La llegada del monzón hace que las previsiones para salir de la isla se adelante. Kate trata de que Michael la haga un lugar en la embarcación pero ya está completa y Sawyer no está dispuesto a que le arrebate su lugar en la barca. Imprevisiblemente Michael cae enfermo por envenenamiento y todas las miradas se dirigen a Kate. Sayid, por petición de Locke, lleva a Jack al lugar donde se encuentra la escotilla para que no tenga ideas preconcebidas. Locke se queda sorprendido cuando el pequeño Walt le sugiere que no intente abrir la escotilla

Mientras los supervivientes están alrededor de un fuego escuchan ruidos en la selva. Todos se alarman y van a por las armas que tienen a mano. De pronto, surge de entre la oscuridad la figura de una mujer. Sayid, al reconocerla, tranquiliza a todos. Es Rousseau, la mujer francesa. Está asustada y les avisa de que están en peligro ya que “los otros” les acechan. Rousseau desvela al resto de lo supervivientes que es miembro de un equipo de científicos que llegaron a la isla, después de un naufragio. Pero para sorpresa de todos les dice que en esa época ella estaba embarazada. ¿Dónde está el hijo de Rousseau? Mientras, en la playa Michael y Jin ultiman la construcción de la balsa para salir de la isla. Claire continúa preocupada por el futuro de su bebé, sobre todo después de conocer la historia de la mujer francesa. Charlie no deja de ofrecerse para prestarle ayuda. El joven se siente con el deber de proteger a Claire y al recién nacido. Jack, Locke, Kate y Sayid continúan empeñados en abrir la escotilla. Para ello utilizan dinamita. Por fin Michael consigue finalizar la balsa y la llenan de provisiones. Los elegidos para ir en busca de ayuda son Michael, Walt, Jin y Sawyer. Ha llegado el momento de despedirse de los supervivientes que se embarcan. Sun ha preparado un diccionario para que Michael, Walt y Sawyer puedan comunicarse con su marido Jin. Todas las esperanzas están puestas en ellos y en averiguar qué es lo que hay detrás de la escotilla.

Michael junto con sus compañeros ya han empezado a navegar, mientras en la isla los demás supervivientes se refugian en las cuevas. Entre las mujeres empieza a haber inquietud y a creer que lo que les ha sucedido es un castigo. Por otro lado, Jack y los demás encuentran la dinamita. Azt advierte del peligro de manipulación de la dinamita. Michael, Walter Lloyd, Jin y Sawyer consiguen a duras penas hacerse a la mar con la embarcación que han construido. En la playa quedan el resto de los supervivientes, con todas las esperanzas puestas en ellos. Pero mientras intentan gobernar la balsa son sorprendidos por algo inesperado. Esta nueva sorpresa puede poner en peligro sus planes para intentar pedir ayuda y rescatar a sus compañeros.

Un visitante al campamento podría representar una amenaza para el hijo de Claire.

Cuando Nikki y Paulo aparecen "muertos", los supervivientes intentan comprender que ha ocurrido entre ellos. Alguno no les conoce y, otros piensan que ha sido "el monstruo" o "los otros". Durante la investigación, la verdad sobre la desaparición de Sun sale a la luz. Al tiempo, se revela la relación de Paulo y Nikki, donde trabajaban antes del accidente y por qué estaban juntos en la isla.

Un universo paralelo, en el que nunca ocurrió el accidente, se revela como una consecuencia de la detonación de la bomba. Mientras tanto, Sawyer culpa a Jack por la pérdida de Juliet y la verdadera identidad del monstruo se revela.

Jack, Sawyer, Kate, Miles y Hurley, luchando por salvar a Sayid, se enfrentan a un antiguo secreto. Mientras tanto, un falso Lock sale de la cámara para asombro de todos.

Cuando Sawyer deja el templo, Kate y Jin son enviados para traerlo de vuelta. Mientras tanto, los Otros determinan que Sayid está infectado e intentan envenenarlo. En la realidad paralela, Kate lleva a claire al hospital.

Ilana decide matar a Ben después de descubrir que él mató a Jacob. Mientras tanto, Jack, Hurley y Richard visitan la Roca Negra. En la realidad alternativa, Ben es un profesor de escuela secundaria que intenta convertirse en director.