Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.

Con Simon siendo retenido en el Hotel DuMort, Clary implora ayuda a Jace, Alec e Isabelle para rescatar a su mejor amigo. Mientras el equipo se prepara para la misión, Jace ayuda a Clary a conocer más sobre sus poderes de Cazadora de Sombras, Isabelle acude a su seelie favorito para conseguir información, y Alec empieza a cuestionarse los motivos de Jace y su lugar en su asociación Mientras tanto, un Simon muy asustado se pone muy de cerca y personal con Camille, la líder del clan de vampiros.

Las tensiones aumentan entre Alec y Clary, ya que no se poner de acuerdo manera de cazar a Valentine. Pero cuando Jace e Isabelle son enviados en una misión de inteligencia para los Seelies por Maryse Lightwood, Alec es puesto a cargo de mantener a Clary segura, muy a pesar de ambos. Con dura madre de vuelta en la ciudad y las tendencias a romper reglas de Clary, Alec se encuentra luchando para atenerse a las reglas de la Clave, manteniendo su promesa a Jace.

Clary considera si debe revivir a Simon como vampiro. En el instituto, la aparición de la enviada de Clave, Lydia Branwell, obliga a Alec a sacrificarse.

Tras el ataque, el Instituto y la Clave están en máxima alerta y no toman prisioneros para obtener respuestas. Lydia decide trasladar e interrogar a Meliorn. Jace, Clary e Isabelle temen que esta decisión podría ser desastrosa y el camino equivocado para derrotar a Valentine. Al no tener otra opción, el trío toma medidas drásticas para detener lo que está a punto de tener lugar. Mientras tanto, Simon se esfuerza por hacer frente a su nueva situación, y Alec está emocionalmente roto con lo que está sucediendo en el Instituto.

Después de recibir información importante sobre Valentine de un aliado sorprendente, Clary, Jace y Luke idean un plan para rescatar a Jocelyn. Con la misión pareciendo casi imposible, no se detendran ante nada para rescatar a la madre de Clary y detener a Valentine una vez por todas. Mientras tanto, el Inquisidor Herondale llega al Instituto para el juicio de Isabelle mientras Alec recurre a Magnus en busca de ayuda.

El Instituto está en pleno funcionamiento mientras todos se están preparando para la boda de Alec y Lydia. Lydia está recibiendo los últimos retoques en su vestido de novia, las decoraciones de la boda se ponen e Isabelle está tratando de encontrar una manera de hacer una fiesta de soltero mundana tradicional para su hermano-le guste o no. Durante lo que debería ser un momento de gran celebración para muchos es lejano a eso a medida que examinan sus relaciones. Alec está luchando entre dos lados -su matrimonio es uno de los días más importantes de su vida y su parabatai debe permanecer a su lado, pero por desgracia, todavía hay una gran cantidad de tensión entre él y Jace. Alec también continúa luchando con sus sentimientos por Magnus, especialmente cuando Magnus no se da por vencido con Alec. Mientras que en el Instituto hay un aire de romance, Clary trata desesperadamente de hacer funcionar las cosas entre ella y Jace, pero él no parece dispuesto a cambiar de opinión. Entre todo esto, Jace, Clary y Magnus buscan a Ragnor Fell, un brujo poderoso, para ayudarles a crear un antídoto para Jocelyn.

El tiempo corre para los Shadowhunters en su búsqueda de detener a Valentine. Jace, quien aún está lidiando con todo lo que ha sucedido, hace de la cacería de Valentine su prioridad número uno aunque continúa batallando con sus confusos sentimientos. Esperando encontrar una forma de detener a Valentine antes de que sea demasiado tarde, Clary y Simon deben encontrar la llave para desbloquear el coma de Jocelyn. Pero esa llave para desbloquear el hechizo de Jocelyn podría deshacer el tratado de paz con los subterráneos, la relación de Simon con Raphael y el clan de vampiros en el proceso. Mientras tanto, Alec debe lidiar con las consecuencias de su decisión y lo que su elección significa para su futuro.

Valentine tiene una nueva idea para ganarse a Jace, Simon le pide ayuda a magnus y Clary busca el equilibrio entre su vida pasada y la actual.

Con la vida de Alec pendiente de un hilo, Jace trata de salvar a su parabatai mientras enemigos de ambos mundos confabulan contra los guerreros.

Jace sigue presionero mientras Clary atrapa un demonio que penetra el instituto. Por otro lado, Jocelyn podría enfrentar un importante cambio.

Izzy y Clay acuden a una secta guerrera de shadowhunters que podría saber más sobre una misteriosa espada.

Alec planea la ceremonia de runas para su hermano Max, pero la tensión aumenta entre los shadowhunters y conduce a una velada de dolorosas revelaciones.

Clary enfrenta un gran obstáculo y la activación del pacto de sangre de Iris. Mientras tanto, Isabelle y Raphael se acercan cada vez más.

Mientras Valentine ejecuta su plan, los Shadowhunter se movilizan rápidamente para proteger al mundo subterráneo, y la vida de Clary está en peligro.

Los shadowhunters quedan devastados tras el ataque de Valentine al instituto, pero se ven obligados a luchar contra un demonio que amenaza Nueva York.

Mientras Valentine y Magnus intentan escapar de la cárcel, Jace lucha con una nueva identidad, y los shadowhunters enfrentan un posible alzamiento.

La súbita muerte de varios shadowhunters obliga a los líderes del instituto a tomar medidas polémicas para defenderse de una violenta revolución del mundo subterráneo.

Clary, Jace y Simon parten hacia la Corte Seelie para obtener respuestas de la reina de las hadas, mientras Alec prepara un acuerdo de paz con los subterráneos.

Simon despierta sin memoria y bajo sospecha de asesinato, mientras Alec transfiere a Valentine a Idris, y alguien del pasado de Sebastian surge de la nada.

Con Valentine y Sebastian sueltos, los Downworlders se unen para hacer una elección sorprendente.

Jace y Clary se apresuran a hacer una posición final, pero cuando un traidor es revelado, Jace y Clary pueden tener una pelea en sus manos grande más grande de lo esperado. Mientras tanto, Alec e Izzy deben luchar contra una gran masa de demonios que han aparecido inesperadamente, mientras Luke y Simon se dirigen a la Corte Seelie para tratar un negocio inconcluso con la Reina Seelie.

Clary ha dejado de ser una shadowhunter en formación, pero oculta un gran secreto. Un demonio desconocido está poseyendo a los mundanos. Magnus ya no es Gran Brujo.

Alec invita a su madre a una cena familiar con la ayuda de Magnus. Raphael se enfrenta a una desgarradora tragedia personal. Simon intenta entrar en la corte seelie.

Los amigos de Jace notan cambios inquietantes en su personalidad. Simon conoce a un compañero de piso ideal. Izzy y Clary persiguen a un vampiro descontrolado.

Luke sospecha sobre el destino de Clary. Izzy descubre algo inquietante sobre la Clave.Simon intenta quitarse la marca de la frente.

Los shadowhunters buscan a los asesinos de los vampiros. Clary empieza a comportarse de forma extraña por culpa de la runa. Magnus no es bien recibido en el Instituto.

Izzy y Simon se embarcan en una peligrosa misión que destapa la corrupción en la Clave. Clary y Jonathan recuerdan momentos oscuros de su infancia.

Consumido por la runa, Clary huye con Jonathan a un club del mundo subterráneo donde espera obtener la espada Estrella del Alba. Izzy trata de reforjar a Gloriosa.

Los aliados se enfrentan a Lilith en su versión más poderosa. Mientras tanto en la Tierra, Jonathan planea un ataque devastador contra los institutos.

Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.

Izzy y Simon se embarcan en una peligrosa misión que destapa la corrupción en la Clave. Clary y Jonathan recuerdan momentos oscuros de su infancia.

Los shadowhunters buscan a los asesinos de los vampiros. Clary empieza a comportarse de forma extraña por culpa de la runa. Magnus no es bien recibido en el Instituto.

Los amigos de Jace notan cambios inquietantes en su personalidad. Simon conoce a un compañero de piso ideal. Izzy y Clary persiguen a un vampiro descontrolado.

Alec invita a su madre a una cena familiar con la ayuda de Magnus. Raphael se enfrenta a una desgarradora tragedia personal. Simon intenta entrar en la corte seelie.