Durante una batalla aparentemente desesperanzadora, Kara Thrace aparece en un Viper impecable, afirmando que ha estado en la Tierra y puede guiar a la Flota allí, pero Laura Roslin, la terminal, no cree en ello. Mientras tanto, cuatro de los llamados Cinco Finales se ven obligados a enfrentar las repercusiones de su nueva naturaleza, mientras que Gaius Baltar descubre que tiene una comunidad de cultistas femeninas núbiles que creen que él es un agente del "único Dios verdadero".

Starbuck (Katee Sackhoff) y Laura Roslin (Mary McDonnell) se enfrentan con una pistola entre ellas, Lee Adama (Jamie Bamber) se despide de la Galactica, estalla un conflicto violento entre los siete modelos a bordo del Cylon Basestar, y Gaius Baltar (James Callis) es directamente involucrado en la situación de los "Cinco Finales".

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

Cuando una nave pesada tripulada por Leoben Conoy se acopla a bordo de la Demetrius, se forman confrontaciones entre la tripulación sobre la posibilidad de un alto el fuego con los rebeldes Cylon, mientras que Starbuck confía en un viejo enemigo.

Una lesión grave pone fin al intento de motín a bordo del Demetrius, Kara lidera a su tripulación hacia el Basestar de los rebeldes Cylon, y Roslin comienza a entender el atractivo de Gaius Baltar para sus seguidores. Mientras tanto, Anders intenta encontrar secretamente respuestas a su propósito como miembro de los Cinco Finales.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

El Híbrido sigue saltando la nave basestar, y Roslin tiene visiones. Los tres, D'Anna, están desactivados. Humanos y Cylon se enfrentan en una batalla para destruir el Resurrection Hub. Baltar está gravemente herido y Roslin debe decidir si ayudarlo o no.

D'Anna exige que los cuatro Cylons de la flota sean enviados a la nave basestar. Solo Tory va, mientras que los otros tres son atraídos repentinamente hacia la Viper de Kara por la música. Finalmente se encuentra la ruta hacia la Tierra.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Roslin está a bordo de un raptor en camino a la Base Estelar Rebelde de los Cylon, pero Gaeta ha ordenado que lo ataquen y destruyan. Los marines han utilizado una granada aturdidora contra Adama y Tigh. Roslin logra enviar una transmisión inalámbrica para que todos escuchen y se enteren de lo que Gaeta ha hecho. Ella y los demás apenas logran llegar a la Base Estelar, donde convence a Tory y a los demás Cylon de utilizar la Flota como cobertura para evitar que Gaeta la ataque. También cree que Adama podrá salvar al resto de los Cuatro Finales. Temporalmente a salvo, los Cylon Rebeldes comienzan a votar si deben simplemente saltar y aceptar sus pérdidas. Adama es llevado ante Gaeta y Tigh es encarcelado con Caprica Six, Anders, Athena, Helo y su hija Hera. Zarek llega a bordo de Galactica en Colonial One con el Quórum. A instancias de Gaeta, Zarek acepta llevar a Adama a juicio por traición, con Romo Lampkin asignado como su abogado defensor. Solo hay un problema: el Quórum se niega a reconocer la autoridad de Zarek. Sin embargo, Zarek está decidido a seguir su máxima de "La verdad es contada por aquellos que quedan en pie". Solo Tyrol, que está solo, y Lee, que está con Starbuck, son la última esperanza de Galactica.

Hace dieciocho meses: Saul envenena a Ellen, quien luego se encuentra descargada en un nuevo cuerpo a bordo de una Nave Base Cylon, con un único Centurión vigilándola. Después del shock inicial, ella tiene una revelación al recordar cosas que había olvidado. Día de hoy: El Dr. Cottle está operando a Anders, quien tiene una bala alojada en su cerebro. Anders comienza a recordar cosas que había olvidado. Hace dieciocho meses: Cavil va a ver a Ellen, quien lo llama John, porque ese es su "verdadero" nombre. Cavil dice que odia ese nombre. John fue el primer modelo de Cylon que *Ellen* creó. También creó otros siete. Entonces, en realidad solo hay *ocho* modelos de Cylon y los "Cinco Finales" son en realidad copias de humanos que vivieron hace 2.000 años y, juntos, crearon la Resurrección, que les permitió a ellos y a los Cylons descargarse. El número siete, Daniel, era el favorito de Ellen. Celoso, John saboteó el proceso de usar la Resurrección en Daniel, haciéndolo único. John y Ellen comienzan un debate filosófico y ético de meses sobre la interacción entre Cylon y humano. John dice que comenzó el genocidio de la humanidad porque sus "antepasados del lado Centurión eran los esclavos de la humanidad". Y él quiere justicia por eso. Día de hoy: Anders le dice a Starbuck que ha visto "todo" y necesita que Kara traiga "a los demás" - Galen, Tory, Saul y Ellen - a su lado. Anders dice que recuerda todo y sabe por qué han llegado hasta la Tierra... Adama reincorpora a Tyrol como Jefe de Ingeniería. Tyrol comienza a inspeccionar los daños que Galactica ha sufrido durante su viaje. Pero él no está preparado para lo que encuentra y Adama no está preparado para lo que Tyrol sugiere como método de reparación.

Ellen and Boomer travel to the Galactica. Saul is entranced at the sight of his wife while Adama puts Boomer in the brig. Ellen is not so pleased when she learns that Caprica Six is pregnant by Saul. Her interference and jealousy leads Six to have a miscarriage. Sam Anders survived the operation but now seems to be brain dead. Ellen is disappointed that the Final Five cannot be completely reunited. By majority vote, the Five agree that they will go off on their own, leaving the Colonial Fleet behind. Adama has agreed to have the cracks in the Galactica's hull repaired using a Cylon living resin.

Kara conoce a un pianista que le recuerda a su padre. Intenta tocar una melodía que recuerda de su infancia, y un dibujo hecho por Hera la ayuda. Mientras tanto, Boomer será juzgada por traición. Tyrol toma su lado y la ayuda a escapar.

Con Hera ahora probablemente en manos de John Cavil, el Almirante Adama envía equipos de búsqueda para localizar La Colonia, el mundo natal de los Cylon, por así decirlo, que Ellen Tigh dice que es el único lugar donde imagina que podría estar. Adama llega a regañadientes a la conclusión de que la Galactica ha llegado al final de sus días. Ordena que se detengan todas las actividades de reparación y decide despojar la nave y compartir todo lo que se pueda salvar con el resto de la flota. Mientras tanto, Starbuck comparte con Gaius Baltar lo que encontró en la Tierra inhabitable. Él posteriormente - y de manera bastante pública - la proclama como un ángel.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.

A medida que los conflictos llegan a su punto culminante, los Cylons y los humanos se enfrentan a una elección crucial.