Paddington, que se ha establecido con la familia Brown en Windsor Gardens, se ha vuelto popular en su comunidad y ofrece a las personas apoyo emocional de diversas formas. Para comprar un libro emergente único de Londres en la tienda de antigüedades de Samuel Gruber para el cumpleaños número 100 de su tía Lucy, Paddington realiza varios trabajos ocasionales y ahorra su salario, pero el libro es robado. Paddington lo persigue, pero el culpable escapa y Paddington es incriminado y arrestado. Aunque Gruber y los Browns no creen que Paddington haya robado el libro, sin evidencia de que el ladrón existiera, Paddington es condenado y encarcelado por error. El ladrón pronto regresa a casa y se revela que es Phoenix Buchanan, un actor egoísta que vive frente a los Brown.

En 1946 una escritora de espíritu libre, Juliet Ashton, establece una amistad con los residentes de Guernsey Island tras la Segunda Guerra Mundial, y decide escribir un libro sobre sus experiencias durante la guerra.

En un esfuerzo por frustrar los planes de Grindelwald de criar magos de sangre pura para gobernar sobre todos los seres no mágicos, Albus Dumbledore recluta a su ex alumno Newt Scamander, quien acepta ayudar, aunque no es consciente de los peligros que se avecinan. Se trazan líneas a medida que se ponen a prueba el amor y la lealtad, incluso entre los amigos y la familia más verdaderos, en un mundo mágico cada vez más dividido.