Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

La abuela de Weevil es detenida acusada de fraude con tarjeta de crédito. Veronica y Wallace se disponen a averiguar la verdad y a limpiar el nombre de la abuela. Mientras tanto, después de la clase de periodismo de la señorita Dent, Veronica se muestra intrigada por la atención que le muestra otro estudiante, Troy Vandegraff, amigo de Duncan. Por otro lado, Veronica descubre que a Lilly le pusieron una multa el día que murió, dos horas después de la supuesta hora de la muerte.

Un test de pureza enviado a los alumnos del Instituto Neptune lleva a muchos de estos a ser avergonzados y humillados. Para solucionar esta situación y averiguar quién es el responsable de esto, Veronica requerirá la ayuda de Mac, una compañera experta en informática. Al mismo tiempo Keith ayuda a la madre de Wallace con un inquilino molesto.

Veronica se vuelve el objetivo de una sociedad secreta del Instituto Neptune que comienza a ponerla en apuros. Mientras tanto, Veronica recaba nueva informacion acerca del asesinato de Lilly al escuchar conversaciones privadas y Aaron Echols comienza a interesarse sobre la vida de su mujer.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.

Un chico está chantajeando a una su novia para que corte con ella, amenazándola de colgar un vídeo en Internet que grabó cuando estaba borracha. Veronica busca la forma de ayudarla. Mientras, Keith trata de seguir tras la pista de Duncan.

A punto de resolver finalmente el caso del asesinato de Lilly Kane, Veronica debe traicionar a Logan después de que Beaver, que estuvo junto a Logan y Dick en Méjico el día de la muerte de Lilly, le haga una importante confesión sobre qué hizo con Logan aquél día. Por otra parte, Keith visita a un amigo de un periódico para que publique un artículo sobre la inocencia de Abel Koontz. Cheyenne, la prostituta con la que Abel estuvo a la hora de la muerte de Lilly, finalmente acepta ayudar a Keith en el caso. El artículo es publicado al día siguiente. Al ver este artículo, Duncan exige a sus padres que le digan qué es lo que pasó realmente aquel fatídico día en el que murió su hermana. Mientras tanto, Keith recibe los resultados de las pruebas del test de paternidad que hizo días atrás. Los Kane organizan la recepción del gobernador en su casa. Veronica se debe camuflar para entrar en casa de los Kane y buscar las pruebas en las que debería encontrar la solución al caso. Con la ayuda de Duncan, encuentran unas cintas de vídeo muy importantes. En un final apasionante, en el que la vida de Veronica corre peligro, se descubre la identidad del verdadero asesino de Lilly y se da por finalizado el caso Lilly Kane.

Un señor muy mayor contrata a Verónica para encontrar a su hija antes de que sea tarde. Además, Logan será detenido al aparecer un nuevo testigo en el caso del suceso del puente.

Duncan desaparece con el bebé de Meg. Lamb debe cooperar con dos agentes del FBI que tratan de sacar información a Veronica. Wallace confiesa la razón real por la que ha vuelto a Neptune..

Wallace espera haberse librado de su problema en Chicago cuando el Tío de Rashard le acusa en la prensa de atropello y fuga. Mientras, Weevel pone un micrófono en el confesionario de una iglesia para intentar desvelar al traidor de su banda.

Jane, la nueva novia de Wallace, pide ayuda a Verónica para buscar a su hermana mayor, quien ha desaparecido misteriosamente después de su fiesta de despedida de soltera. Mientras, Logan encuentra mas dificultades para vivir en Neptune cuando una revista publica la historia de su padre. Beaver y Kendall siguen con su mano a mano con referente a la compañía que está creando el primero.

Veronica va de visita a la universidad de Hearts con Wallace, donde se encuentra a su ex-novio Troy, quien le pide ayuda al ser acusado por las violaciones Mientras, Keith ayuda a Cliff con un problema con una prostituta y Logan toma una decisión en cuanto a su relación con Hanah.

Lo que debía ser un caso simple de averiguar cómo un paria social pasa a ser la revelación estrella del campus cuando salen a la luz nueves secretos el accidente de autobús, y Veronica vuelve a investigar el asesinato de Lilly. Mientrastanto, Wallace y Jackie intentar recuperar su buena relación y el PCHers acude a Weevil para que le proteja de los Fitzpatricks.

En la noche de Halloween, Veronica acude al casino clandestino del campus, donde dos enmascarados roban a los presentes, quitandole a Verónica un collar que Lilly le habia regalado. Mientras, Wallace tiene algunas dificultades en aprobar Ingeniería Mecánica y recurre a medidas extremas. Por su parte, Keith trata de ayudar al decano de la universidad y su mujer, que buscan al padre biológico de su hijo ya que éste ultimo esta muy enfermo. Es Halloween en Hearst y mientras Veronica va a buscar a Logan al casino clandestino del campus, roban en el lugar y se llevan el collar de Veronica, que le regaló Lilly en su día. El Decano ODell y su mujer Mindy piden ayuda a Keith para localizar a Steve, el padre biológico del hijo de Mindy, que está muy enfermo. Wallace, distraído con su nuevo grupo de amigos, se encuentra con dificultades para aprobar su examen de Ingeniería Mecánica.

Keith tene que encargarse de otro caso de asesinato cuando el entrenador del equipo de baloncesto de la universidad de Hearst aparece muerto y su hijo, amigo de verónica y Wallace, resulta ser el principal sospechoso. Mientras Verónica ayuda a su padre en el caso del entrenador, Logan tiene que vérselas con la hermana pequeña de la nueva novia de Dick, y decubre que tener a alguien con quien hablar es mucho mejor que quedarse en la cama sin moverse.

Cuando Verónica sale de la carcel, se encuentra con Josh Barry, que está desesperado por probar su inocencia en el caso del asesinato de su padre. Es por ésto que Verónica decide ayudarle y tratar así de descubrir el culpable. Mientras, y aún en el caso del entrenador, Keith tendrá que verselas con algo que no esperaba desde hace mucho tiempo. Logan, Parker, Mac y el nuevo novio de ésta participan en una jincana del día de San Valentín.

Apolo, un estudiante de Hearst que sufrió como niño soldado en África, acude al programa de radio de Piz, lo que llevó a un hombre acudir al programa alegando ser su padre. Pero la investigación de Verónica descubre algunas sorpresas. Mientras tanto, Neptuno se enfrenta a una ola de crímenes que podrían significar un problema para la campaña de Keith, y Logan se encuentra en una situación difícil cuando Parker quiere pasar el verano con él. Verónica espera los resultados de su examen del FBI.

El pánico se extiende por Neptuno cuando una bomba explota durante las vacaciones de primavera. Verónica y Keith son contratados por la familia de una víctima herida en el bombardeo para averiguar quién es el responsable.

Verónica descubre que Keith le ha estado ocultando algo aterrador. La verdadera razón de la última teoría de Penn sobre el culpable sale a la luz. Verónica pierde la confianza en su nueva amiga, Nicole, dueña del camarada Quacks.

Verónica se sincera con Nicole. Se pone a prueba la fidelidad de Verónica. Verónica y Keith descubren que no son los únicos que creen haber encontrado al terrorista. Un cliente potencial intenta contratar a Investigaciones Mars.

Verónica y Keith siguen una nueva pista, y descubren a otra víctima. Matty sigue sus propios instintos, aterrizada y peligrosamente cerca de un asesino. Verónica tiene una epifanía trágica, mientras el reloj sigue corriendo.

Un señor muy mayor contrata a Verónica para encontrar a su hija antes de que sea tarde. Además, Logan será detenido al aparecer un nuevo testigo en el caso del suceso del puente.

Veronica va de visita a la universidad de Hearts con Wallace, donde se encuentra a su ex-novio Troy, quien le pide ayuda al ser acusado por las violaciones Mientras, Keith ayuda a Cliff con un problema con una prostituta y Logan toma una decisión en cuanto a su relación con Hanah.

En la noche de Halloween, Veronica acude al casino clandestino del campus, donde dos enmascarados roban a los presentes, quitandole a Verónica un collar que Lilly le habia regalado. Mientras, Wallace tiene algunas dificultades en aprobar Ingeniería Mecánica y recurre a medidas extremas. Por su parte, Keith trata de ayudar al decano de la universidad y su mujer, que buscan al padre biológico de su hijo ya que éste ultimo esta muy enfermo. Es Halloween en Hearst y mientras Veronica va a buscar a Logan al casino clandestino del campus, roban en el lugar y se llevan el collar de Veronica, que le regaló Lilly en su día. El Decano ODell y su mujer Mindy piden ayuda a Keith para localizar a Steve, el padre biológico del hijo de Mindy, que está muy enfermo. Wallace, distraído con su nuevo grupo de amigos, se encuentra con dificultades para aprobar su examen de Ingeniería Mecánica.

Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

Verónica se sincera con Nicole. Se pone a prueba la fidelidad de Verónica. Verónica y Keith descubren que no son los únicos que creen haber encontrado al terrorista. Un cliente potencial intenta contratar a Investigaciones Mars.

Verónica descubre que Keith le ha estado ocultando algo aterrador. La verdadera razón de la última teoría de Penn sobre el culpable sale a la luz. Verónica pierde la confianza en su nueva amiga, Nicole, dueña del camarada Quacks.

El pánico se extiende por Neptuno cuando una bomba explota durante las vacaciones de primavera. Verónica y Keith son contratados por la familia de una víctima herida en el bombardeo para averiguar quién es el responsable.

Cuando Verónica sale de la carcel, se encuentra con Josh Barry, que está desesperado por probar su inocencia en el caso del asesinato de su padre. Es por ésto que Verónica decide ayudarle y tratar así de descubrir el culpable. Mientras, y aún en el caso del entrenador, Keith tendrá que verselas con algo que no esperaba desde hace mucho tiempo. Logan, Parker, Mac y el nuevo novio de ésta participan en una jincana del día de San Valentín.