Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

La Entreprise lleva tres semanas viajando cuando descubren un planeta de clase Menshara (viable para formas de vida humanoides). Se trata de un lugar idílico con abundante vegetación y bonitos paisajes que además presenta una atmósfera compuesta por un 17% de oxígeno y un 81% de nitrógeno igual que La Tierra, por lo que deciden explorarlo buscando vida o cualquier clase de huella de ella. Un equipo de investigación con una entomóloga llamada Elizabeth Cutler (Kellie Waymire), Ethan Novakovich (Henri Lubatti), Travis, Tucker, T'Pol y el capitán, embarca en un trasbordador dirigiéndose al planeta. También viaja con ellos Porthos, el perro de Archer. Tras varias peticiones deciden quedarse allí a pasar la noche acampados todos menos el capitán y tras unas cuentas historias de miedo al lado de la hoguera, los campistas se retiran a sus tiendas, pero no pueden dormir mientras que un vendaval repentino y feroz las envuelve. Ethan cree escuchar a alguien fuera de las tiendas. Retirándose a la seguridad de una caverna que habían encontrado aquella tarde a medio kilómetro se dan cuenta que han dejado atrás la comida y Travis se ofrece a ir a buscarla. Golpeado por el virulento viento y envuelto en la oscuridad llega al lugar donde habían acampado y allí puede apreciar a tres formas humanoides antes de regresar a la seguridad de la cueva. T'Pol sugiere que Mayweather imaginaba las figuras, Novakovich oye voces y entra en pánico por lo que quiere escapar de la cueva cuanto antes. Todo ocurre por un agente alucinógeno que les hace ver a seres extraños extraños, y a T'Pol como una traidora.

Mientras que la Enterprise surca las profundidades del espacio, el capitán Archer decide desviarse ligeramente de su ruta prevista para visitar el famoso monasterio vulcano de P'Jem, un santuario para la meditación y la purgación de las emociones (Kolinahr)de 3000 años de antigüedad. T'Pol no está muy de acuerdo con visitar el lugar ya que piensa que no serían bien recibidos al ir humanos al lugar. Pero el capitán quiere ir con Tucker y ella y T'Pol ha de prepararlo todo para ello. Visitan el lugar sin avisar, ya que no poseen tecnología en el lugar, pero el templo presenta grandes desperfectos exteriores y nadie acude a recibirlos a su llegada. Un monje aparece pero les advierte que están en la fase final del Kolinahr) y no los pueden molestar. T'Pol observa cosas extrañas como iconos fuera de sitio, no ser recibidos por varios monjes y el anciano que los ha recibido lo encuentra demasiado agitado. Antes de irse se dan cuenta que alguien los vigila y apunta con unn arma. Archer y Tucker lo reducen y descubren que se trata de un andoriano. Pero antes de poder ponerse en pie más andorianos aparecen y los apresan. Los andorianos son los grandes enemigos de los vulcanianos y ni siquiera conocen la Tierra pero se han hecho fuertes en el monasterio y tienen a los monjes y ahora a ellos apresados. Shran (Jeffrey Combs), el líder andoriano, interroga al capitán y lo acusa de participar en una conspiración con los vulcanianos. Los andorianos son famosos por desconfiados e irascibles. Son del planeta vecino a los vulcanianos y algunas facciones de su raza creen que estos quieren conquistarlos. Desde la Enterprise se dan cuenta de la presencia de una nave no vulcana al lado de la lanzadera. La tripulación del Enterprise se encuentra sin quererlo en medio de una disputa de consecuencias impredecibles.

El sobrino de 7 años de Tucker le ha enviado unos dibujos que han hecho y el doctor Phlox, el propio Tucker y T'Pol están observándolos cuando la Enterprise sale de velocidad warp. Un cometa nunca visto ni conocido por los vulcanos ha aparecido ante sus ojos. El cometa tiene unos 82.6 kilómetros de diámetro con una cola espectacular. Archer envía al comandante Reed y el alférez Mayweather a tomar algunas muestras de rocas ya que cuenta con un mineral llamado eisilium que es muy interesante y raro pero cuando se preparan para la misión una nave vulcana se aproxima. Se trata de la nave Ti'Mor, su capitán, Vanik (William Utay), les saluda y le comenta que les llama la atención su interés por el cometa y se quedarán a observar. T´pol no puede explicarle al capitán que hace allí esa nave. Se detectan unas transmisiones codificadas al camarote de T´pol de la nave Ti'Mor y el capitán Archer tiene que hacer frente a que posiblemente la vulcana ha roto su promesa de comentarle sus conversaciones con miembros de su raza por lo que ordena que Hoshi Sato descifre el mensaje. Archer dirige desde el puente un mensaje a los alumnos de cuarto curso que cursan estudios con el sobrino de Tucker en Irlanda y contestan a sus múltiples preguntas sobre la comida, sobre si se liga, como hablan con los alienígenas o la pregunta que le toca contestar a Tucker “al tirar de la cadena a donde va todo”. En el cometa Reed y el alférez Mayweather construyen un muñeco de nieve mientras prosiguen con sus investigaciones. Tras descifrar el mensaje se dan cuenta que es una carta personal para T'Pol y Tucker que la ha leido se siente tremendamente culpable por ello, tanto que decide contárselo. Ella se siente incómoda con Tucker ya que sabe su situación, aunque él acuerda guardarla para si mismo. T'Pol incluso no confiará en el Dr. Phlox cuando recibe tratamiento para un dolor de cabeza y insomnio que le provoca la tensión, pero el doctor aconseja que ella hable con

Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

El Enterprise es atacado una y otra vez por naves extranjeras. Sus armas no funcionan. El capitán Archer da orden de regresar a la Tierra para instalar nuevas armas en el NX-01, pero la tripulación se niega. La nave corre peligro de ser destruida, y Reed y Tucker comienzan a instalar las armas...

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

Los graves daños causados por el campo de minas enemigo obligan a la tripulación del Enterprise a buscar un lugar adecuado para repararlo. Tras inspeccionar la cubierta exterior, los peores temores del capitán se hacen realidad: sin ayuda exterior, la reparación duraría más de dos años. Un vuelo más largo a velocidad superior a Warp tampoco es posible. El ojo avizor del oficial científico T'Pol descubre un hangar de reparación automática con tecnología extraordinariamente avanzada. La reparación concluye en apenas dos días. De pronto, el alférez Merryweather ha desaparecido, aunque el capitán no le había autorizado a abandonar el puerto, lo que da comienzo a una búsqueda desesperada por la estación desconocida...