Es la mañana después de su escape de la prisión de Fox River, y los reclusos evitan por poco ser atrapados por Bellick mientras saltan a un tren de carga. El agente especial del FBI Alex Mahone ha sido asignado a su caso y convoca una conferencia de prensa instando al público a entregar a los "Fox River 8". Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note y Sucre se encuentran con un cazador y su hija. Él los apunta con un arma hasta que Abruzzi toma a la hija y obliga al cazador a darles su SUV y dejarlos ir. Los fugitivos se dirigen a un lugar donde Michael tiene cosas guardadas. El agente Mahone rastrea la tarjeta de crédito de Michael hasta una instalación de almacenamiento en Oswego, pero rápidamente descubre que uno de los tatuajes de Michael contiene la ubicación real. El tatuaje de Michael "Ripe Chance Woods" es una pista que apunta a un cementerio donde Michael tiene objetos enterrados en la tumba de "E. Chance Woods". Justo dos pasos detrás, el agente Mahone llega a la escena justo cuando los reclusos han reunido lo que necesitan. Mientras tanto, T-Bag descubre una clínica veterinaria y obliga al veterinario a volver a unirle la mano amputada. La Dra. Sarah Tancredi se recupera de su sobredosis. Dentro de su bolso, encuentra un cisne de origami dejado por Michael con un mensaje que dice: "Hay un plan para arreglar todo esto" y un código. El código es una serie de números que lee 3221243324 para la primera línea, 4221312231 para la segunda y 23133121 para la tercera. Veronica localiza a Terrance Steadman en Montana y descubre que las puertas están cerradas desde el exterior, manteniéndolo como rehén (aunque de manera voluntaria). Veronica llama al 911 y luego habla con Lincoln y le cuenta lo que ha descubierto. Empleados de The Company llegan y matan a Veronica por haber descubierto su conspiración y haber encontrado a Steadman. Lincoln

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Linc y Michael han decidido tomar las llaves y escapar, pensando que al menos lucharán hasta el final. El agente especial del FBI Alexander Mahone los persigue mientras se mantiene en contacto con el agente especial del Servicio Secreto Paul Kellerman, quien de repente dispara a Mahone y les da un paseo a los hermanos porque quiere vengarse de la Casa Blanca; Linc prefiere vengarse, pero le ofrecen la ubicación de Terence Steadman. T-Bag visita a su ex novia, quien le dice a los niños que él es su tío Teddy en una plataforma petrolera, pero se muda allí; cuando ella busca un arma, él la ataca y su hijo lo ataca a él, así que convierte la casa en una prisión privada. En la prisión, el antiguo jefe Bellick, quien ingenuamente hizo un trato para cumplir su condena en Illinois, tiembla entre la población general entre los prisioneros a los que abusó y sus compañeros, él no tiene ninguno ya que el nuevo director lo ve como un ejemplo de su nuevo y limpio barco; pronto se da cuenta de que no puede complacerlos y trata de ser duro; un guardia leal le advierte que el turno de noche está del lado de sus enemigos, ya que los trató mal. Benjamin Miles 'C-Note' Franklin intenta salvar a su esposa Kacee, quien está bajo custodia, aconsejándole que ponga toda la culpa en él; después de escuchar lo asustada que está su chica, le pide ayuda a uno de sus amigos para huir mientras ella está en libertad bajo fianza, pero el juez se niega a conceder la fianza. Mahone despierta en el hospital y le informa a Kim sobre la traición de Kellerman y la fuga de los hermanos, que está siendo noticia en la televisión, pero se niega a jugar más, incluso si eso significa ir a la cárcel; cuando su esposa Pam llama diciendo que su hijo está herido, sale corriendo hacia Colorado, pero lo detienen para decirle que es una advertencia para obligarlo a seguir las ór

Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.

Lincoln le dice a Michael que tienen cuatro días más para rescatar a Whistler, pero Michael está molesto con su hermano por haberlo utilizado. Gretchen tiene una reunión con el General y deciden usar la fuerza para liberar a Whistler en una operación llamada "Bang and Burn". Luego le pide a Whistler que mate a Michael. En Sona, los guardias refuerzan los barrotes de las ventanas, y Michael le dice a Lechero que de esta manera será difícil escapar. Sammy le pide a Lechero más hombres para mantener Sona bajo control. Sofia recibe una llamada del misterioso casero de Whistler que le dice que tiene algunos "papeles de seguro" de su novio, sin embargo, la Compañía intercepta la conversación. Cuando Sofia recibe los documentos, encuentra un pasaporte de Whistler a nombre de Gary Miller. Pero Gretchen llega y se lleva los documentos. Mahone le cuenta al Agente Lang cómo mató a Shales y luego, bajo los efectos de las pastillas, le pide que le consiga drogas, de lo contrario no podrá hablar en la audiencia. T-Bag entrega un mensaje de Lechero con el plano de su celda, que tiene una puerta oculta y un código de acceso. Whistler está listo para apuñalar a Michael cuando llega Lechero y él esconde el cuchillo. Michael le pide a McGrady que le pida a su padre que llame a Lincoln y le dé un mensaje: "No vuelvas a casa para cenar". Mahone fracasa en la audiencia y es enviado de vuelta a Sona. Lincoln, Sucre y Sofia son atacados por los agentes de la Compañía y los hermanos se dan cuenta de que algo está ocurriendo, es decir, la Compañía ya no los necesita. Cuando comienza la operación "Bang and Burn", Michael atrapa a Whistler y Gretchen falla en su intento. El General Zavala hace que Michael sea llevado para ser interrogado por el intento de fuga.