El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

El equipo, ahora designado como SG-1, está planeando su próxima incursión a través de la puerta mientras intentan mapear la variedad de sitios disponibles y localizar a sus amigos desaparecidos. O'Neill pide que Teal'c se le permita unirse a su equipo, pero el Gral. Hammond piensa que eso será poco probable dado que él es el huésped de un Goa'uld. Sin que nadie lo sepa, sin embargo, el amigo cercano de O'Neill, el Mayor Charles Kawalsky, líder del SG-2, ha sido infectado por un Goa'uld, una versión inmadura que aún no ha tomado el control completo del huésped. Kawalsky tiene apagones regulares durante los cuales el Goa'uld intenta regresar a la puerta. Una resonancia magnética revela cuál es el problema, pero es poco probable que la criatura que se ha fusionado a la columna de Kawalsky pueda ser removida quirúrgicamente. Mientras tanto, el Coronel Kennedy llega para interrogar a Teal'c, quien ha prometido lealtad a su nuevo mundo.

The Stargate base is put in deadly peril when it is contaminated with a dangerous infection which causes its victims to become mindlessly animalistic brutes.

SG-1 va al planeta Cimmeria en busca de aliados contra los Goa'uld. Al llegar, Jack y Teal'c quedan atrapados en un laberinto, donde la única salida es a través del Martillo de Thor, un dispositivo para destruir a los Goa'uld pero preservar al anfitrión. Daniel Jackson debe destruir el dispositivo que podría haber salvado a su esposa en el futuro para liberar a sus amigos.

SG1 travel to a planet where Teal'c is recognised as once having been head Jaffa to Apophis. He is arrested for the murder of a villager and put on trial for his life. Then other Jaffa attack the village. Will SG1 be able to save Teal'c and prove that he has changed allegiance?

En su primera visita a un nuevo planeta, SG-1 descubre que está sujeto a una actividad volcánica totalmente destructiva y salva a diez nativos, los Tollan, una sociedad mucho más avanzada tecnológicamente. Su líder, Omoc, no está agradecido ni interesado en una raza tan primitiva como los terrícolas o cualquiera de los planetas "aún más primitivos" que están dispuestos a acogerlos. Solo un Tollan, Narim, muestra un interés activo en la vida en la Tierra, especialmente en la capitana Samantha Carter y el gato Schrodinger que ella le regala, explicando que su planeta fue destruido después de que los Tollan suministraran una fuente de energía ilimitada a un planeta vecino primitivo que la utilizó para crear un arma catastrófica. Mientras tanto, la Casa Blanca autoriza al coronel Maybourne del NID a hacerse cargo de los Tollan con fines militares, exactamente como temía Omoc.

Después de llegar a P3X-989, el equipo queda inconsciente. Cuando despiertan, regresan a la Tierra, pero pronto descubren que son androides. El equipo debe regresar al planeta para averiguar qué le sucedió a sus cuerpos reales.

Mientras recolecta artefactos en un planeta distante, Daniel Jackson queda inconsciente después de tocar un objeto similar a un espejo. Despierta en la misma habitación pero no puede encontrar a los demás miembros de SG-1. Suponiendo que se fueron sin él, marca el regreso a casa pero llega a encontrar que está en una realidad diferente. En este mundo, el General Jack O'Neill y Catherine Langford están a cargo del programa Stargate; Hammond es un Coronel que informa a O'Neill; y Sam Carter es una científica civil que trabaja en el proyecto (y también está comprometida con O'Neill). Más importante aún, la Tierra está siendo atacada por los Goa'uld, quienes ya han matado a más de mil millones de personas. Carter cree que de alguna manera, Jackson es de una dimensión paralela. Cuando Jackson descubre el punto de origen del ataque de los Goa'uld, quiere regresar a su propio universo, creyendo que su Tierra será atacada de manera similar.

Samantha Carter se convierte en el hospedador de un Goa'uld cuando intentaba salvar la vida del hospedador anterior.

SG-1 discovers an ancient artifact and brings it back to the SGC. Ariving at the SGC, it becomes active, pins O'Neill to the gate room wall, and unleashes a virus into him.

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

SG-11 failed to report regularly while mining trinium, a vital mineral for earth's defense against the Goa'uld. SG-1 finds them missing, and all traces cease at the site of arrow-heads made from trinium. Then they are all sedated by such arrows and brought to the village of Tonané, whose earthly tribal ancestry Daniel identifies by its animal totems. However, they are soon awake and released, their guns even returned, and promised to get their friends back, too, from the wolf spirit T'akaya, and the raven-shaped supreme spirit Xe'ls. The council of elders refuses to allow resuming of the mining, which is disrespectful to nature, but Tonané is delegated to be shown alternatives on earth. Both teams return to SGC, or so it appears; in fact, SG-11 is a series of incarnated spirits, who are soon convinced the earthlings are most untrustworthy.

SG-1 viaja a un planeta cuya gente son aliados de los Asgard.

Daniel falls victim to an invention that swaps his body with that of a dying man.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

Los Asgard y tres Señores del Sistema Goa'uld se reúnen en el Comando Stargate para negociar una modificación de tratado, pero la subterfugio y la traición amenazan no solo el éxito de las negociaciones, sino también a la Tierra misma.

Una incursión alienígena toma el control de la base.

El equipo SG1 se embarca en un viaje para visitar un planeta con una playa idílica, pero tan pronto como atraviesan el portal estelar, se encuentran de vuelta en el SGC. Pensaban que acababan de salir, pero han estado desaparecidos durante horas. Pronto descubren que un dispositivo alienígena ha sido implantado en sus cerebros y un ser llamado Urgo se revela ante el equipo. Sin embargo, nadie más puede verlo y es extremadamente irritante. ¿Podrán extraerlo antes de que pierdan la cordura?

An old love of Teal'c approaches the SGC and the Tok'ra claiming that her Goa'uld symbiote has been convinced to defect with their help.

Cuando un miembro del equipo SG intenta asesinar al líder de los Tok'ra, se cree que algunos miembros del SGC han sido convertidos en Za'tarcos: asesinos programados. La Tok'ra Freya llega al SGC con Martouf para intentar probar a todos los miembros del equipo SG. Pero el detector de Za'tarcos sugiere que O'Neill y Carter en realidad son Za'tarcos. ¿Es esto correcto y hay otro Za'tarc en el SGC?

El Coronel O'Neill y Teal'c se dan cuenta de que ellos y sus amigos están atrapados en un bucle temporal.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

Un chico adolescente se presenta en el SGC afirmando ser Jack O'Neill. Recuerda un sueño en el que un Asgard lo estaba estudiando. Determinan que deben encontrar a este Asgard para arreglar lo que le han hecho a Jack.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

SG-1 encuentra un híbrido Goa'uld-Humano en estasis en un laboratorio abandonado de los Goa'uld y lo llevan de vuelta a la Tierra para estudiarlo, donde descubren que fue creado utilizando el ADN de Anubis.