El General Hammond ha intentado de todo para revertir la decisión del Senado de cerrar su programa Stargate, pero el Presidente se niega personalmente a "cometer suicidio político": el Stargate será enterrado. La insistencia de Daniel -de que el peligro para la Tierra en su conjunto es más importante- convence a sus colegas de ignorar el mandato de Hammond y marcar la dirección desde la cual comenzó la invasión de los Goa'uld en la realidad alternativa que él visitó. Llegan no a un planeta, sino a una nueva nave espacial de tipo superior, ya lanzada por hiperimpulsión. Un "video" prueba que pertenece a Apophis, quien le da el mando a su hijo Klorel, cuyo huésped no es otro que el joven amigo abydónico del equipo, Skaara. Dominar a Skaara parece ser su mejor movimiento, mientras Sam instala explosivos en la cubierta de los planeadores de la muerte con un temporizador de 24 horas por si acaso, pero los Jaffa logran liberar a Klorel. Jack descubre que la nave va mucho más rápido de lo esperado.

The SG-1 team awake to find they have lost their memories. They believe they are workers in an underground power station. They are told that they are helping to preserve life during an ice age. In truth, they are slave labor to a huge domed city above. When Teal'c starts to recover his memory and is given another amnesia treatment, he forgets his Kelno'reem and starts to die. Will the others recover their memories in time to save him?

Mientras aún lidian con la pérdida de Daniel Jackson, el SGC es contactado por los Asgard, quienes requieren ayuda para enfrentar a Anubis, quien parece tener nueva tecnología de escudos que puede repeler las armas Asgard.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.