La autoridad de Tony Soprano empieza a verse amenazada cuando Richie Aprile, el hermano mayor del antiguo capo de la mafia Jackie Aprile, regresa a la ciudad. Por su parte, la doctora Melfi se siente culpable por su comportamiento con Tony.

Christopher y Pussy se sienten dolidos cuando Tony establece una nueva orden. Christopher intenta deshacerse del estrés apuntándose a clases de redacción, mientras Pussy se acerca cada vez más al FBI. El capo de la mafia tiene mucho que enseñarle a Furio. Melfi se viene abajo y acepta volver a tener a Tony como paciente.

Contra todo pronóstico, la vida de Christopher ha dejado de estar en peligro tras la agresión que sufrió en la puerta del restaurante.

Tony se da cuenta que ir a la cárcel no sería tan malo, como lo que tiene que hacer para evitarla.

La Dra. Melfi no está segura segura si debe seguir tratando a Tony. Pero todos sus planes se trastoca cuando una noche es violada en el parking de la consulta. El asaltante queda libre por un tecnicismo y ella esta indignada. Sabe que si se lo dice a Tony, éste se encargará rápidamente de él, pero al final decide no hacerlo para tener su conciencia tranquila. Tony tiene otro tipo de problemas. Unos mafiosos rusos asaltan a Janice para obligarla a revelar donde esconde la pierna ortopédica de Svetlana y la mandan al hospital. Tony sabe que todo es culpa suya pero también que las cosas no pueden quedar así porque no deja de ser su hermana y él tiene una reputación que mantener. Todo esto y la vuelta de Meadows, que no termina de reconciliarse con su padre, hacen que cometa un error y diga algo en su sótano de lo que quizás los federales puedan sacar partido.

Tony conoce a una mujer, Gloria, en la consulta de la Dra. Melfi después de que ésta los citara a los dos por error y comienza una relación que solo le podrá traer problemas debido al carácter de ella. Ralph y Tony siguen sin llevarse bien, pero cuando Gigi muera de un infarto, Tony no tendrá más remedio que ascenderlo como jefe de los Aprile. Meadows y Jackie Jr. comienzan a salir y su relación pasa por altibajos. El tío Junior se somete a la quimioterapia, pero el resultado no es bueno.

Entre Ralphie y Jonny Sack comienza a aumentar la tensión después de que se hicieran públicos los groseros comentarios de Ralphie acerca de la esposa de Jonny. Tony se siente forzado a planear un golpe a Jonny, a la vez que Jonnhy intenta una respuesta de Ralphie acerca de su actuación. Mientras tanto, Carmela visita la nueva casa de Furio, donde descubrirá su atracción hacia él.

Las relaciones se tensan entre Jersey y Nueva York, cuando Tony y Carmine comienzan a discutir sobre los beneficios de una estafa inmobiliaria. Mientras, Janice no soporta más la angustia de Bobby y Tony decide sobre su terapia. Por otra parte, Junior deberá encontrar otra manera de actuar en el juicio, después de que el juez desestimara su última estrategia de defensa.

Carmela se ve obligada a llamar a su ex marido para que acuda a auxiliarla cuando un oso irrumpe en su casa. Mientras, Tony se da cuenta que está empezando a sentir algo especial por la doctora Melfi. A su vez, Paulie discute con Christopher porque éste siempre paga las cenas. Por otra parte, Janice y Bobby se van acostumbrando a su nueva vida de casados.

Carmela y Tony quedan para hablar sobre la situación de A.J en la facultad. Sus notas han bajado considerablemente y, además, ambos se enteran de que su hijo ha pasado toda la noche en Manhattan. Toda esta situación será el origen de una acalorada discusión entre ellos. A su vez, Tony está agobiado ya que sabe que debe tomar una decisión sobre Feech, que ha sobrepasado el límite de su confianza. Mientras tanto, los enfrentamientos en Nueva York se intensifican con las primeras víctimas mortales. Por su parte, Carmela vuelve a enamorarse.

AJ intenta progresar en su vida, y se da cuenta de que el apellido Soprano le abre muchas opciones. Una oferta inmobiliaria, y la vendedora tientan a Tony. La creciente presencia corporativa en el vecindario frustra la estafa de la protección de Patsy. Por otro lado, Vito se impresiona al ver el heroísmo de otra persona.

Llega el día de la proyección de la película de Chris. Carmela encuentra similitudes entre Sally Boy y su marido y pregunta a Tony si son ciertas las cosas que se ven en el filme. Él lo niega y Carmela decide hablar también con Christopher sobre la película. Éste, por si acaso, dice al guionista que si Tony pregunta, le diga que fue suya la idea de que Sally Boy se ligara a la prometida del protagonista. Tony y Carmela, como buenos padrinos, asisten al bautizo del hijo de Chris y Kelli, pero Tony se pregunta, en su sesión con la doctora Melfi, por qué Christopher lo odia tanto. Johnny Sack consigue traer a un oncólogo para que le ofrezca un diagnóstico. El médico le da tres meses de vida, lo que destroza a Ginny y a su hija. Por otro lado, Phil Leotardo celebra el que debería de haber sido el 47º cumpleaños de su hermano Bill.

Tanto la vida familiar como los negocios de Tony van cada vez peor, y la situación está a punto de estallar. Anthony Jr. está cada día más deprimido pese a la medicación que toma. Todo le afecta de forma exagerada, desde los problemas de la escuela, hasta los asuntos mundiales, y empieza a estar obsesionado con la violencia. Finalmente, el joven decide suicidarse en la piscina de su casa. Por suerte, Tony llega a tiempo de ayudarle y AJ es internado en un centro. Allí, recibe terapia junto a sus padres, que no pueden evitar echarse la culpa el uno al otro. Las cosas entre Tony y Phil tampoco van muy bien, son incapaces de llegar a un acuerdo. Además, tras un incidente de Meadow con Coco, Tony propina una paliza a este último, lo que no hace si no agravar la cosa. La guerra esta declarada.

El agente Harry advierte a Tony de que Phil va a por él. Por este motivo, decide reunirse con Bobby y Silvio y resuelven dar ellos el primer golpe. Par ello encargan a los italianos el trabajo. En el bando contrario, los hombres de Phil debaten si ir a por Tony solo, o también a por Bobby. Mientras se deciden, los italianos se plantan frente a la casa de Phil para cumplir el encargo. Tocan a la puerta y matan a un hombre de pelo blanco y a una chica. Más tarde se dan cuenta de que han cometido un error y que no era Phil, ya que éste ha huido. Bobby es atacado en la estación del tren por dos tiradores. Mientras tanto, Silvio y Patsy son asaltados por Petey B. y Ray-Ray