Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Rodney can't remove an Ancient device that makes him invincible but prevents him from eating or drinking. Meanwhile, there are power malfunctions throughout the city and one of the Athosians mentions seeing a shadow.

Sheppard es mordido por un insecto similar a un Wraith y está muriendo. Mientras el transportador regresa, queda atascado en la Puerta Estelar. Hay 38 minutos para encontrar una solución.

There's suspicion of a Wraith collaborator and some of the team suspect the Athosians. Ford and Sheppard find land on Atlantis' planet.

Rodney investigates a ZPM from a planet whose inhabitants kill themselves when they turned 25 years old to prevent the Wraith from feeding on them.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

Atlantis quiere comerciar alimentos con los Genii, una civilización simple que resulta no ser tan simple. Ellos están planeando un ataque nuclear contra los Wraith.

Una extraña niebla que genera energía permite viajar de regreso a la Tierra. Pero algo está mal.

Dos huracanes se acercan a Atlantis y es necesario evacuar. El líder del planeta que los acogerá le informa a los Genii sobre la situación.

McKay y Weir comienzan a reparar la estación de conexión a tierra, mientras Sheppard intenta luchar contra Kolya. El puddle jumper en la costa entra en el ojo de la tormenta.

El Mayor John Sheppard, Rodney McKay y dos científicos exploran un planeta donde una nave espacial de los Wraith, que se estrelló allí hace 10.000 años durante la guerra entre Atlantis y los Wraith, todavía está enviando una señal de SOS.

A team of scientists, including McKay, Zelenka and Ford, are exposed to a deadly virus. Sheppard goes after one of the scientists trying to escape.

Sheppard invita a una sacerdotisa, quien afirma no saber sobre un arma que protege su planeta de los Wraith, a Atlantis para discutir el asilo para los refugiados.

Es el cumpleaños de Elizabeth y recibe un regalo muy especial: una mujer que ha estado en estasis en un laboratorio de Atlantis durante 10.000 años y en realidad es ella misma.

El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

McKay y Zelenka idean un plan para reparar el satélite de armas de los Antiguos. Bates y Teyla se meten en una pelea. Poco después, lo encuentran inconsciente y gravemente herido.

Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

Después de un intento de recuperar a McKay y la teniente Laura Cadman de los bancos de memoria de un dardo Wraith, Cadman queda atrapada en la mente de McKay.

The team discovers a planet where the Stargate is kept on a prison island to keep the Wraith satisfied. Their magistrate is willing to trade a rare mineral.

El equipo descubre un antiguo proyecto para crear la fuente de energía definitiva. McKay cree que puede terminarlo. Ronon descubre que no es el único sobreviviente de Sateda.

The team find a hidden Wraith girl, cared for by a man with a serum that he claims can satisfy her hunger. Beckett wants to perfect a retrovirus that can turn Wraith into humans.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

McKay encuentra una nave de guerra antigua a la deriva en el espacio. Sheppard descubre que llevan un comunicado que menciona una debilidad en la tecnología de los Wraith.

El equipo es capturado por Ford y se ven obligados a tomar la enzima Wraith. Ford tiene un plan.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

El equipo descubre una cresta que solo se puede ingresar a través de una puerta. Sheppard es arrastrado por un campo. McKay descubre que el tiempo pasa muy rápido detrás de ella.

La Confianza, una organización terrorista Goa'uld, ha colocado una bomba en Atlantis.

McKay y un piloto se estrellan con un saltador de charcos en el océano en Atlantis. Comienzan a hundirse.

Colonel Sheppard's team finds a world where the leader lives in a tower that possesses the power to stop Wraith attacks.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

Mientras Teyla y Ronon investigan la misteriosa muerte del Mayor Lorne, el genio Ladon Radim contacta con Atlantis. Él quiere intercambiar un ZPM por suministros de armas.

Michael Kenmore, un nuevo teniente, despierta en la enfermería y no recuerda nada. Los demás miembros de la expedición están muy preocupados por su bienestar, ya que parece diferente.

Atlantis ayuda con la reparación de un generador de escudos antiguos en Taranis. Descubren que los taranianos están en posesión de una nave de guerra antigua.

La nave colmena que se acerca a Atlantis es de Michael. Él quiere hacer un intercambio: el retrovirus a cambio de no revelar el secreto de Atlantis y obtener información sobre la tecnología de los Wraith.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Sheppard and the others are now in control of the one remaining hive ship with most of the Wraith transformed into human form, courtesy of the retrovirus. They do learn something interesting about female Wraiths, however. After they return to Atlantis, the question becomes one of what to do with the Wraiths who are again human, especially Michael who has proved to be quite helpful. Elizabeth Weir meanwhile is surprised to hear that she is to return to Atlantis as the expedition leader. She will be accompanied however by Richard Woolsey who is to review her leadership and make recommendations to the International Oversight Advisory on whether she should be allowed to continue.

Sheppard and the team continue their visits to new planets. McKay is tired of all these visits and is keen on implementing a series of gates that will allow them to travel from Atlantis to Earth in a mere 30 minutes without using the power of a ZPM or the two weeks it takes them on the Daedalus. He takes a somewhat different tack however when he sees all of the very friendly young women in the village. Their leader, Lucius Lavin, seems to be a very affable sort and has the locals eating out of their hands. He claims to be an apothecary of sorts and have a cure for every disease, which is certainly of interest to Dr. Beckett. Lavin is invited to Atlantis and soon everyone, including Elizabeth Weir and McKay have fallen victim to his charms. It's left to Sheppard to sort it all out.

Después de que un grupo de personas capturan y entregan a Ronon a los Wraith, él vuelve a convertirse en un fugitivo, pero esta vez lo dejan en su planeta natal, Sateda, donde el Stargate ha sido desactivado.

La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

Dr Weir finds herself on Earth where, to everyone else, the Atlantis Expedition was just her delusion.

John Sheppard es secuestrado por los Genii y está en compañía de un Wraith.

La hermana de Rodney es llevada a Atlantis para hacer uso de una de sus teorías.

A device that creates hallucinations affects the team off-world.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.

El equipo regresa a Atlantis en un intento de recuperar el control de la ciudad.

Teyla presencia lo que parecen ser apariciones de los Antiguos, que pronto otras personas comienzan a ver.

The team investigate rumours of an invincible hero off-world, only to find Lucius Lavin again manipulating a hapless village.

Cuando Rodney usa un dispositivo Antiguo, obtiene poderes especiales, pero pronto la Dra. Weir descubre que es un regalo de doble filo: si no asciende, morirá.

El equipo de Atlantis encuentra un programa en la base de datos de Atlantis que lleva a McKay y Sheppard a un juego al estilo de Sims que podría destruir dos civilizaciones en la Galaxia Pegaso.

The team boards a crippled space station to discover people have been preserved there with the hope to outlive their enemy, the Wraith.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

The Atlantis team finds an Ancient underwater research facility and puts a team together to check it out.

After losing contact with the new Taranin (the people rescued by the Atlantis team when a super volcano threatened to destroy their planet) settlement, Sheppard's team leaves to investigate. Finding the town deserted, they move to investigate an extensive subterranean tunnel system. What they find there holds dark tidings for the entire Pegasus Galaxy.

Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

El equipo de Atlantis, junto con Weir y ahora con la capacidad de realizar grandes saltos en el hiperespacio solo con una jumper, debe ahora viajar al planeta de origen de los replicadores para robar uno de sus muchos ZPMs y traer de vuelta a la ciudad a la vida, y así completar el viaje hacia su nuevo planeta.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

El equipo de Atlantis decide atacar las numerosas naves de los Replicadores, con la ayuda de alianzas incómodas.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

Dr Weir finds herself on Earth where, to everyone else, the Atlantis Expedition was just her delusion.

El equipo de Atlantis, junto con Weir y ahora con la capacidad de realizar grandes saltos en el hiperespacio solo con una jumper, debe ahora viajar al planeta de origen de los replicadores para robar uno de sus muchos ZPMs y traer de vuelta a la ciudad a la vida, y así completar el viaje hacia su nuevo planeta.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

La Confianza, una organización terrorista Goa'uld, ha colocado una bomba en Atlantis.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.