Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.