El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

Después de un intento de recuperar a McKay y la teniente Laura Cadman de los bancos de memoria de un dardo Wraith, Cadman queda atrapada en la mente de McKay.

John Sheppard es secuestrado por los Genii y está en compañía de un Wraith.

La IOA está realizando entrevistas de regreso a la Tierra para asegurarse de que todo el personal que sirve en Atlantis (en particular, los extraterrestres) sean adecuados para sus roles. El episodio comienza con Teyla, quien está embarazada, habiendo sido entrevistada y reportando de vuelta a Atlantis. Luego le toca a Ronon. La Coronel Carter no está segura de la capacidad de Ronon para manejar la entrevista de la IOA y, por lo tanto, le pide a Teal'c que vaya a Atlantis en calidad de entrenador para Ronon. Después de un comienzo difícil en su relación, Ronon y Teal'c regresan a la Tierra a través de una serie de Stargates y una Estación Midway que McKay había diseñado previamente. La Estación Midway, ubicada entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegaso, sirve principalmente como un lugar para que aquellos que viajan entre las galaxias cumplan una cuarentena de 24 horas. Mientras Teal'c y Ronon están cumpliendo su cuarentena en la extremadamente estrecha Estación Midway, esta es abordada por los Wraith, a través del Stargate, con la intención de llegar al Comando Stargate en la Tierra. Logran este objetivo, pero solo con Teal'c y Ronon a bordo. Lo que sigue es una batalla entre los Wraith y el dúo de Teal'c y Ronon por el control del Comando Stargate.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.