Jane y la agente Lisbon reciben la notificación de que no llevarán más el caso de John El rojo. El primero no puede asumir que le aparten de un tema tan importante para él y se plantea abandonar el trabajo en la oficina. Sin embargo, lo piensa mejor y decide seguir en el FBI, siempre y cuando Bosco (Terry Kinney), el agente ahora asignado al peliagudo caso, le filtre toda la información que vaya recopilando. Lo que Jane no sabe es que Bosco es un hueso duro de roer.

La violenta muerte de Kristin Marley, ayudante de una senadora, hace levantar las sospechas sobre la relación que la víctima mantenía con el esposo de su superiora. Jane descubre que el matrimonio de la senadora estaba terminado, pero no encuentran ninguna prueba que pueda incriminarles porque ambos tienen una coartada. Será la aparición del hermanastro de Kristin lo que ponga al equipo en alerta. Mientras, Bosco continua escondiendo secretos sobre el caso de John "El rojo", algo que no gusta a Jane.

El CBIS recibe un anónimo alertando sobre un cadáver en un callejón. Cuando llegan a la escena, Lisbon identifica a la víctima como un pederasta al que detuvo años atrás. La investigación avanza hacia un camino inesperado al descubrir que la única huella encontrada como prueba y rastro del asesino es de la propia Teresa. El equipo se vuelca en la defensa de su jefa mientras Bosco pone trabas a su investigación.

La muerte de un abogado que defendía a una peligrosa banda de moteros introduce al equipo de Teresa en un ambiente de drogas y mentiras. Nadie se salva de ser sospechoso del crimen. El jefe de la banda, la esposa de la víctima o la hermana de un hombre inocente encarcelado por una exitosa acusación, todos ellos tenían alguna razón para querer acabar con el letrado. La astucia de Jane será imprescindible para descubrir al culpable.

El equipo de Patrick Jane acude a la mansión de los Beckworth, donde se ha encontrado el cuerpo sin vida de un artista que acababa de comprar la casa. El sheriff, que afirma que no han forzado ninguna puerta ni ventana, les habla de la existencia del fantasma de un antepasado de los Beckworth, que lleva años rondando el lugar. Este rumor lleva a los investigadores a plantearse la existencia de espíritus, algo que Jane se encargará de descubrir. Entretanto, Rigsby se arma de valor y le dice a Van Pelt lo que siente por ella.

Bosco descubre el micrófono oculto que Jane había instalado en su despacho y le da a elegir entre dejar el CBI o ingresar en prisión. Lejos de dimitir y dejar su trabajo, Jane decide experimentar cómo se vive entre rejas. Su ausencia es muy sentida por el equipo, que atraviesa ciertos problemas para resolver un crimen cometido en un pueblo. Sin embargo, Jane tiene otros asuntos que solucionar mucho más importantes y que conciernen a los peligrosos reclusos.

El jefe del CBI pone al equipo de Lisbon a trabajar con el de Bosco para limar asperezas. Ambos se enfrentan al secuestro de Mia, la heredera de un magnate del petróleo. El caso parecer guardar relación con otro ocurrido hace años que se saldó con la vida del secuestrado. Jane quiere evitar que este secuestro termine como el de años atrás, pero Bosco tratará por todos los medios de que sus ideas nunca se lleven a cabo.

Bosco y su equipo son atacados en su propia oficina. Dos agentes mueren y otro se encuentra en paradero desconocido. Bosco, por su parte, es trasladado al hospital, pero los médicos se muestran poco optimistas. Minelli asigna el caso a Lisbon que, con la ayuda de Jane, descubre el cadáver del agente desaparecido. Todo indica que John ?El rojo? es el responsable de la terrible matanza en el CBI, y sus agentes no descansarán hasta descubrir quién ha sido su cómplice en el edificio.

Jane y Lisbon investigan el ataque a un reputado joyero en su propio establecimiento. La esposa de la víctima y sus dos sobrinos no se muestran dispuestos a colaborar con Jane, que sospecha que alguien de la familia ha tenido algo que ver. El caso empeora cuando el principal sospechoso aparece muerto en su habitación de hotel.

El equipo de Lisbon investiga el asesinato de un antiguo jugador de béisbol que acababa de abrir su propia escuela para entrenar a jóvenes promesas de este deporte. Durante la investigación, una pelota de béisbol golpea a Jane en la cabeza y éste comienza a sufrir flashbacks que le transportan a su pasado como mentalista, en el que se reencuentra con su padre, Alex.

El CBI investiga un doble homicidio. Un hombre y una mujer aparecen muertos en un coche, en las inmediaciones de una localidad californiana. Jane, que con un rápido vistazo a la escena descubre que ambos iban a una fiesta, lleva a Lisbon hasta el instituto más cercano, donde se celebra una reunión de antiguos alumnos. Allí, todos conocen a la víctima, un joven al que recuerdan con cariño pero que manchó su expediente gastándole una broma pesada a otro alumno. El equipo investigará la identidad de la mujer que viajaba con él en busca de pistas.

El equipo de Lisbon da su consentimiento para que un periodista de un conocido canal de televisión grabe su trabajo. En este caso, investigan el asesinato de una joven que trabajaba en el Gabinete de Prensa de un ayuntamiento californiano. La alcaldesa, que no tenía buena relación con la víctima, es considerada sospechosa del suceso. Sin embargo, el terrible secuestro de Jane por parte de un grupo ecologista contrario al gobierno local se convierte en la prioridad para Lisbon, que pondrá todos los medios para liberarle antes de que sea demasiado tarde.

Liselle, una atractiva vendedora de coches de lujo, es hallada muerta en el maletero de uno de estos vehículos. Jane y el equipo se trasladan hasta el lugar para investigar lo sucedido. La tensa competencia entre estos vendedores hace que todos los compañeros de la joven se conviertan en sospechosos de asesinato. Jane, sin embargo, decide centrarse en uno de los clientes de Liselle, un hombre adinerado al que le gustan las emociones fuertes.

Cho recibe una llamada de una agente que le reclama en la escena de un crimen. Cuando llega al lugar para identificar a la víctima, su corazón da un vuelco. Se trata de uno de sus mejores amigos, miembro de la banda callejera a la que pertenecía. Cho se tomará la justicia por su mano y visitará al cabecilla en busca de una explicación. Sin embargo, la banda niega haber tenido algo que ver con el asesinato de la víctima, que acababa de salir de prisión y renegaba de sus antiguos colegas. Solo Patrick Jane podrá poner un poco de tranquilidad en su compañero, sediento de venganza.

Un chef con gran reputación llamado Jeff muere envenenado durante un concurso de cocineros en el Valle de Napa. Jane y el equipo de Lisbon viajan hasta allí para entrevistarse con los testigos y descubren que la víctima acababa de separarse de su mujer. Al parecer, Jeff también tenía una amante que se movía en el mismo círculo que él y que estaba casada. Todos los que competían en el concurso parecían tener un buen motivo para acabar con la vida del cocinero, pero hará falta la agudeza de Jane para destapar al culpable.

Una mujer llama desesperada a Jane en busca de ayuda. Se trata de una científica que trabaja en un laboratorio de alto riesgo y que va a morir en pocas horas. Alguien de su entorno ha liberado un virus mortal en su despacho, y es deber de Lisbon y Jane trasladarse hasta las instalaciones para interrogar a sus compañeros. La víctima reconoce ante los investigadores que tenía un amante, pero su marido, también científico, estaba al tanto de esta relación y la aprobaba.

Jane y el equipo investigan el asesinato de un joven británico profesor de natación. El chico residía en casa de los padres de una de sus alumnas, y los investigadores pronto descubren que contaba con diversas amantes en el entorno. Sin embargo, es una pequeña caja roja hallada en la escena del crimen lo que llama la atención de Jane, que dedicará todo su tiempo a averiguar qué es en realidad. Por otro lado, el CBI recibe a su nueva jefa, Madeleine Hightower (Aunjanue Ellis, El anillo E), una mujer dura que no dudará en poner a Jane en la cuerda floja. Su estrategia consiste en amenazar a Lisbon con destituirla si Patrick cruza la raya. Por supuesto, él está al corriente de ello y sabrá muy bien cómo manejar la situación para no perder a su jefa.

Van Pelt y Cho descubren durante una misión a una mujer ensangrentada que padece amnesia. Siguiendo su rastro, el equipo llega hasta un granero donde encuentran otros tres cadáveres. Una de las víctimas es un joven perteneciente a una reserva turística. Jane trata de que la mujer amnésica recuerde algo sobre lo que ocurrió y la lleva al lugar de donde provenía el joven. Las reacciones de los habitantes de la reserve no se hacen esperar. Mientras, Hightower, la nueva supervisora de Lisbon, se enfrenta al problema que supone la relación de Rigsby y Van Pelt. La pareja deberá tomar una difícil decisión.

Kelly Flower, ayudante del fiscal, aparece asesinada por un disparo a bocajarro. Jane descubre al responsable, un asesino a sueldo que ha cambiado de identidad en multitud de ocasiones. Sin embargo, la experimentada abogada del acusado consigue que rechacen las pruebas debido a un tremendo error de Jane. La falta provoca la suspensión de Lisbon 5 días, por lo que el equipo deberá hacer frente al caso con Cho al mando.

Xander Harrington, el recién nombrado consejero delegado de una empresa de medios, es asesinado durante una fiesta en su honor. Su mujer, también implicada en la empresa, es designada a ocupar su puesto, lo que no sienta muy bien a algunos miembros de la familia. El caso se complica aún más cuando la investigación lleva a Jane al centro de Visualización, una secta de la que la asistente de la familia es una parte activa. El artífice del grupo se convertirá en un peligroso contrincante de Patrick, que lo colocará en el segundo puesto de su lista negra.

Un genio de las Matemáticas que padecía fobia a los payasos es asesinado en un parque por uno de ellos. La víctima había accedido a formar parte de un proyecto que podría suponer un gran peligro para la seguridad en Internet. Varias personas conocían su trabajo, pero solo una de ellas sería capaz de matar por ello. Jane y Lisbon tendrán que trabajar con el resto del equipo para descubrir de quién se trata.

Héctor Brava, el jefe de una organización contra el tráfico de seres humanos, es asesinado pocos minutos antes de dar un importante discurso. El CBI es llamado a investigar el crimen y la policía local pide ayuda a Kristina Frye (Leslie Hope), una médium con la que Jane ya había tenido algún acercamiento. La esposa de la víctima parece guardar algún secreto, sin embargo, será un descubrimiento algo escabroso sobre la vida personal de Héctor lo que lleve a Kristina y a Jane a trabajar juntos para destapar al culpable. El acercamiento entre ambos podría traspasar la barrera profesional.

Jane (Simon Baker), protagonista de El mentalista, revive los fantasmas del pasado en esta última entrega de temporada titulada Cielo rojo al alba. Cuando empezaba a superar la muerte de su mujer y le había dado una oportunidad a Kristina (Leslie Hope), la médium y colaboradora esporádica del CBI, John “El Rojo” regresa para volver a matar. El asesinato de una joven estudiante lleva al consultor y al equipo de Lisbon hasta el escenario del crimen, donde todo indica que el asesino en serie podría ser el autor del homicidio.