Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).

Christine Reade (Riley Keough) compagina sus estudios de segundo año de derecho con su trabajo como becaria en una prestigiosa firma de abogados. Mientras se esfuerza por destacar en un mundo empresarial despiadado, superficial y competitivo, Christine descubre a través de una amiga un mundo mucho más excitante: el de las Girlfriend Experience (GFEs), jóvenes de compañía que se encargan de proporcionar una relación de intimidad sexual y emocional a cambio de un alto precio. Prostitución de lujo, en pocas palabras.