The discovery of the Stargate creates a war between two nations on the planet Tegalus with Daniel in the middle of it.

Having obtained permission to live off the base, Teal'c rents an apartment, telling neighbors that he has recently arrived from Mozambique. He's under orders to keep a low profile but can't seem to help himself when it comes to helping his neighbors. He helps one who is about to be assaulted by three thugs, but it's his next-door neighbor who seems to need assistance. Krista is having problems with her boyfriend, Doug. Teal'c soon realizes that Doug is beating her and warns him that should he hurt her, Teal'c will kill him. It all becomes very difficult when Doug is found dead in Krista's apartment. Daniel Jackson soon after receives an offer - translate a Goa'uld text, and he will get ironclad evidence that Teal'c is innocent. Meanwhile, Carter is shocked when her boyfriend Pete Shanahan tells he asked for a transfer to the local police department and asks her to marry him.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

Vala leads SG-1 to a planet which the Priors have visited with a plan to keep them from worshiping the Ori. Once there she reveals that the symbiote that once held her ruled over this planet. She feels that keeping them in allegiance to her will hinder the spread of Origin to this world.

SG-1 investigates a planet that is said to be the home of the Warriors of Sodan, a legendary tribe of Jaffa said to have not served the Goa'uld in 5,000 years. In an encounter with the warriors, Mitchell deals a deadly blow to one of the Sodan and is captured and taken to their village. There he awaits a battle to the death as punishment for his crime.

Los Ori desatan una plaga mortal en la Tierra, lo que lleva a un poderoso aliado del pasado de SG-1 a acudir en su ayuda.

La plaga continúa propagándose entre la población de Estados Unidos y el Presidente ha puesto en cuarentena a la nación. Teal'c está suplicando al Alto Consejo Jaffa que rechace el Origen, pero Gerak llega, habiendo sido transformado por los Ori en un Prior. Cameron y Daniel buscan la sangre del Prior que causó la plaga para curarla, pero una vez más han sido capturados por los Sodan.

El equipo se va a otro mundo y termina en serios problemas. Mientras tanto, Landry se enfrenta a tener que decidir si Vala puede ser confiable para quedarse en el SGC.

Cuando todo un pueblo puede sufrir la ira fatal de un Prior de los Ori por no convertirse, el General Landry ordena a Carter probar un dispositivo experimental basado en la tecnología de Merlin para transportar todo su pueblo. La prueba funciona, pero antes de que puedan activarlo a gran escala, una fuerza Ori toma el pueblo, hiere a Sam y mata a los aldeanos cerca de la Puerta Estelar ante los ojos de Vala. Su esposo, Tomin, la captura pero afirma no amarla. Se le ordena, como castigo por ser engañado por ella, reeducarla. Sam y Cam logran activar la parte funcional del dispositivo, por lo que su edificio queda oculto de los Ori, quienes amenazan a los líderes del pueblo y descubren y arrestan a Teal'c. Incluso después de que los aldeanos restantes se someten, el Prior decide destruir a todos ya que no pudo encontrar a Sam, lo que hace que Tomin dude de su fe, informe a Vala y enfrente al Prior. Los aldeanos quieren sacrificar a Teal'c, pero un líder los detiene. Después de ver al Prior destruir el pueblo, Tomin envía a Vala abajo, donde ella ve si Carter logró, justo a tiempo, hacer funcionar el dispositivo...

Durante un experimento fallido, Samantha es transportada a un universo paralelo donde oculta la Tierra para salvarla de un ataque de los Ori. Regresar a su propio universo no es recibido con simpatía.