Jack, Kate y Sawyer empiezan a descubrir a qué se enfrentan como prisioneros de "Los Otros".

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.

Un día despues de huir de la isla, Kate (Evangeline Lilly), Sawyer (Josh Holloway) y Karl (Blake Blashoff), que aún sufre los efectos del tratamiento de lavado de cerebro, sopesan el volver a la isla de Hydra para rescatar a Jack (Matthew Fox). La suerte de los escapados contrasta con la de Juliet (Elizabeth Mitchell), que es sometida a juicio y condenada a muerte por asesinar a uno de los suyos. De nuevo, Jack tiene en sus manos el salvar a Juliet, aunque con un cierto coste. Al tiempo, Jack recuerda unas vacaciones en Thailandia donde conoció a Achara, una misteriosa artista de tatuajes.

Los supervivientes se preparan para la llegada inminente de "los otros" y Jack dispone de un plan para enfrentarse a ellos. Juliet ayuda aportando los datos que conoce de las distintas estaciones que hay diseminadas por la isla. Sayid pretende enviar un mensaje que solo podría realizarse desde la estación submarina de "El Espejo". Desmond ha vuelto a tener otra visión en la que, de nuevo, Charlie muere y un helicóptero rescata a Claire y Aaron. La misión de desconectar la estación de "El Espejo" y la supuesta muerte de Charlie parece estar conectada para lograr enviar el mensaje y que les rescaten.

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.

Pensaban que habían encotrado al enemigo. Pensaban que habían visto el mal. Se equivocaron... Al comienzo de la nueva temporada, los supervivientes sienten que el rescate está al alcance de la mano, pero no saben si creer o no el último mensaje de Charlie diciendo que la gente que supuestamente les iba a liberar no son lo que parecen ser. Las extrañas alianzas forjadas, aquellos en los que confiaban pueden tornarse en su contra, del mismo modo que los enemigos de sus enemigos se convertirán sus amigos. Pero, ¿en quién confiar?, ¿está el rescate realmente tan cerca como parece?

Los supervivientes empiezan a preguntarse por las intenciones del equipo de rescate, cuando cuatro extraños llegan a la isla.

El rehén de Locke puede ser la clave para salir de la isla, así que Sayid y Kate van a la búsqueda de su compañero en un intento de negociar un trato pacifico.

Sayid se enfrenta al espía que Ben tiene en el carguero, y Ben, a su vez, presiona a Alex a que huya del campamento de Locke, para sobrevivir al inminente ataque.

Cuando la salud de Jack está en grave peligro, Kate y Juliet deben aprender a trabajar juntas para poder salvarlo. Mientras tanto, Claire, Sawyer, Aaron y Miles tendrán problemas en su huída del campamento de Locke hacia la playa.