Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Después de que un grupo de personas capturan y entregan a Ronon a los Wraith, él vuelve a convertirse en un fugitivo, pero esta vez lo dejan en su planeta natal, Sateda, donde el Stargate ha sido desactivado.

Dr Weir finds herself on Earth where, to everyone else, the Atlantis Expedition was just her delusion.

A device that creates hallucinations affects the team off-world.

After returning to Earth for his father's funeral, John Sheppard discovers the existence of a human form Replicator loose on the population.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.