En los cuatro meses desde el asesinato de Joey Salvo, Simone está trabajando en empleos ocasionales ya que ha sido suspendido por Asuntos Internos mientras se lleva a cabo la investigación, mientras se acerca a Sipowicz preguntándole sobre su y otras provocaciones por parte del FBI, quienes creen que la muerte de Salvo fue un trabajo interno dentro de Asuntos Internos, y el teniente Shannon de Asuntos Internos le dice al teniente Fancy que puede conocer a la persona que mató a Salvo. Mientras tanto, Gina descubre que está embarazada, pero duda en decírselo a Martinez.

Simone regresa a trabajar en la 15ª Comisaría y de inmediato ayuda a Sipowicz con su caso de la muerte por disparos que ocurrió durante un robo en un bar local. Mientras tanto, Martinez y Medavoy vigilan un hotel donde un violador en serie ha estado cometiendo sus crímenes. Gina finalmente acepta la propuesta de James y quiere una boda rápida.

Medavoy inicia su propia investigación cuando Abby, y su novia Kathy, son disparadas por un intruso en su apartamento, en el que Kathy muere y una Abby afligida no puede responder a las preguntas de Medavoy sobre su pasado y su ex amante que podría haber sido el agresor. Mientras tanto, Simone, Sipowicz y Russell investigan a un sospechoso después de que se encuentra el cuerpo carbonizado de una joven en un vehículo abandonado. Además, Gina tiene complicaciones con su embarazo y se retira del trabajo durante unas semanas.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de un hombre en el que la única testigo es una mujer demente, quien corre peligro después de ser secuestrada por el abogado del sospechoso. Mientras tanto, Medavoy y Martinez investigan una serie de robos a taxis que los lleva al hermano de un conductor de taxi pirata. Llega una nueva asistente administrativa llamada Naomi Reynolds para sustituir la ausencia de Gina.

Simone y Kirkendall trabajan en un caso de asesinato en el que un hijo está amargado por la muerte de su padre y ofrece $5,000 a cualquiera que pueda encontrar al asesino, lo que resulta en una multitud codiciosa de personas con muchas pistas falsas. Mientras tanto, Sipowicz y Russell investigan la violación de una niña de nueve años, cuya madre cree que el culpable puede ser un chico con retraso mental del edificio de apartamentos.

Simone y Sipowicz investigan un allanamiento a un apartamento de gran altura donde la esposa y el bebé son asesinados y el marido resulta herido. Vince Gotelli, ahora ajustador de seguros, les dice a Simone y Sipowicz que el hombre pudo haber simulado el allanamiento para matar a su familia y cobrar un seguro. Mientras tanto, Fancy obtiene algunas pistas sobre un caso de asesinato sin resolver de hace 15 años de un viejo amigo que está muriendo. Además, Russell, Martinez y Medavoy investigan el asesinato de un ejecutivo de una compañía discográfica que no era muy popular entre sus compañeros de trabajo.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de dos compañeros de cuarto. Mientras tanto, Medavoy investiga una historia de un viejo amigo acerca de un hombre que quiere contratar a un sicario para un trabajo, y recluta a Martinez para interpretar el papel del sicario para poder atrapar el crimen en el acto. Kirkendall y Russell investigan la afirmación de una mujer adinerada de que su empleada doméstica no donó accidentalmente el diamante que la mujer guardaba en un lugar seguro disfrazado como una lata de sopa.

Simone y Sipowicz investigan la desaparición de un niño joven, que aparece muerto y el padre señala que un hombre sin hogar mudo llamado Israel podría haber sido el responsable. Pero Sipowicz sospecha que el padre podría ser el verdadero culpable. Mientras tanto, el resto del equipo investiga el asesinato de una niña judía jasídica y tienen que equilibrar la necesidad de su investigación con la necesidad de un entierro rápido.

Después de que Israel se cuelga, Sipowicz investiga una pista que es un versículo de la biblia que Israel le señaló, lo que lleva a Sipowicz y Simone a montar una operación encubierta compleja para descubrir si el padre del niño asesinado fue realmente quien planeó todo el montaje de Israel. Mientras tanto, Medavoy y Martinez investigan a un médico que ayuda a las personas sin hogar consiguiéndoles un trabajo con beneficios de seguro que él mismo recolecta.

Sipowicz recibe la visita de un viejo amigo de la escuela que le pide ayuda para hablar con su hija sobre las compañías que está frecuentando, pero la situación da un giro cuando la compañera de cuarto de la mujer aparece asesinada y Sipowicz piensa que otro de sus antiguos amigos de la escuela secundaria estuvo involucrado. Mientras tanto, Medavoy y Martinez investigan un caso en el que un hombre está obteniendo muchos dientes que contienen empastes de oro y descubren una pequeña operación de profanación de tumbas. Simone escucha a Naomi hablar con un acento diferente y ella le cuenta que en realidad es de Australia y de su deseo de convertirse en policía.

Simone, Sipowicz y Russell investigan un tiroteo en el que resultaron heridas dos mujeres y luego realizan una redada en el apartamento de un traficante de drogas en la que Russell arriesga su vida para capturar al traficante/asesino, pero luego le confiesa a Simone que está embarazada. Mientras tanto, Martinez y Medavoy investigan el asesinato de una prostituta, a pesar de las quejas de Martinez sobre un problema de espalda que luego lo saca del equipo. Además, Naomi le cuenta a Simone sobre sus problemas con su casero, quien la ha denunciado ante el INS.

Simone y Sipowicz investigan un crimen donde un hombre descubre el cuerpo de una mujer metido dentro de una caja grande. Mientras están en el caso, conocen al hermano de la víctima, un hombre extraño que está más preocupado por beber una marca particular de refresco. Mientras tanto, Russell investiga la muerte de un niño cuyos padres no parecen aptos para criar a un hijo. Además, Kirkendall y Medavoy investigan la muerte de un joven cuyos padres muy religiosos sugieren que la persona que mató a su hijo puede ser perdonada.

Simone y Russell investigan dos atracos en cajeros automáticos, donde obtienen una pista sobre un posible sospechoso y luego utilizan a Kirkendall para apelar a la madre del sospechoso y que los ayude a comunicarse con él. Mientras tanto, Medavoy intenta resolver un caso en el que no puede determinar si realmente hay un gemelo, cuando un hombre se presenta en la comisaría para reportar que su hermano gemelo, Pete, ha amenazado con violencia a su ex novia. Además, Sipowicz lidia con un problema médico relacionado con su próstata mientras ayuda a Simone y Russell, y no es muy sincero sobre lo que su médico le ha dicho acerca de su condición. También, una nueva asistente administrativa llamada Delores Mayo llega a trabajar en la 15ª Comisaría como reemplazo de Naomi.

Simone y Sipowicz intentan llevar a cabo su investigación en medio de la agitación racial en la comisaría y el vecindario, cuando un adolescente blanco es asesinado en un barrio negro durante un intercambio de drogas por armas que salió mal, y el padre racista de la víctima llega a la comisaría y comienza a discutir con el teniente Fancy sobre su raza y su papel en la investigación. Mientras tanto, Medavoy y Kirkendall investigan la estrangulación y desmembramiento de la madre de un niño pequeño, quien descubrió el cuerpo de su madre en el refrigerador. Además, Russell decide tomarse un tiempo libre ya que se siente enferma debido a las náuseas matutinas del embarazo, pero al final sufre un aborto espontáneo.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de una enfermera donde los sospechosos incluyen a un actor en apuros, un hombre loco y finalmente un oficial uniformado de la comisaría llamado Tommy Richardson. Mientras tanto, Medavoy y Kirkendall investigan la muerte de un mensajero en bicicleta que fue asesinado por intentar ayudar a un hombre cuya mochila fue robada, por lo que determinan que la mochila contenía drogas. Cuando logran detener a un sospechoso, Kirkendall encuentra una manera ingeniosa de obtener una identificación del sospechoso que no quiere cooperar. Además, el médico de Sipowicz intenta hablar con él sobre cómo lidiar con su problema médico, pero Sipowicz no quiere escuchar.

Richardson confronta a Sipowicz y Simone sobre su inminente interrogatorio a su esposa por el asesinato de la enfermera, pero con la excepción de que Richardson es una persona muy mala, Sipowicz y Simone no descubren nada. En un cruce de la serie "Upstairs", el ex empleado temporal y detective privado John Irvin pasa por la comisaría para contarles a los detectives sobre el nuevo negocio de arte gráfico que comenzó. Pero con la excepción de la recepcionista Dolores, no hay nadie, incluido Medavoy, que se va apresuradamente hacia el norte de Nueva York, donde Abby ahora vive, para estar a su lado cuando entre en trabajo de parto. Mientras tanto, Kirkendall y Russell investigan el robo de la cámara de un estudiante de cine de posgrado, donde solo el estudiante parece estar más interesado en impartir su propia justicia. Además, Sylvia finalmente se entera de la condición médica de Sipowicz por parte de su médico y finalmente lo persuade para que se someta a más pruebas y posiblemente a una cirugía.

Simone y Sipowicz investigan el tiroteo de dos mujeres (una de las cuales murió) que fueron violadas por un grupo de hombres en un apartamento propiedad de un antiguo traficante de crack llamado Jamal, quien quedó discapacitado en un incidente de tiroteo anterior. Sipowicz confía en Simone sobre su condición médica cuando Simone ve al doctor de Sipowicz acercarse y hablarle confidencialmente. Mientras tanto, Kirkendall, Russell y Medavoy investigan un tiroteo en una clínica. Cuando logran detener a una mujer sospechosa, un guardia de seguridad de la clínica, quien era su admirador secreto, llega a la comisaría exigiendo que ella tenga una segunda oportunidad.

Los detectives obtienen un avance en un caso que involucra a un oficial de policía sospechoso de cometer un asesinato.

Mientras Sipowicz se prepara para una cirugía de próstata con Sylvia a su lado, James Martinez regresa después de recuperarse de su problema de espalda donde informa que Gina tuvo a su bebé tres semanas antes. Pero Medavoy está aún más feliz después de regresar de Nueva York con una cinta de video de Abby dando a luz a su bebé y está muy ansioso por mostrar la cinta a cualquiera que quiera verla. Mientras tanto, el resto del equipo se involucra en un caso de cinco amigos del ejército que se reencuentran cuando uno de ellos es encontrado muerto. Los otros cuatro intentan mantener su historia inventada en línea recta mientras Simone y los demás tratan de descubrir su participación.

Sipowicz regresa al trabajo después de su exitosa cirugía de próstata, pero al parecer demasiado pronto, ya que sufre un accidente mientras interroga a un sospechoso. Se le asigna trabajo de escritorio para ayudar a Simone y Russell a investigar el asesinato del novio de una mujer a manos de su exmarido, quien luego se revela que está buscando a su hija, que ha desaparecido mientras estaba bajo el cuidado de su exesposa. Mientras tanto, Simone es llamado por el detective Nick Savino para ayudar a investigar un informe de persona desaparecida presentado por el sobrino de uno de los inquilinos del apartamento de Simone. Basándose en interacciones pasadas entre la mujer desaparecida y Henry Coffield, otro inquilino del edificio, Coffield se convierte en sospechoso. La exasistente administrativa Naomi Reynolds aparece en la estación, ahora vistiendo un uniforme de seguridad privada y hablando con su acento australiano natural, para visitar a Simone, con la esperanza de decirle que su situación con el Servicio de Inmigración se resolvió y ahora está avanzando en su búsqueda de convertirse algún día en oficial de policía de Nueva York.

Se encuentra a una pareja asesinada donde el hombre muerto es un vendedor de autos y la mujer es una prostituta. Simone y Sipowicz investigan la muerte del vendedor, mientras que Medavoy y los demás detectives investigan la muerte de la prostituta, donde la forma de operar del sospechoso es comprar condones usados ​​a una prostituta y luego mezclar el semen gastado con el suyo propio para encubrir su crimen. Mientras Sipowicz se recupera de su cirugía, descubre que un análisis de sangre reciente no es favorable y una vez más guarda su problema médico para sí mismo.

Simone y Sipowicz trabajan con Cohen para investigar la muerte de uno de los testigos de Cohen y su hijo. Las pruebas apuntan a que el abogado contrario tiene cierta implicación en el arreglo del homicidio. Mientras tanto, Russell y Kirkendall intentan ayudar a un hombre a encontrar a su hija desaparecida. Medavoy y Martinez investigan una corporación que se dedica a la venta de artículos deportivos falsificados, donde Medavoy se siente atraído por las empleadas rubias que le recuerdan a la fallecida Donna. Además, cuando Sipowicz piensa en sus problemas sexuales, su médico le receta la maravillosa droga Viagra. En medio de todos los casos, Simone y Russell deciden casarse durante su hora de almuerzo, pero sus casos se interponen en todo eso.