El C.S.I inicia una nueva investigación tras la aparición del cuerpo de Kathleen Newberry atado al volante de su coche en los Everglades. Los primeros indicios revelan que la mujer murió ahogada. Los forenses se desplazan al lugar del crimen, donde procesan el escenario observados por una multitud de curiosos y descubren que falta la tarjeta SunPass del vehículo de la víctima. Tras localizar a Ted Wallace con dicho pase, el camionero asegura que él tan sólo se lo encontró. Cuando Calleigh regresa al laboratorio, descubre que le han robado la tarjeta de memoria de su cámara de fotos, situación que pone en peligro la investigación del caso y la reputación de Duquesne. Una de las huellas recogidas en el escenario resulta ser de Julia Winston, la ex-mujer de Horatio y madre de Kyle. Tras ser interrogada, Winston explica que ella entregó a Newberry un paquete que contenía una importante suma de dinero. Además, una muestra de cabello encontrado en una bolsa lleva a los investigadores hasta Pamela Osborne, la ayudante de Kathleen. Un análisis posterior del coche demuestra que el maletero fue forzado. El C.S.I. interroga a los dos hombres que hallaron el cuerpo sin vida de la víctima, quienes confiesan que abrieron el maletero y se llevaron el dinero. Delko y Tripp, por su parte, visitan un restaurante de carretera cercano al lugar del crimen. Allí descubren un trapo con un ligero olor a cloroformo, posiblemente utilizado para reducir a Newberry. Junto a un dispensador, hallan varias gotas de sangre seca que resultan ser de Ron Saris. Al parecer, Winston y Saris habían estado involucrados en una anterior estafa a una organización benéfica.

En su lucha por sobrevivir en la jungla brasileña, Horatio logra empuñar su arma y abatir a los matones que quieren acabar con su vida. Tras lograr escapar del lugar sano y salvo, el jefe del C.S.I. regresa a Miami con un único objetivo en mente: encontrar a Calleigh. Los forenses estudian pormenorizadamente todas las evidencias y descubren ciertas similitudes entre la misteriosa desaparición de Duquesne y el caso Newberry. Horatio decide advertir a Julia Winston sobre Ron Saris, un criminal sin escrúpulos que constituye una seria amenaza para las vidas de su ex-mujer y su hijo Kyle. Entretanto, Calleigh se despierta y descubre que está atada y en poder de dos hombres: Toby Garver y Seth McAdams. Cuando la forense les pregunta qué quieren de ella, sus captores le indican mediante gestos la web de Dan Cooper, denominada “Resolver un crimen junto a Calleigh”. Poco después, Toby y Seth confiesan a la investigadora que mataron de un disparo a su compinche de póquer, Robert Millard. Los criminales obligan a Duquesne a utilizar sus conocimientos forenses para limpiar el lugar del crimen. Mientras Calleigh acata sus órdenes, deja una prueba oculta en el escenario con el fin de que sus colegas puedan localizarla. Por otro lado, Dan Cooper visita la sede el C.S.I. para entregar la tarjeta de memoria de la cámara de fotos de Calleigh con las imágenes que la forense tomó en el escenario del crimen de Kathleen Newberry. Tras acusarlo de alterar las pruebas y de ser el responsable de la desaparición de Duquesne, Delko arresta a Cooper.

El cuerpo de Manny Ortega aparece en una calle de la ciudad tras haberse precipitado de la ventana del décimo piso de un edificio. Cuando los investigadores llegan al escenario junto a Shannon Higgins, la nueva patóloga forense, se producen varios disparos. Mientras los efectivos del C.S.I. tratan de ponerse a cubierto, Higgings recibe un impacto mortal. Poco después, ambas víctimas son trasladadas al laboratorio forense, donde el doctor Thomas Wellner lleva a cabo la autopsia. Mientras tanto, Horatio se reúne con Evan Caldwell, un agente federal infiltrado que le informa que estuvo investigando a Ortega, un hombre que buscaba compradores de munición ilegal. Las balas halladas en la escena del crimen llevan a los investigadores hasta Brad Gower, que vendía munición vieja al ejército estadounidense para que éste la distribuyera a su vez entre las tropas aliadas. Posteriormente, el C.S.I. descubre que Gower acorraló a Ortega, porque creía que éste le engañaba suministrándole balas oxidadas y que cuando Brad le apuntó con su pistola, Manny saltó por la ventana. Gower confiesa además que disparó a Ortega y mató accidentalmente a Higgings. Cuando Horatio y Tripp arrestan a Gower y se disponen a llevarlo a las dependencias policiales, se produce un inesperado tiroteo que acaba con la vida del sospechoso. Los resultados de la autopsia revelan que el cuerpo de Brad presenta un orificio de bala de entrada y 12 de salida, por lo que los forenses sospechan que el asesino utilizó la misma munición que Gower intentaba comprar a Ortega.

Las pruebas sobre quién disparó a Horatio llevan al equipo hasta algunos de los más peligrosos de Miami.

Un caso de asesinato con cirugía plástica extrema lleva a Horatio a Ron Saris, que está vivo y busca vengarse de Julia.

Los CSI investigan el caso de un hombre hervido vivo, Julia pierde el control, y uno de los secretos más oscuros del equipo sale a la luz.