Nada es lo que parece cuando John Weir, un maestro del engaño en el mundo del espionaje corporativo, es acusado de asesinato por fuerzas poderosas con la capacidad de influir y controlar poblaciones.

Unidos por la muerte de su padre, hermanos separados con poderes extraordinarios descubren secretos familiares impactantes y una amenaza inminente para la humanidad.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).

Una madre y esposa que vive en una zona residencial se pierde en los recuerdos más ardientes de su pasado, lo que hace que se dé de bruces con la chica rebelde que fue.