El vuelo 627 aterriza con todo el pasaje y la tripulación muerta en extrañas circunstancias. Parece que un virus haya "derretido" sus cuerpos. La Agente del FBI Olivia Dunham es la encargada de averiguar que es lo que ha ocurrido. Para ello necesitará la ayuda de un científico calificado como el Einstein de nuestra generación llamado Walter Bishop, que lleva encerrado en un psiquiatrico 20 años por un supuesto incidente en sus experimentos. Bishop le ayudará a comunicarse con su compañero John, que se encuentra en estado de coma, para poder dar con el responsable de lo ocurrido en el avión.

Olivia, junto con Peter y Walter Bishop, investigan la extraña muerte de una mujer que tiene un hijo muy especial. La mujer estaba embarazada tan solo de unas horas, y pese a ello, dio a luz a un bebé totalmente formado, y en tan solo unos minutos se desarrolló como hasta parecer un niño de 8 años. Olivia va a hablar con Nina Sharp de la empresa Massive Dynamic para pedirle ayuda.

Aparece un hombre que tiene visiones del futuro. Éste ve un ataque terrorífico, y el equipo, liderado por el Dr. Bishop, intenta evitar que este ocurra.

La aparición de un misterioso cilindro genera comportamientos extraños y revelaciones sorprendentes. Un hombre calvo y sin cejas que ha sido visto en episodios previos habla por primera vez. Walter le cuenta a Peter que en su niñez ocurrió un episodio casi fatal para él.

Joseph Meegar es un gris mensajero con una inquietante capacidad para conducir la electricidad. Tras salir ileso del accidente de un ascensor que se precipita al vacío, huye del lugar dejando a su paso una serie de extraños incidentes eléctricos. La investigación de los hechos pone a la agente Dunham y sus colaboradores sobre la pista del propietario de una serie de clínicas de dudosa reputación, acusado de realizar experimentos ilegales con sus pacientes.

El equipo investiga a una mujer que reaparece tras semanas de su desaparición con una rara enfermedad. Tambien causa sin explicación dolor y muerte a la gente que encuentra.

Cuando un extraño parásito se engancha a los órganos internos de un agente del FBI moribundo, Olivia sospecha que existe una conexión con el Patrón; Peter and Walter aprovechan las ondas cerebrales de un cadáver.

Walter cree que la abducción de un joven músico prodigio está relacionada con su antiguo compañero de litera en el hospital St. Claire.

Un empleado de Massive Dinamic muere tras el misterioso ataque de una especie de mariposa y el agente Scott desea investigar el caso a pesar del descontento de Olivia. Mientras, Peter tiene que luchar con varios enemigos del pasado que le atormentan.

Tras el robo de un banco, uno de los ladrones ha quedado sepultado en una pared en extrañas circunstancias. El equipo se encargará de realizar una investigación exhaustiva que explique el caso, mientras todo apunta a que ha sido víctima de una emboscada de sus compañeros.

El FBI y un cada vez más desesperado Peter buscan a Olivia que ha sido secuestrada, a pesar de que el hombre que encabeza la investigación es el responsable de su secuestro. En tanto, un supervirus de la gripe mata a dos prestigiosos epidemiólogos.

El equipo científico es llamado para investigar la muerte de un vendedor de autos encontrado en un charco de su propio tejido cerebral disuelto, exactamente igual que otro muchacho en otro punto del país. Mientras que el Dr. Bishop intenta determinar la causa descubre una curiosa conección entre las víctimas.

El equipo científico se involucra en un bizarro caso cuando se descubre el deformado cuerpo de un pasajero del accidentado vuelo 718. La memoria de Olivia guía al equipo hacia una pista prometedora. Cuando las opciones se agotan, Olivia y Peter actúan de encubierto para desbaratar a una banda internacional de mercaderes de armas.

El convicto de la prisión alemana, David Robert Jones se entrega voluntariamente ante los oficiales del FBI e involucra a Olivia en un controvertido test de "voluntas y habilidad". El equipo científico investiga casos a diferentes víctimas que mueren al cerrarse repentinamente todos los orificios de sus rostros.

En los últimos segundos antes de la demolición de un edificio, se descubre a un misterioso niño, mudo, que ha estado viviendo solo bajo los cimientos. Cuando la división Fringe del FBI investiga el caso, se forma una conexión mental entre el niño y la agente Olivia Dunham. Mientras tanto, un asesino en serie vuelve a aparecer y muestra su 'arte' enseñando a sus víctimas públicamente. El niño se acomoda a su nuevo entorno, y Olivia con su equipo luchan contra el reloj para evitar que el asesino loco actúe otra vez.

Mientras que unos activistas de los derechos de los animales extraen cosas de un laboratorio, obtienen más de lo que esperan cuando uno de los “animales ” enjaulados libera un apetito feroz. Dejando grotescos cuerpos mutilados a su paso, la bestia -científicamente diseñada con el cuerpo de un león, garras de águila, colmillos de víbora, piel de rinoceronte y cola de serpiente- ataca a Charlie. Con la vida de Charlie en riesgo, Walter deberá enfrentarse cara a cara con su pasado, y con la bestia.

Un incidente de suicidio ocurre en la Estación Central de Nueva York, mientras que la Agente Dunham observa el suceso cuando duerme en Boston. Sacudidos por la extraordinaria coincidencia, Olivia, Peter y Walter investigan el suceso, sin logros. Mientras los eventos violentos continúan, y empeoran, Olivia entra en una dirección impensable y emergen detalles tremendos del manifiesto de ZFT , la droga experimental Cortexiphan, y la infancia de Olivia.

La División Fringe tiene un caso en el que se acumulan cuerpos -fuertemente mutilados- que han sido extraídos de su líquido espinal. La investigación les dirigirá a un científico con posibles lazos con la célula bioterrorista de ZFT, y les sorprenderá la identidad y motivos del asesino. Cuando los asesinatos aumentan su frecuencia, Olivia, Peter y Walter lo intentarán todo para detenerlos.

Olivia experimenta “sueños” despierta, con visiones complejas de cosas que no están realmente ahí. Mientras investiga el sorprendente caso de una mujer que sufrió combustión espontánea, Olivia deja de lado su cautela y explora sus inexplicables visiones. Mientras tanto, Walter da información clave del manifiesto ZFT y Peter revela un secreto …con resultados inesperados. La historia del episodio es de Akiva Goldsman.

Preparando el escenario para el dramático y revelador final de temporada tenemos el repentino e inesperado ataque a alguien cercano a la División Fringe, el regreso del bioterrorista David Robert Jones y la la inexplicable desaparición de Walter. Sabremos más acerca de los misteriosos eventos alrededor del trío cuando se hagan preguntas, se planteen observaciones, se prueben lealtades y el escurridizo William Bell sea -finalmente- presentado en el episodio final de la temporada.

La segunda temporada comienza con el impactante regreso de Olivia desde la desconcertante realidad alternativa, mientras Peter desconoce que compite con una onmipresente fuerza en una carrera contra el tiempo tratando de conseguir información de la visita de Olivia. Walter vuelve al laboratorio para cocinar algo de ciencia marginal y, por supuesto, unas natillas para el cumpleaños de Peter.

El grupo Fringe viaja a Pennsylvania para investigar un túnel subterráneo lleno de restos humanos. Mientras tanto, Walter experimenta con viajes entre realidades usando ranas.

Peter, Walter, Olivia y Broyles persiguen un extraño y mortal suceso en Philadelphia, donde una bomba estalló en una estación de tren sin dejar rastro de ningún tipo de explosivo. El complejo e inexplicable grupo de circunstancias hacen volver a Walter a su laboratorio para examinar más de cerca los restos humanos para descubrir una energía improbable que causó la explosión. Con la explosiva amenaza de más bombas y enlaces a un proyecto militar clasificado, la intensa investigación conduce a Peter y Olivia hasta Iraq.

Recuperándose de la traumática y alarmante reunión con el fundador de Massive Dinamyc, el doctor William Bell, la agente Dunham se toma un poderoso brebaje "fringe" preparado por el Dr. Bishop para estimular su memoria. Mientras tanto, la División Fringe investiga una serie de robos conectados con los cambiadores de formas. Los recuerdos corren y se siguen las pistas, conoceremos a otra mujer con la que experimentó el Dr. Bishop y un flashback revelerá más cosas de la visita de Olivia a la realidad alternativa.

El equipo de Fringe viaja al estado de Seattle después de conocer un misterioso incidente que involucra a un hombre que atacó a su jefe porque creyó que era un demonio con cuernos de carnero. Como las piezas del puzzle continúan, el equipo explora sin descanso extraños y pavorosos enlaces a sueños. Buscando información adicional, el agente Broyles tiene una desconcertante reunión con Nina Sharp de Massive Dynamic que llevará la investigación hacia una increíble dirección.

Una adolescente es diagnosticada como muerte cerebral y su madre decide desconectarla de las máquinas de soporte vital, pero cuando los médicos van a abrirla para extraer sus órganos, la joven despierta gritando un código alfanumérico. Tan increíble como su resurrección es el hecho de que ahora puede hablar en ruso y posee información clasificada tan solo al alcance de altos rangos militares. Mientras las condiciones mentales de la joven mejoran intensamente, Walter desempolva viejos videos del laboratorio y descubre una hipótesis impensable, enviando a Peter y Olivia a investigar el desconcertante caso en uno original.

En la primera parte del final de la segunda temporada, Walter y Olivia viajan al universo paralelo, y el esperado enfrentamiento entre Walter y William se produce cuando la estrella especial Leonard Nimoy regresa.

En la segunda parte del final de temporada de dos partes, se harán sacrificios y ambos universos nunca podrán ser los mismos después de que Walter y Olivia visten el “otro lado”.

Olivia intenta encontrar el camino a casa después de ser sometida a engaños e interrogatorios en el universo paralelo. Los Bishop tratan de continuar con su vida tras los descubrimientos que han hecho de la infancia de Peter. Altivia inicia su misión de infiltración y espionaje en este universo sin levantar sospechas.

La División Fringe del Universo Alternativo investiga un experimento que permite la mejoría intelectual de los pacientes mediante drogas. El Secretario Bishop comparte su plan estratégico sobre la importancia de Olivia con el [[Phillip Broyles (Alternativo|coronel Broyles)]. Olivia empieza a tener visiones confusas mientras se adapta a la forma de vida de Altivia.

La División Fringe del Universo Alternativo tiene problemas para aclarar el escape de dos hermanos de un área en cuarentena. El Secretario Bishop continúa experimentando con la memoria de Olivia en un tanque de privación sensorial. Las visiones de Peter siguen acosando a Olivia mientras lucha con su nueva personalidad.

Una serie de secuestros infantiles provoca que el Coronel Broyles envía el equipo para investigarlos y conseguir más detalles. Olivia resuelve sus problemas de memoria y comienza a trabajar con alguien que ella cree que puede ayudarla a regresar a su universo.

La ausencia del Coronel Broyles, en el universo paralelo, cambia la dinámica del Equipo Fringe mientras investigan a un bioterrorista armado con un insecto al que le gusta el sabor de la carne humana. Walternate permanece con su objetivo de salvar a su mundo, pero descubre que hay ciertas líneas que él no cruzará. Falsolivia acepta la proposición de matrimonio de su pretendiente, pero al final del capítulo descubre que está embarazada. Walternate la busca y le ofrece su apoyo, ya que ese bebé será su nieto.

En el universo paralelo Falsolivia es secuestrada para realizarle un procedimiento de aceleración del nacimiento de su niño, después de haberse hecho unos exámenes sobre los riesgos de la eclampsia viral. Se revela que el embarazo de Falsolivia fue iniciado por Walternativo con el fin de acceder a la herencia genética de Peter.También se hace evidente el amor que siente el agente Lincoln por Falsolivia. Un observador está al tanto de los hechos.

La ausencia del Coronel Broyles, en el universo paralelo, cambia la dinámica del Equipo Fringe mientras investigan a un bioterrorista armado con un insecto al que le gusta el sabor de la carne humana. Walternate permanece con su objetivo de salvar a su mundo, pero descubre que hay ciertas líneas que él no cruzará. Falsolivia acepta la proposición de matrimonio de su pretendiente, pero al final del capítulo descubre que está embarazada. Walternate la busca y le ofrece su apoyo, ya que ese bebé será su nieto.

La segunda temporada comienza con el impactante regreso de Olivia desde la desconcertante realidad alternativa, mientras Peter desconoce que compite con una onmipresente fuerza en una carrera contra el tiempo tratando de conseguir información de la visita de Olivia. Walter vuelve al laboratorio para cocinar algo de ciencia marginal y, por supuesto, unas natillas para el cumpleaños de Peter.

Mientras que unos activistas de los derechos de los animales extraen cosas de un laboratorio, obtienen más de lo que esperan cuando uno de los “animales ” enjaulados libera un apetito feroz. Dejando grotescos cuerpos mutilados a su paso, la bestia -científicamente diseñada con el cuerpo de un león, garras de águila, colmillos de víbora, piel de rinoceronte y cola de serpiente- ataca a Charlie. Con la vida de Charlie en riesgo, Walter deberá enfrentarse cara a cara con su pasado, y con la bestia.

Una adolescente es diagnosticada como muerte cerebral y su madre decide desconectarla de las máquinas de soporte vital, pero cuando los médicos van a abrirla para extraer sus órganos, la joven despierta gritando un código alfanumérico. Tan increíble como su resurrección es el hecho de que ahora puede hablar en ruso y posee información clasificada tan solo al alcance de altos rangos militares. Mientras las condiciones mentales de la joven mejoran intensamente, Walter desempolva viejos videos del laboratorio y descubre una hipótesis impensable, enviando a Peter y Olivia a investigar el desconcertante caso en uno original.

La División Fringe del Universo Alternativo investiga un experimento que permite la mejoría intelectual de los pacientes mediante drogas. El Secretario Bishop comparte su plan estratégico sobre la importancia de Olivia con el [[Phillip Broyles (Alternativo|coronel Broyles)]. Olivia empieza a tener visiones confusas mientras se adapta a la forma de vida de Altivia.

Recuperándose de la traumática y alarmante reunión con el fundador de Massive Dinamyc, el doctor William Bell, la agente Dunham se toma un poderoso brebaje "fringe" preparado por el Dr. Bishop para estimular su memoria. Mientras tanto, la División Fringe investiga una serie de robos conectados con los cambiadores de formas. Los recuerdos corren y se siguen las pistas, conoceremos a otra mujer con la que experimentó el Dr. Bishop y un flashback revelerá más cosas de la visita de Olivia a la realidad alternativa.

En la primera parte del final de la segunda temporada, Walter y Olivia viajan al universo paralelo, y el esperado enfrentamiento entre Walter y William se produce cuando la estrella especial Leonard Nimoy regresa.

Joseph Meegar es un gris mensajero con una inquietante capacidad para conducir la electricidad. Tras salir ileso del accidente de un ascensor que se precipita al vacío, huye del lugar dejando a su paso una serie de extraños incidentes eléctricos. La investigación de los hechos pone a la agente Dunham y sus colaboradores sobre la pista del propietario de una serie de clínicas de dudosa reputación, acusado de realizar experimentos ilegales con sus pacientes.

El equipo de Fringe viaja al estado de Seattle después de conocer un misterioso incidente que involucra a un hombre que atacó a su jefe porque creyó que era un demonio con cuernos de carnero. Como las piezas del puzzle continúan, el equipo explora sin descanso extraños y pavorosos enlaces a sueños. Buscando información adicional, el agente Broyles tiene una desconcertante reunión con Nina Sharp de Massive Dynamic que llevará la investigación hacia una increíble dirección.

El grupo Fringe viaja a Pennsylvania para investigar un túnel subterráneo lleno de restos humanos. Mientras tanto, Walter experimenta con viajes entre realidades usando ranas.