El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

El General Hammond ha intentado de todo para revertir la decisión del Senado de cerrar su programa Stargate, pero el Presidente se niega personalmente a "cometer suicidio político": el Stargate será enterrado. La insistencia de Daniel -de que el peligro para la Tierra en su conjunto es más importante- convence a sus colegas de ignorar el mandato de Hammond y marcar la dirección desde la cual comenzó la invasión de los Goa'uld en la realidad alternativa que él visitó. Llegan no a un planeta, sino a una nueva nave espacial de tipo superior, ya lanzada por hiperimpulsión. Un "video" prueba que pertenece a Apophis, quien le da el mando a su hijo Klorel, cuyo huésped no es otro que el joven amigo abydónico del equipo, Skaara. Dominar a Skaara parece ser su mejor movimiento, mientras Sam instala explosivos en la cubierta de los planeadores de la muerte con un temporizador de 24 horas por si acaso, pero los Jaffa logran liberar a Klorel. Jack descubre que la nave va mucho más rápido de lo esperado.

A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

El equipo SG-1 es solicitado por los Tollan para participar en un juicio relacionado con Skaara y si él o el parásito Goa'uld, Klorel, tienen el control de su cuerpo.

Para ayudar a Teal'c a aclarar su mente nuevamente, el SG-1 pide ayuda a Bra'tac. Bra'tac elimina el Goa'uld de Teal'c y Teal'c se ve obligado a recordar ciertos recuerdos de su pasado para regresar a ser el verdadero Teal'c al final. El SG-1 está contento de tenerlo de vuelta.

Montando en el ascensor en el SGC, O'Neill es visitado por Daniel Jackson, quien necesita su ayuda. Daniel le dice que Anubis se dirige hacia Abydos para buscar algo llamado el Ojo de Ra, una reliquia que haría a Anubis todopoderoso. Es esencial que el SG-1 vaya a Abydos y asegure el Ojo, pero nadie lo ha visto, incluyendo a Daniel, y nadie ha podido encontrarlo. En el planeta, ven a su viejo amigo Skaara y, con la ayuda de Daniel, localizan el Ojo. También encuentran una tableta que habla de una ciudad perdida de los antiguos. Cuando Anubis y sus tropas aterrizan en masa, hay poco que alguien pueda hacer para detenerlos. Al final, queda en manos de Daniel decidir si intentará detener a Anubis, rompiendo así una regla cardinal de los Antiguos.

Un hombre irrumpe en la casa de Jack y lo amenaza con una pistola, afirmando que Jack arruinó su vida. Hace siete años, encontró un artefacto antiguo en una venta de garaje que le permite ver todas las misiones de SG-1.