Una mujer joven se da cuenta de lo oscura que puede ser la ciudad en realidad cuando se entera de la verdad sobre su pasado. Clary Fray, que descubre el día de su cumpleaños que no es quien creía ser: una descendiente de una familia con un largo recorrido como Shadowhunters, híbridos entre humano y ángel que se dedican a cazar demonios. Ahora llevada al mundo de la caza de demonios tras el secuestro de su madre, Clary debe confiar en el misterioso Jace y sus compañeros Shadowhunters Isabelle y Alec para navegar este nuevo mundo oscuro. Con su mejor amigo Simon junto a ella, Clary ahora debe vivir entre hadas, brujos, vampiros y hombres lobo para encontrar respuestas que podrían ayudar a encontrar a su madre. Nada es lo que parece, incluyendo a su amigo de la familia Luke que sabe más de lo que dice, así como el brujo enigmático Magnus Bane que podría ser la clave para desbloquear el pasado de Clary.

Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.

Después de obtener una pista acerca de quién puede haber borrado los recuerdos de Clary, el equipo da caza al Gran Brujo de Brooklyn, Magnus Bane. Con todos los brujos escondiéndose de Valentine, el equipo debe atraer a Magnus con algo que no puede rechazar - una fiesta del submundo y algo muy valioso. Pero con las emociones a flor de piel, pueden salir de su reunión con Magnus con algo más que sólo la recuperación de los recuerdos de Clary. Mientras tanto, Simon no parece él mismo después de su reciente encuentro con un Subterráneo

Las tensiones aumentan entre Alec y Clary, ya que no se poner de acuerdo manera de cazar a Valentine. Pero cuando Jace e Isabelle son enviados en una misión de inteligencia para los Seelies por Maryse Lightwood, Alec es puesto a cargo de mantener a Clary segura, muy a pesar de ambos. Con dura madre de vuelta en la ciudad y las tendencias a romper reglas de Clary, Alec se encuentra luchando para atenerse a las reglas de la Clave, manteniendo su promesa a Jace.

Clary considera si debe revivir a Simon como vampiro. En el instituto, la aparición de la enviada de Clave, Lydia Branwell, obliga a Alec a sacrificarse.

Después de recibir información importante sobre Valentine de un aliado sorprendente, Clary, Jace y Luke idean un plan para rescatar a Jocelyn. Con la misión pareciendo casi imposible, no se detendran ante nada para rescatar a la madre de Clary y detener a Valentine una vez por todas. Mientras tanto, el Inquisidor Herondale llega al Instituto para el juicio de Isabelle mientras Alec recurre a Magnus en busca de ayuda.