Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Sue presiona a Will para que abandone el coro y le recuerda que el reglamento exige un mínimo de 12 componentes para participar en el campeonato regional. Para atraer a nuevos talentos, preparan una actuación en el instituto, pero la canción elegida crea discrepancias.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Kurt decide inscribirse en el equipo de fútbol americano del instituto para tapar las sospechas de su padre sobre su sexualidad. Quinn le dice a Finn que está embarazada y que el hijo es de él. Sue se alía con Sandy, el ex director del coro, para conspirar contra Will.

Tras la baja de Rachel del coro, Will no sabe cómo suplir a la cantante principal. Cuando descubre que cualquier alumno que no se haya graduado puede formar parte del club, recurre a April Rhodes, una ex compañera suya de gran talento que jamás acabó los estudios.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Sue trata de provocar la discordia entre los miembros del Glee Club, pero el verdadero enfrentamiento comienza cuando ella y Will deben ir a la oficina del director.

Puede que Artie no pueda viajar con el grupo a la competición, así que Will reta a los chicos a experimentar la vida desde un punto de vista diferente.

Llega el momento de las fotografías del anuario escolar y los miembros del club Glee tienen miedo a ser víctimas de las burlas del resto de la escuela. Rachel intenta motivarlos haciéndoles participar en un anuncio de colchones, lo que trae sus consecuencias negativas para el club y para su director. Will descubre que Terry no está embarazada y se separa de ella.

El club Glee debe enfrentarse a la competición eliminatoria con la ausencia de Will y con la trampa tendida por Sue, que ha revelado a sus competidores la lista de temas que interpretarán por lo que en el último momento deben cambiar el repertorio. Finn se entera de la mentira del embarazo, lo que desestabiliza al club. Will se da cuenta de sus sentimientos por Emma y antes de que se vaya decide confesarle sus sentimientos.

La victoria en las Eliminatorias ha hecho que el club Glee se sienta más relajado, pero el director Figgins no va a seguir financiando el coro si no ganan los Regionales. Sue va a impedirlo por todos los medios, y para ello se entrometerá entre Finn y Rachel.

Mr Schuester ha escuchado a las chicas quejarse de cómo las tratan sus compañeros. Además, animado por una actuación de las animadoras, decide retar al Glee Club a que interpreten un tema de Madonna.

Will comienza una investigación en el Glee Club a raíz de la aparición de una lista salaz. Por otro lado, Sue recibe de su propia medicina cuando es humillada con un vídeo suyo imitando a Olivia Newton-John.

En un episodio dirigido por Joss Whedon, ganador del premio Emmy, el antiguo rival del señor Schuester en el instituto, Bryan Ryan, causa problemas al Glee Club.

El señor Schuester anima a los chicos del Glee Club a expresarse a través de la música de Lady Gaga. Mientras tanto, Tina explora su lado gótico.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

Ha llegado el momento que Nuevas Iniciativas estaba esperando: ¡el concurso estatal! Pero tras el juego sucio de Sue, sus posibilidades de ganar podrían peligrar.

Cuando Will y Sue son bombardeados por los recortes presupuestarios, Finn y Rachel tratan de encontrar nuevos reclutas para New Directions, mientras tanto al equipo de fútbol se agrega la nueva entrenadora de fútbol americano Shannon Beiste, que temporalmente deja a Finn fuera del equipo por Sam, Quinn sustituye a Santana como jefa de las Cheerios, Tina y Mike empiezan a salir, Charice es la estudiante de intercambio de Filipinas.

Cuando New Directions quiere llevar a cabo canciones de Britney Spears en la Fiesta de la Asamblea, Will se resiste a aceptar. Al mismo tiempo, Brittany, Santana, Rachel, y Artie van a la consulta del dentista y nuevo novio de Emma, Carl, para tener sus dientes limpios, la experiencia de Britney Spears les hace fantasías mientras están bajo anestesia. Artie se une al equipo de fútbol.

Al ver el rostro de Jesús en su sándwich de queso a la parrilla, Finn tiene una crisis existencial, debido a esto, los chicos hablan de religión y la importancia para ellos. Kurt también se enfrenta a una crisis cuando su padre Burt tiene un ataque al corazón y queda en estado de coma. Sue tiene sus propias creencias y habla con su hermana Jean acerca de Dios también.

Después de que Will se entera del nuevo amor de Emma por The Rocky Horror Picture Show, impulsivamente decide que el club Glee interprete la música, sin embargo, hay un problema tras otro, incluyendo a Sue quien va encubierta para exponer al club ante los límites en la televisión.

Will Schuester presenta la segunda competición anual de chicos contra chicas. Entretanto, Puck finalmente sale del centro de detención de menores.

Will se enferma y es reemplazado por la profesora suplente Holly Holliday (estrella invitada Gwyneth Paltrow). Mientras tanto, Sue se hace cargo como directora cuando Figgins también se enferma, y dobla su poder en la secundaria.

El personal educativo hace el típico intercambio de regalos de Santa, pero Sue altera el resultado a su favor. Mientras tanto, Finn decide aclarar su mente con las vacaciones de invierno que se avecinan. Artie descubre que Brittany todavía mantiene la creencia en Santa Claus.

Está planeada una gran actuación en el descanso del partido de fútbol americano en el instituto McKinley. Los animadores de Sue tienen problemas en el estatal.

Rachel intenta volver al nivel social alto de la secundaria McKinley, con la ayuda de Brittany. Sam forma una banda tributo con los chicos del club (a excepción de Finn), interpretando dos canciones de Justin Bieber.

El señor Schuester hace que el club cante una canción sobre el consumo de alcohol entre menores, pero el mensaje podría perder impacto cuando llegan a clase con resaca.

Finn le rompe la nariz a Rachel de forma accidental durante un ensayo de baile. La campaña para convertirse en reina del baile se caldea entre las chicas.

Piden al grupo Nuevas Iniciativas que actúe en el baile tras la cancelación de Air Supply. Los estudiantes intentan conseguir pareja para el baile de graduación.

Will asigna el proyecto Purple Piano («piano violeta») a Nuevas Iniciativas y Sue comienza su campaña para ocupar un puesto en el congreso. Blaine se traslada al Instituto McKinley y Kurt y Rachel se plantean su inscripción en una prestigiosa universidad de teatro y comedia musical.

Shelby Corcoran regresa a los pasillos del instituto McKinley. Mientras, el señor Schuester inicia un taller para algunos de los miembros de Nuevas Iniciativas.

Mike está bajo presión para dejar Nuevas Iniciativas; Rachel y Mercedes se volverán a enfrentar una vez más por el papel principal de la obra escolar que hasta ahora tiene resultados inciertos.

Un nuevo estudiante de intercambio extranjero, Rory Flanagan (Damian McGinty) llega a la secundaria Mckinley.

Sue comienza una campaña de desprestigio para derrotar a su mayor rival en la carrera por un escaño en el Congreso.

La carrera por la presidencia de la secundaria McKinley llega a su fin. Llega el día de la elección de Sue. La vida se hace más complicada para Quinn y Puck. Santana es rechazada por su abuela después de confesar su homosexualidad, y Rachel pone en peligro los planes de New Directions al no participar en el coro de la próxima competencia de las Locales ya que cambia las votaciones en favor a Kurt y es expulsada una semana.

Un nuevo profesor de español llega a la secundaria McKinley, su nombre es David Martínez (Ricky Martín) y llega a enseñar música en español. Will y Sue son denunciados por alumnos "anonimos" (Santana y Becky) por enseñar de mala manera en sus funciones y ser poco profesionales.

El amor está en el aire para las personas de la secundaria McKinley, es el segundo episodio del Día de San Valentín de Glee. 62 Los padres gay de Rachel, Hiram y LeRoy Berry (Jeff Goldblum y Brian Stokes Mitchell) hicieron su debut.

Las cosas se calientan cuando el grupo Nuevas Iniciativas y los Gorriones, de la Academia Dalton, se enfrentan en el estatal.

El hermano mayor de Blaine, Cooper Anderson (Matt Bomer) hace su debut, 72 quien es un actor de Hollywood, llega a Lima para una visita a su hermano, y se queda un tiempo en la ciudad para dar una clase magistral a New Directions de actuación. Los miembros del club hacen un día de "graduados" en Six Flags. Y el destino de Quinn después del accidente es revelado.

Brittany organiza el baile de graduación con temática de dinosaurios, mientras tanto Rachel crea el baile anti-graduación. Finn se da cuenta que Quinn puede caminar, enfadandose con ella y con Joe por ocultarlo.

New Directions compite en las nacionales de 2012, realizada en Chicago, Illinois, Ellos compiten frente a los jueces interpretados por Lindsay Lohan, Perez Hilton y Rex Lee.

Se efectuan las graduaciones de los alumnos del año 2012.

Brittany Pierce se siente triste y se refugia en la música de Britney Spears. Mientras tanto, a Rachel le cuesta adaptarse a la vida en Nueva York.

Si inician las pruebas para la producción escolar de "Grease", y Marley, Jake, Kitty y Ryder, el jugador de fútbol, compiten por los papeles protagonistas.

Rachel y Kurt llegan de visita cuando el Glee Club va a estrenar su producción de "Grease". Mientras tanto, Santana vuelve para echar una mano.

Nuevas Iniciativas deja atrás las eliminatorias y Finn reflexiona sobre su futuro con el club. Mientras, Kurt vuelve a tener otra oportunidad en una segunda audición.

Para recaudar fondos, el Glee Club organiza una sesión de fotos para un calendario. Mientras, Rachel se enfrenta a un dilema moral debido a un papel en una película.

Los chicos de Nuevas Iniciativas se preparan para el estatal. Sin embargo, ocurre algo inimaginable que les da otra visión del asunto.

El instituto McKinley se queda sin luz y los miembros de Nuevas Iniciativas aprovechan el momento para tocar en acústico.

Los miembros de Nuevas Iniciativas rinden homenaje a los Beatles y cantan clásicos como "Yesterday", "Drive My Car" y "A Hard Day's Night".

La fiebre por los Beatles continúa en el McKinley y es hora de votar por la reina y el rey del baile. Nominan a Tina, pero su actitud desagrada a sus seguidores.

La familia McKinley del pasado y del presente celebra la vida de Finn Hudson con interpretaciones de canciones como "Seasons of Love" y "Fire & Rain".

Los alumnos acusan a Blaine de ser demasiado controlador en su plan para ganar el nacional. Kurt también tiene problemas de control con el primer concierto de la banda.

Santana consigue el papel de suplente de Rachel en "Funny Girl". Entretanto en Lima, Tina y Artie compiten por hacerse con el puesto del alumno de honor.

Rachel lidera el grupo Nuevas Iniciativas y las voces en Lima empiezan a cambiar. Blaine instruye a los Gorriones y el señor Schue dirige al grupo Vocal Adrenaline.

Se acerca una gala de coros invitados y Sue se esfuerza por sabotear a Rachel y a Will, por no mencionar la relación entre Blaine y Karofsky.

Nuevas Iniciativas vuelve al año 2009 y los miembros originales revelan por qué se inscribieron en el Glee Club.

En este emocionante broche final de la serie, el instituto McKinley se despide y los antiguos y actuales miembros del Glee Club dicen adiós para siempre.

Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Si inician las pruebas para la producción escolar de "Grease", y Marley, Jake, Kitty y Ryder, el jugador de fútbol, compiten por los papeles protagonistas.

Un nuevo estudiante de intercambio extranjero, Rory Flanagan (Damian McGinty) llega a la secundaria Mckinley.

Las cosas se calientan cuando el grupo Nuevas Iniciativas y los Gorriones, de la Academia Dalton, se enfrentan en el estatal.

Brittany organiza el baile de graduación con temática de dinosaurios, mientras tanto Rachel crea el baile anti-graduación. Finn se da cuenta que Quinn puede caminar, enfadandose con ella y con Joe por ocultarlo.