Se descubre una cámara del tesoro debajo de Camelot, con el elemento central siendo una piedra azul brillante en la tapa del sarcófago de Cornelius Sigan. Décadas atrás, Sigan fue ejecutado por brujería y murió jurando venganza. Cedric, codicioso, al enterarse solo del tesoro, llega a Camelot. Al descubrir que Arthur tiene la única llave de la bóveda, se gana la confianza del joven príncipe y la roba, saqueando la cámara y arrancando la piedra (que en realidad es el alma malvada de Sigan). Como consecuencia de estar poseído por el espíritu de Sigan, Cedric adquiere sus poderes mágicos y anima a las gárgolas del castillo, las cuales aterrorizan la ciudad. A cambio de una promesa de liberarlo algún día, Merlin adquiere poderes adicionales del Gran Dragón y lucha contra Cedric, salvando una vez más a Camelot. A raíz de lo sucedido, Uther está más convencido de que la magia es solo maligna.

Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Morgana lleva a la moribunda Morgause a la Isla de los Benditos, donde sin saberlo, rompe el velo hacia el mundo espiritual, liberando a los Dorocha, fantasmas invisibles que comienzan a atacar al reino. En Camelot, donde un debilitado Uther ha cedido gran parte de su gobierno a su astuto hermano Agravaine, Merlin percibe lo que está sucediendo pero encuentra que su magia es insuficiente para detenerlo. A medida que Camelot se llena de refugiados, Gaius razona que, como una muerte abrió el portal, solo otra podrá cerrarlo. Arthur se ofrece como sacrificio y viaja a la Isla de los Benditos con Merlin y un grupo de jóvenes caballeros. Aquí, después de que Arthur finalmente lo elogia por su valentía, Merlin parece tener un encuentro fatal con uno de los Dorocha.