Cuando Lana Lang es atacada por tres clientes bebidos, Clark Kent le defiende y hiere a los hombres. El nuevo Sheriff de Smallville le arresta. Uno de los heridos le denuncia al mentir y decir que sufrió heridas graves. Los Kent tienen que responder por los actos de su hijo y están a punto de perder la granja.

Clark es testigo del robo de un camión cargado de kriptonita. Cuando intenta detenerles, se da cuenta de que no puede con ellos porque son tan fuertes como él. Uno de ellos es un compañero de estudios, Eric.

Lana Lang se encuentra con su antigua amiga Emily Eve Dinsmore, que falleció hace seis años en un accidente, cuando tenía 10 años. El padre de Emily sufre un accidente y Lionel Luthor le visita en el hospital. Lana y Clark se dan cuenta de que Emily es el resultado de un experimento en LuthorCorp relacionado con la clonación acelerada. Mientras tanto, Lex y Helen planean casarse.

Cuando Lana es atacada en una piscina solitaria, por Jake -un compañero obsesionado por ella- resulta herido mortalmente por un francotirador anónimo. Clark investiga su muerte y se da cuenta de que alguien está matando a los que fueron contaminados por la lluvia de meteoritos.

El futuro jefe de Clark en el Daily Planet aparece, Perry White, aunque en esta ocasión sus intenciones no son tan limpias como se esperaría.

Lana Lang visita a un hombre enfermo que ha estado en prisión desde hace más de cuarenta años, acusado de matar a su querida esposa. Él le muestra una fotografía del sospechoso en un periódico antiguo. Se parece mucho a Clark Kent y convence a Lana de su inocencia. Clark Kent, a través de flashbacks, revive el pasado de Jor-El en Smallville y su relación amorosa con la mujer del arrestado. Así es cómo descubre quién cometió el crimen.

Después de ser golpeado en la frente por una bola de nieve que contenía filamentos de meteorito, el adolescente Seth Nelson es sometido a una resonancia magnética, consiguiendo habilidades magnéticas. Él utiliza sus poderes para citarse y manipular a Lana.

Clark Kent busca un regalo para su madre en una joyería cuando dos ladrones intentan hacerse con el lugar utilizando el poderoso grito de Nathan Dean. La combinación del grito con las joyas de kriptonica ciegan a Clark. Sin el sentido de la vista, su audición aumenta de forma incontrolable.

Después de preparar un artículo denunciando al Instituto Neurológico Summerholt, Chloe Sullivan es perseguida por la camioneta de Clark, intentando matarla. Él dice haber recibido un correo electrónico poco antes de su acción. Más tarde, Lana también recibe un correo de la misma dirección e intenta matar a Chloe, a quien salva Adam Knight. Al investigar el origen, determinan que procede de Molly Griggs, una antigua paciente del doctor Garner, que utiliza su habilidad para obligar a las personas a matar a través de una sugestión hipnótica en sus correos electrónicos. Clark se muda a Smallville para estar cerca de Lana.

Jordon Cross llega con una nueva habilidad: cuando es tocado por otra persona, inmediatamente ve cómo morirá. Cuando Clark Kent salva al entrenador Altman de su muerte, el futuro de otras personas cambia, incluido el de Lana Lang. Mientras tanto, Chloe averigua que Adam Knight se auto-inyecta.

Al regresar de dejar a Jonathan Kent en el hospital, después de sufrir un infarto, la camioneta de Martha y Clark casi es alcanzada por dos vehículos compitiendo en la carretera. Para sorpresa y decepción de Clark, uno de los conductores es Pete Ross, que se ha hecho amigo de una mala influencia, Jason Dante. Pete no acepta el consejo de Clark y se mete en problemas.

Estando en un ascensor en Luthor Corp con otra chica, Clark se ve obligado a utilizar algunos de sus poderes cuando el cable del ascensor se rompe accidentalmente. Al hacerlo, Alicia Baker es testigo de sus habilidades. Cuando ella les teletransporta fuera del ascensor, compartir un secreto les une y Alicia decide que Clark es para ella y sólo para ella: a toda costa.

Cuando Jonathan Kent pasa una revisión médica en el Hospital de Smallville, el médico le diagnostica una arteria obstruida y recomienda una operación de corazón para instalar un triple bypass. Mientras tanto, el hermano mayor del amigo de Clark necesita un trasplante de hígado, pero no lo resiste y fallece. Su cuerpo será utilizado en un experimento y resucita.

Mientras trabaja como voluntario en el Centro Juvenil de Smallville con Pete Ross, Clark recibe una llamada preocupante de Lana, que ha recibido un tiro de Adam Wright. En su posterior investigación, Clark se da cuenta de que la llamada procedía del futuro. Mientras tanto, Lionel Luthor cierra el Laboratorio Merton y la investigación de la doctora Lia Teng.

Cuando Lana Lang es atacada en su apartamento y Jason Teague en su coche, por una entidad invisible, se cree que ha sido Alicia Baker, e incluso Clark desconfía de su inocencia.

El día antes del baile, Dawn Stiles tiene un accidente de coche y se estrella contra un montón de rocas de meteoritos. Su espíritu se separa de su cuerpo, pero rápidamente se percata de que pueda habitar el cuerpo de otras personas. Primero utiliza a Martha Kent, después a Lana, Lois y finalmente a Chloe, que alucina cuando es nombrada del Reina del Baile.

Después de robar el Talón, Kevin Grady es perseguido por Clark. Intentando escapar, Grady borra temporalmente la memoria de Clark y Chloe le ayuda a proteger su secreto y a recuperar su memoria.

En mitad de la noche, en la carretera, una mujer joven acude a maternidad para dar a luz cuando de pronto explosiona. Lana Lang y Clark Kent circulan por la misma carretera y se encuentran con un bebé, en un cráter creado por la explosión. Se llevan al bebé al hospital y la familia de los Kent lo acogen temporalmente. Lana y Clark le ponen el nombre de Evan y, al día siguiente, Evan se convierte en un adolescente.

Junto con la llegada de los meteoritos, llegan dos seres Kriptonianos malvados, Aethyr y Nam-Ek, en busca de Kal-El. Clark Kent es transportado junto con Chloe desde las cuevas Kawatche al Ártico y la Fortaleza de la Soledad se crea en el hielo. Jor-Er empieza a educar a Clark, pero cuando Clark ve que Chloe necesita ayuda, detiene la clase y le promete a Jor-Er regresar antes de la puesta de sol.

Jor-Er le quita los poderes a Clark, convirtiéndole en un humano. Feliz por ser “normal”, Clark intenta continuar su relación con Lana, sin embargo, Jonathan y Martha son retenidos como rehenes por tres individuos y Clark se da cuenta de cuánto necesita a sus poderes.

Gabriel Duncan, trastornado mentalmente, roba un arma nuclear y empieza la cuenta atrás para que un misil impacte sobre Smallville en una hora. Gabriel llama a su amiga Chloe, que se dirige hacia la universidad y le pide que se marche porque va a destruir a toda la población. Mientras tanto, Clark y Lana han dormido en su habitación y, a primera hora, Lana se marcha a hurtadillas de la casa, pero Jonathan y Martha le ven. Cuando Chloe llama a Clark, él simula un accidente de coche con Chloe para que aparezca Gabriel. Cuando Gabriel se encuentra con Clark, dispara a Clark, que aún no tiene poderes y se encuentra gravemente herido.

El agente de policía que sobrevivió al ataque de los Kriptonianos y su novia, irrumpen en la mansión de Lex pidiendo la ubicación de la nave espacial, pero Lex se encierra en la habitación del pánico. Accidentalmente, Clark averigua la asociación de Lana y Lex en su búsqueda de la nave. Lana es secuestrada para obligar a Lex a salir de la habitación. Le disparan pero Lana consigue escapar a la habitación del pánico con él.

Jor-El le enseña a Clark lo que hubiese sido la vida en la Tierra si él no le hubiese enviado a ella y le hubiera dejado seguir la misma suerte que los habitantes de su planeta.