Scrubs es una divertida comedia en la que se relatan las surrealistas experiencias de un joven médico, J.D. Dorian (Zach Braff) durante sus prácticas en un hospital, el Sagrado Corazón, plagado de empleados y pacientes a cada cual más especial. Dorian, a quien sus compañeros llaman por las siglas J.D., acaba de aterrizar en el hospital donde deberá llevar a cabo sus primeras prácticas como médico residente. Pero este no es un hospital normal, ya que por sus instalaciones abundan personajes de toda clase totalmente imprevisibles en sus actuaciones. A Dorian le acompañan otros dos novatos: su compañero de facultad Chris Turk (Donald Faison), que también está realizando un periodo de prácticas perteneciente al equipo quirúrgico del hospital, y la impulsiva y muy atractiva doctora Elliott Reid (Sarah Chalke). Siempre alerta frente al equipo de novatos está el paternal jefe de medicina, el doctor Bob Kelso (Ken Jenkins) el mordaz y mundano doctor Phil Cox (John C. McGinley) y la comprensiva enfermera Carla Espinosa (Judy Reyes).

El agente Phil Coulson, de la película "Los vengadores", regresa para liderar a un pequeño grupo de agentes altamente capacitados en el campo.