontrar una manera de detener a Arthur, Hiro y Claire se alían juntos y viajan 16 años al pasado, cuando Kaito da a Claire a H.R.G. A su vez, Peter y el Haitiano se unen para acabar con Arthur de una vez por todas pero son interrumpidos por Sylar. Mientras, en el laboratorio, Suresh da un gran paso con la fórmula que cambiará todo.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales. Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento. Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.

Meses después de las explosiones ocurridas tanto en Pinehearst como en Primatech, nuestros héroes intentan dar la espalda al pasado y comenzar con sus nuevas vidas. Ahora sin poderes, Hiro intenta entrenar a un nuevo Ando para que sea un verdadero superhéroe. Suresh vuelve a ser un taxista, Peter volveráa salvar vidas, y Daphne y Matt intentarán vivir como una pareja normal. El intento de Claire para vivir una vida normal y corriente dura poco cuando descubre un plan malvado, con Nathan a la cabeza, para perseguir y capturar a aquellos con poderes. Mientras, Sylar comienza la búsqueda de sus verdaderos padres.

Siguiendo una cadena de sucesos no esperados, nuestros Heroes siguen escapando de su último adversario y de uno de ellos, Nathan Petrelli. Después de que Matt pintase una serie de imágenes proféticas, se revelará el destino trágico de alguien cercano a él. Mientras, Sylar continua buscando a su padre y encontrará a un joven marginado con información y con una habilidad propia.

Mientras sigue como rehén, HRG es sometido a un método único de interrogación por parte de Matt Parkman, revelando como se llegó a involucrar con el plan gubernamental de Nathan para capturar a aquellos con poderes. Mientras, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a enfrentarse cara a cara con The Hunter.

HRG convence a Emile Danko, más conocido como The Hunter, para que libere a Tracy del "Edificio 26"(Building 26), con la esperanza de que ella le conduzca a Rebel. Cuando Angela evita la captura, ella visita a una vieja amiga en busca de ayuda. En Los Angeles, Hiro y Ando continuan con su última misión encomendada por Rebel para proteger a un nuevo héroe.