Carter decides to inspire a brilliant but difficult Air Force cadet by introducing her to the SGC program.

El ex coronel Harry Maybourne se acerca a Jack con una propuesta: Jack le consigue un indulto presidencial y Harry les muestra el depósito de armas avanzadas al que Simmons intentaba llegar. Llevan a cabo el trato, pero Harry intenta traicionar a SG-1. Logra pasar por el portal que lleva al depósito, pero con un elemento inesperado, Jack. Se encuentran en un campo y el zat de Harry ha desaparecido. Sin embargo, Jack todavía tiene su P-90. Harry revela que no están en un depósito de armas, sino en una utopía. Tenía la intención de vivir el resto de su vida allí y cree que no hay forma de regresar.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

Los Tau'ri y Tok'ra han utilizado a su super soldado capturado para determinar su planeta de origen. Con Daniel, el Dr. Lee y el dispositivo antiguo que encontraron en manos de secuestradores hondureños, el SGC debe encontrar una forma de rescatarlos si quieren tener alguna oportunidad de derrotar a los nuevos super soldados que han encontrado.

El presidente ha pedido que un documentalista vaya a SGC para crear una película sobre sus operaciones. Su llegada es poco deseada para la mayoría y comienza a chocar con el personal de la base. Sin embargo, realiza sus entrevistas con SG-1 y los científicos empleados por SGC. Mientras tanto, un equipo SG en otro mundo encuentra los restos de una ciudad Antigua.

Agent Barrett of the NID calls SG-1 to Los Angeles for a consult on a mass murdering of a rogue sleeper cell by a young woman. There they find many Goa'uld artifacts relating to Sekhmet, a subordinate of Ra. But how this operation is related to the Goa'uld eludes SG-1.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

El Dr. Lee está adaptando una silla de realidad virtual para utilizarla como dispositivo de entrenamiento. Teal'c piensa que el escenario actual es demasiado fácil y acepta trabajar con ellos para hacerlo más realista. Él entra en el escenario del juego y es rápidamente "asesinado", momento en el cual la silla lo electrocuta. Lee dice que debe ser parte de su construcción básica. A medida que el escenario se reinicia -es una invasión del SGC por los Goa'uld- Teal'c es repetidamente asesinado y electrocutado, poniéndolo en peligro. El programa de computadora está configurado para aprender después de cada escenario y el desafío para Teal'c aumenta en cada turno. Daniel se ofrece como voluntario para ingresar al juego también, para ver si juntos pueden encontrar una forma de escapar.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

Al encontrar los terrenos de prueba de Merlín, el Dr. Jackson, Teal'c, el Coronel Mitchell y Vala descubren el tesoro oculto, que incluye un libro que cuenta la historia de los Antiguos llegando a la Tierra desde otra galaxia y un extraño dispositivo alienígena.

Daniel y Vala han utilizado el dispositivo antiguo para habitar los cuerpos de personas en la galaxia de origen de los Alterans. Han sido llevados por un Prior de los Ori para encontrarse con el Doci, aquel que habla con los Ori, sus dioses. Daniel deduce que los Ori son lo que los Alterans que se convirtieron en los Antiguos dejaron atrás y han ascendido de manera similar, pero sin restricciones.

Vala returns to the SGC upon having been separated from Daniel for a little under an hour. The effects of the bracelets have not diminished even though they have been removed. In order to get the effects reversed, Mitchell, Jackson, and Vala must deal with many people that Vala has used over the years to gain favors.

Los Ori desatan una plaga mortal en la Tierra, lo que lleva a un poderoso aliado del pasado de SG-1 a acudir en su ayuda.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

SG-1 is tasked to accompany members of the International Oversight Advisory, including Richard Woolsey, on a tour of the Gamma site. The visitors are suitably impressed but everyone is put in danger when a carnivorous insect escapes from the lab. The base is locked down and no one is allowed to travel through the gate. The bug is linked to the Ori - it's appeared on several planets that they've visited - and Daniel thinks it may be their follow-up to the virus. SG-1 and the IOA visitors take refuge in a cave, but Gen. Landrey is left with little choice but to flood the planet with a deadly neurotoxin to destroy the bugs. SG-1 looks for away out before that happens.

Sam logra activar un dispositivo antiguo que encontraron en el sitio de Glastonbury y ella y Mitchell son trasladados a una fase que los hace invisibles para todos. Daniel pronto descubre qué está sucediendo, pero la solución propuesta por el Dr. Lee envía a Daniel al mismo plano que Sam y Mitchell. Allí, él es capaz de traducir información que explica que Merlín había creado un arma contra los Ori y proporciona una dirección de la puerta donde se puede encontrar. Mientras tanto, Teal'c viaja a un planeta Jaffa que ha enviado una llamada de socorro. Los dos eventos están relacionados.

The SGC is approached by an Al'kesh bomber which lets itself be taken down, so they can capture Ba'al, who offers to exchange the necessary information to find Merlin's weapon for human help to eliminate his clones, which want to kill him. They mistrust his story, as does NID Agent Malcolm Barrett, who, however, fails to take over the investigation. Since the captive might actually be a clone, several missions to different planets retrieve and capture all clones, but which is the real Ba'al, and what are his true intentions?

Durante un experimento fallido, Samantha es transportada a un universo paralelo donde oculta la Tierra para salvarla de un ataque de los Ori. Regresar a su propio universo no es recibido con simpatía.

SG-1 destruye tres naves de transporte seguidas; Netan pone precio a sus cabezas. El General Landry otorga tiempo libre a los miembros del equipo en la Tierra. Daniel lo aprovecha para investigar en una biblioteca, donde conoce a una cazadora de recompensas que intenta seducirlo, luego saca su arma... pero es atropellada por un autobús. Sam da una conferencia sobre el progreso tecnológico de la Fuerza Aérea junto al Dr. Bill Lee; un francotirador casi falla, pero es eliminado con un arma experimental que habían llevado para demostrar. Teal'c resulta herido por sorpresa en un campamento Jaffa y logra atrapar al asesino para intentarlo de nuevo. Cam va a su reunión de secundaria en Kansas y Vala logra convencerlo de llevarla, haciéndose pasar por su contadora y socia. Su antigua llama, todavía atractiva, Amy Vandenberg, a quien creía fuera de su alcance, al principio es asustada por Vala, pero, divorciada e interesada, explica que todavía tiene un secreto enamoramiento por él. El cazador de recompensas alienígena Odai Ventrell asume la apariencia de numerosos compañeros de clase para matarlo. El intento de rescate de Vala fracasa y ambos son capturados públicamente, por lo que él amenaza con matar a los invitados de la reunión a menos que los demás miembros de SG-1 ocupen su lugar, pero lo engañan usando tecnología Chimera; esperan que el fracaso de Netan en eliminarlos reavive la lucha de poder y Odai reacciona de manera sorprendente.

Stargate Command gets a video message from Vala's extremely unreliable father, Jacek, on the planet Robak; he claims to know about the late Arkad's plans to attack and blow up Earth, even about the several cloaked, Naquadah-laden cargo ships in orbit, and offers details in exchange for sanctuary. General Landry asks Dr. Lam to help him resume contact with her mother, Kim, his ex-wife. Even after the cargoes are found and blown up, Vala abhors her dad's entry. The general asks her to go easy on him, realizing that he, too, neglected his daughter because of his career, even if Jacek's neglect was just criminal. When Cam and Daniel go tell Jacek he shouldn't scam people, he tricks them into talking to Vala for him. Vala goes over just for catharsis, telling him she's through picking up the pieces of his tricks, and he certainly keeps scamming - as Daniel also finds - even with Terak, a Jaffa from an escaped cargo ship, who hopes to sell the Naquadah. When they are apprehended, Jacek promises to help track it and override the rigging of the cargo ship. The Jaffa wait for Jacek and Vala, intending to eliminate them now that Terak is gone, but SG-1 saves them. Since there never was an override, Jacek cheerfully flies away alone in the cargo ship, ignoring that his treachery was anticipated: it's a decoy.