Tree Hill amanece con la ausencia de Lucas y Keith, que se han marchado a otra ciudad, huyendo de las situaciones que ambos han provocado. Lucas está decidido a convertirse en una persona mejor y Keith tiene que intentar superar la negativa de Karen a casarse con él. Aunque ambos creen han tomado la mejor decisión posible, Lucas se plantea volver a Tree Hill cuando se entera de que Dan está hospitalizado en estado crítico. Deb, aunque continúa pensando en el divorcio, está preocupada por Dan. En el hospital, se entera de que Nathan y Haley se han casado sin su consentimiento. La situación empeorará cuando Deb conozca a los padres de Haley, una pareja moderna y sin perjuicios que no sólo dio su bendición al enlace de su hija con Nathan sino que también asistió a la ceremonia. Brooke y Peyton han decidido que su amistad está por encima de los chicos y que lo que necesitan es seguir la una junto a la otra. Brooke se planteará nuevos retos que la llevarán a probar hasta donde llega la popularidad de la que goza en el instituto como capitana de las cheerleaders. Por el contrario, a Peyton las cosas no le van demasiado bien y parece que está perdiendo el norte. Su proyecto para poner en marcha un club en el que haya actuaciones en directo choca con la resistencia de los productores y managers musicales. Además, Peyton echa de menos a Jack, quien ni siquiera contesta a sus e-mails. Lucas y Keith deciden volver a Tree Hill al saber que Dan ha sufrido un infarto. Deb, a pesar de haber iniciado los trámites para el divorcio, atiende a Dan en el hospital. Su reacción al saber que Nathan y Haley se han casado es muy hostil al culparles de lo sucedido. Peyton y Brooke, tras la marcha de Lucas, intentan recuperar la antigua amistad que las unía.

Deb está muy impresionada porque, tras sufrir el infarto, Dan parece otra persona. Al parecer, el "efecto Fenix", frecuente en pacientes con problemas cardíacos, les hace sentirse introvertidos, arrepentidos y, a veces, alegres. Tambien Keith, en su visita al hospital, observa este comportamiento y se sorprende cuando Dan le pide que se haga cargo de su trabajo en el concesionario. Lucas les pide a Brooke y a Peyton que le ayudena a organizar una fiesta para los recién casados. Haley busca refugio en sus padres cuando Deb, nuevamente, le acusa de arruinar la vida de su hijo.

Dan sigue en el hospital después de haber sufrido el infarto. Esto le hace recapacitar sobre sus actos en el pasado, por ello cuando Lucas va a visitarle le pide perdón por haber actuado mal con él. Esta nueva actitud de su padre sorprende mucho al muchacho, ya que no sabe si es sincero o no. Pero Dan, ante la reacción de su hijo, le hace ver que es sincero y para convencerle le pide que le guarde unos papeles que son muy importantes. Mientras, Tim prepara una fiesta de despedida de soltero para Nathan. Por su parte, Brooke y Peyton lo hacen para Haley. Karen empieza a pensar que necesita ampliar sus horizontes, por lo que está dispuesta a ir a la universidad para recibir clases sobre empresas. Pero antes debe dejar todo solucionado, por lo que decide que Lucas se tiene que hacer cargo del café, durante el tiempo que ella vaya a clase. El muchacho acepta y piensa que su mejor sustituto en el concesionario de Dan no es otro que Nathan.

Peyton quiere organizar una noche con música en directo en el bar. Para poder llevar a cabo su proyecto, la joven pide consejo a Karen. Ambas consideran que es una buena idea y ante su sorpresa reciben el apoyo de un importante productor musical. Pero esto supone, también, que Peyton debe correr algunos riesgos y sopesar si está dispuesta a asumirlos. Dan sigue adelante con su rehabilitación y recibe con agrado la iniciativa de su hijo Lucas de ayudarle en la misma. Pero el hombre se enoja cuando averigua que su otro hijo, Nathan, está trabajando en el concesionario de coches. Karen esta ilusionadísima ya que ha conseguido ser admitida en la universidad para estudiar administración de empresas. Felix es el nuevo vecino que se ha incorporado al instituto y a la pandilla de los chicos. El joven parece que ha conseguido adaptarse al nuevo ambiente, e incluso salva a Brooke de ser detenida, cuando la joven ha sido pillada mientras robaba en una tienda. Nathan tiene una importante suma de dinero, que está destinada a la compra de un coche, pero después de mucho reflexionar el joven quiere comprarle un buen regalo a Haley.

Una noche de excitación, intriga, confianza, amistad y sobre todo de superación de miedos, es lo que pretende hacer Félix (Michael Copon)con la fiesta que organiza para sus nuevos amigos. Durante la misma, Peyton se siente influida por ese ambiente de sinceridad y entra en una iglesia para confesar su experiencia con las drogas, y Lucas conoce a una misteriosa chica llamada Anna (Daniela Alonso). Keith está de guardia en el concesionario de coches cuando entra una hermosa joven. Ante la sorpresa del hombre la chica flirtea con él. Por su parte Karen está muy ilusionada con sus clases en la universidad, pero sobre todo con su primera cita con su profesor.

La lluvia de meteoritos prevista para el fin de semana es aprovechada por todos para poder disfrutarla en la mejor compañía posible. De modo que Andy sorprende a Karen con una cena, Lucas invita a Anna a una cita en la cancha de baloncesto, y Ketih cocinará para Jules en su primera cita. Brooke acepta una relación con Félix, y Peyton hace las primeras audiciones para cantar en el club. Dan decide mentir a Deb, sobre los resultados de sus exámenes médicos, para tratar de que pasen la noche juntos.

La inauguración del Club de Karen "Tric", reúne a toda la población joven de Tree Hill. Félix y Lucas acaban peleándose por Anna. Chris, el músico que había contratado Peyton decide no actuar y Haley salvara la noche a su amiga con una gran actuación.

Nathan y Lucas aprovechan el fin de semana para ver un partido de baloncesto en Charlotte y, al tiempo, Nathan quiere hacerse la prueba de HCM, enfermedad de carácter cardiovascular frecuente en los atletas y de origen genético, la misma que tiene Dan.

El baile del sábado se convierte para unos en el lugar donde encontrarse con su hijo, otros descubren el desencanto de que todas las personas en que confías te mientan, y para otros en el lugar más solitario del mundo.

Nathan preocupado por la salud de Lucas, decide llamar a Karen para que le pida que se haga el test del HCM. Nathan teme perder a Haley desde que ha vuelto a iniciar sus ensayos con Chris.

Haley se lleva una gran sorpresa cuando su hermana Taylor se presenta en la ciudad, pero no es tanta para Nathan cuando reconoce a Taylor como la primera chica con la que tuvo relaciones en una fiesta hace dos años.

Mientras Nathan decide contar la verdad a Haley sobre su relación con Taylor, Haley oculta sus emails con Chris. Lucas, presionado por amigos y familiares, finalmente decide hacerse el test del HCM junto a Keith.

A cambio de convivir con él, Dan promete a Lucas que dejará en paz a Keith y Jules, que han decidido casarse. Karen sabe que la razón es otra y se muestra furiosa, también a Nathan le sorprende su decisión.

La marcha de Haley para seguir con su recién iniciada carrera musical provoca en Nathan una crisis emocional que su comportamiento llega a recordar al antiguo "chico malo", sin embargo, a Dan esta decisión le hace pensar que recuperará a su hijo.

Withey propone a sus alumnos realizar el proyecto "cápsula del tiempo", consistente en grabar sus pensamientos y proyectos de ahora para verlos 50 años después, como él lo hiciera años atrás.

Haley se pone en contacto con Nathan para compartir con él su nueva vida musical ya que le harán una entrevista en televisión, sin embargo Nathan se lleva una gran desilusión. Hoy se celebra la boda de Keith y Jules y toda Tree Hill está expectativa.

Keith se enfrenta violentamente a Dan tras saber que su relación con Jules había sido pactada y comprada por Dan. Nikki reaparece de nuevo en la vida de Jake exigiéndole la custodia de su hija. Jake luchará hasta el final para conservar a su lado a su hija contando con el apoyo de Peyton.

Al volver de ver a Haley, Nathan queda con Taylor para pasarselo bien y si surge algo más pues algo más.

El tío Cooper viene a llevarse a su sobrino Nathan y a Lucas a un viaje de carreras.

Nathan se encuentra en coma y sueña como sería la vida si Dan se hubiese quedado con Karen.

Nathan regresa a casa y ahí le esperan un montón de recibos sin pagar. Lucas y Peyton deciden reunir dinero dando una fiesta cinematográfica.

Las cosas se calientan entre Lucas y Brooke después de pasar una noche en Nueva York visitando a Haley.

Karen acepta la invitación de ir a Nueva Zelanda. Trata constantemente de hablar por teléfono con Andy pero nunca le localiza.