Buscando la alianza Toidariana, Yoda viaja a una luna neutral a encontrarse con el rey Gadunko y asi poder llegar a un acuerdo para formar una base en Toidaria, sin embargo, Dooku y los separatistas interceptan la nave de Yoda, obligandolo a escapar en un Pod de vida. Ventress y Dooku intentan convencer a Gadunko de una alianza, sin embargo Yoda manda una señal para reportarse, ante esto, Ventress inicia una apuesta: mandar a sus mejores tropas para asesinar a Yoda y a los 3 clones que lo acompañan, si Yoda vuelve con vida, Gadunko se unirá a la republica, pero si pierde, se unirá a la causa separatista.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Anakin y Ashoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing contra el malevolencia, el cual se dispone a atacar una estacion médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el proposito de llegar antes, Anakin guia al escuadron sombra atravez de una nebulosa, que sin embargo esta repleta de mantarrallas gigantes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

La falta de soldados de la republica, ha obligado a jovenes clones a participar en la guerrra antes de terminar su entrenamiento intensivo, aprovechando la situacion, Grievous lanza una invasión a Kamino, para lo cual, primero, requiere invadir una base en una luna, cuando el grupo de reclutas que la controla se ve obligado a escapar Rex y Cody llegan a dar una inspección, tras darse cuenta de lo ocurrido, se encuentran con los reclutas y se disponen a defender la base.

Justo cuando Grievous se dispone a atacar a la flota de Anakin, este lo embosca con ATTEs detras de los asteroides que Grievous creía, lo protegían. Ante la caida de sus naves, Grievous se da a la fuga, Anakin intenta perseguirlo, pero un fragmento de metal se entierra en su nave, haciendola salir de control y estrellandolo en los asteroides, cuando este despierta en un hospital, Ashoka le informa que R2 se ha ido. Anakin informa a Obi Wan sobre el problema: La memoria de R2 aún contiene las localizaciones de sus bases y tacticas de guerra, para evitar riesgos Obi Wan ordena a Anakin que busque a R2, para ayudarlo, Ashoka consigue un R3.

R2-D2 logra enviar un mensaje a la nave de Anakin. Mientras tanto el tradoshano lleva a R2 a la estación de espionaje Skytop. Anakin y Ahsoka se infiltran en ésta: Anakin va en busca de R2 y Ahsoka y Rex son atacados por Grievous quien fue alertado por R3 (quien era un espía)

Padmé se dirige en una misión democrática a Rodia, pero es traicionada y emboscada. El virrey mismo ha llegado al planeta para ejecutarla, sin embargo, confunde a Jar Jar con un Jedi y ordena a sus droides a asesinarlo. Jar Jar logra escapar pero destruye la nave de Padmé, quien escapa de la prisión tras engañar a los droides. Ahora Jar Jar tendrá que llegar con Padmé mientras C-3PO intenta contactar a la armada y Padmé trata de convencer al líder de Rodia de seguir con la república.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Anakin está gravemente herido en la batalla, y la general Jedi Aayla Secura debe enseñar a Ahsoka la filosofía Jedi de no tener ataduras personales. Después la general, Ahsoka y unos clones buscan ayuda médica para el caballero Jedi en el hostil planeta donde se estrellaron, donde hay algunos seres indeseados.

Anakin se encuentra en recuperacion, y Aayla, Ahsoka, Rex y Bly se quedan con los aldeanos Lurmen. Mientras rex monta guardia descubre el aterrizaje de una nave droide, los lurmen no estan de acuerdo en usar la violencia para combatir esta nueva arma separatista, y se dejan oprimir por los androides, al no poder permitir esta situacion, Anakin, Aayla y Ahsoka protejen la aldea con un escudo para combatir a los androides ya que tienen nueva arma y que la provaran en este planeta.

Anakin y Obi-Wan van a investigar la pérdida de comunicaciones con una base y encuentran a todos muertos. No tardan en descubrir que esto fue causado por una tribu que reclama al planeta como su territorio, y otra especie más civilizada que lo reclama como suyo, ahora los Jedi deben resolver este conflicto, por las buenas o por las malas.

Anakin y Obi-Wan descubren pruebas de que hay un traidor entre sus filas al intentar llevar las fuerzas de la República para liberar al planeta de Christophsis de un asedio separatista.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Ahsoka Tano desobedece las órdenes de su maestro Anakin Skywalker, y en el intento pierde la mitad de su escuadrón. Afortunadamente Anakin llega a tiempo para ayudar a su Padawan, y darle su merecida lección con respecto al merecido respeto a la autoridad, además de darle una oportunidad para que le haga caso y se arrepienta.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.