Los eventos ocurren después de la batalla de Nueva York, y ahora la existencia de súperheroes y alienígenas se conoce públicamente. El agente Phil Coulson está de nuevo en acción y pone su atención en un misterioso grupo llamado Marea Ascendente. Para poder rastrear a este enemigo desconocido, reúne a un pequeño grupo muy selecto de agentes de la agencia SHIELD. La primera misión del grupo como equipo, es rastrear a un hombre común que adquirió poderes extraordinarios.

En un episodio de suspenso impactante, Coulson lleva la guerra de nuevo a Centipede, y esta vez trae a Mike Peterson, ahora un Super-soldado, como apoyo. A medida que se acercan a la verdad se revelan secretos alarmantes, y un giro inesperado amenaza del equipo.

Coulson descubre información importante sobre su muerte, pero puede costarle caro al equipo.

Continuando la búsqueda del Clarividente, Coulson y su equipo viajan en un misterioso tren que parece llevarles a la muerte.

Los agentes Garrett y Triplett están de vuelta para ayudar al equipo de Coulson a rastrear al enemigo de S.H.I.E.L.D., el Clarividente. Pero, ¿Les destruirá Deathlok para proteger la identidad de su maestro?

Justo cuando no queda nadie en quien confiar, la agente Maria Hill vuelve a reunirse con Coulson mientras S.H.I.E.L.D. cae a su alrededor.

La traición de Ward y secretos impactantes de Hydra se revelan mientras el equipo de Coulson se infiltra en una misión que no deja a nadie indemne.

Oscuros secretos se revelan mientras Coulson y su equipo ponen todo en juego para detener a Garrett y las fuerzas de Hydra. Pero cuando el polvo se asiente, Coulson se encontrará con que nadie saldrá indemne de ésta batalla. Y justo cuando toda esperanza parece perdida, se les une el único hombre que puede ser capaz de cambiar el rumbo - Nick Furia.

Gordon lleva a Skye al "Más Allá", el refugio para gente con habilidades, donde conoce a Lincoln Campbell, otro joven con poderes quien le explica que a cada uno de ellos les es asignado un guía para ayudarlos a controlar sus habilidades. Gonzales les pide ayuda a Fitz-Simmons para abrir la caja de herramientas de Furia, pero Fitz se niega y decide abandonar S.H.I.E.L.D., aunque es en realidad una treta organizada entre él y Simmons para así poder escaparse con el objeto y mantenerlo a salvo. Mientras, Coulson y Hunter roban un quinjet con la ayuda de Mike Peterson, quien ha estado trabajando secretamente bajo las órdenes de Coulson y vigilando al Dr. List, uno de los líderes de HYDRA, con lo que ha descubierto que éste está realizando experimentos con gente que posee "dones".

Una nueva alianza peligrosa se forma cuando Coulson y Hunter recurren a la última persona que nadie esperaría - Grant Ward! A medida que la guerra entre las facciones de S.H.I.E.L.D. continúa, Skye y Lincoln se encontrarán envueltos en este conflicto.

Gonzales y Coulson deben encontrar una manera de poner sus diferencias a un lado y trabajar juntos contra HYDRA, incluso si esto significa colaborar con alguien en quien no confían.

En el episodio 100, Coulson finalmente revela el misterioso trato que hizo con Ghost Rider, que impactará a todos en el equipo S.H.I.E.L.D.