Tony no ha dormido bien ya que ha tenido sueños extraños. Esta vez no han sido pesadillas como las de los patos, sino sueños un poco picantes con la doctora Melfi. Después siente curiosidad por todo lo relacionado con ella, y comienza a investigar sobre su vida. Para ello, acude a Vin Makazian, un detective enganchado al juego, que puede ayudarle a conseguir información, pero éste, creyendo que Melfi es una de las amantes de Tony, decide dar una paliza al hombre con el que la doctora había quedado. Mientras, Christopher, después de salir del hospital, está desesperado ya que piensa que Tony se la tiene jurada por haberle dado a Meadow la droga. Cuando va en busca de Brendan para hallar respuestas, lo encuentra en la ducha herido, algo que provocara un conflicto entre Tony y Junior. Además, Carmela amenaza a Tony con abandonarle si deja la terapia, y Anthony Jr tiene una pelea en el colegio, lo que le llevará a descubrir cosas sobre su familia con las que no contaba.

Junior se convierte en el nuevo jefe de la mafia de New Jersey tras varios años en un segundo plano y empieza a volver a todo el mundo loco. No sólo se niega a cumplir con los tratos hechos durante el “reinado” de Jackie Aprile, sino que rehúsa compartir sus nuevas adquisiciones con los chicos. Además, algunos colegas de Tony miembros de la mafia le dicen que están cansados de que su tío pretenda llevarlo todo él mismo, y quieren que éste haga algo por solucionar la situación. Por si fuera poco, Junior pretende cobrar a Hesh los impuestos de la mafia, algo que nunca habían hecho con anterioridad y que Tony quiere evitar, para lo que organiza un encuentro con Hesh, Junior y el capo de la mafia neoyorquina Johnny Sack. Por otro lado, el aniversario que Tony y su esposa celebran tras dieciocho años juntos no es tan feliz como debiera, ya que Carmela se da cuenta que nunca había sentido tantos celos por ninguna de las amantes de su marido como los que siente ahora por la doctora Melfi.

La hija de Larry Boy Barese se casa y, en la boda, todos los chicos hablan de los problemas que se avecinan y de cómo la mitad de Nueva York se había marchado ya a Fort Lauderdale. Tras reflexionar, Tony y los suyos deciden quedarse en casa. Cuando todo el clan Soprano excepto Christopher se convierte en posible sujeto de un gran jurado, el sobrino de Tony se viene abajo por no considerarse suficientemente importante. Tal es la decepción, que Christopher empieza a tener pesadillas con Emil Kolar e incluso dispara al empleado de una panadería, algo que enfada mucho a Tony. Por si esto fuera poco, la cosa empeora al escribir un guión con el que intentaba apartar su mente de las preocupaciones. Pero todo da un giro cuando aparece su nombre en los periódicos. Por otra parte, Junior va a visitar a Livia y se entera de algo con lo que Tony no contaba. Esto provocará que las acusaciones federales sean el menor de sus problemas.

Pussy Bonpensiero, uno de los amigos más fieles de Tony Soprano, ha sido arrestado junto con Jimmy Altieri durante una redada en el club social del propio Jimmy. Pussy trató de huir pero, desde que su mujer lo abandonó, lo único que ha hecho ha sido comer y dormir en el sofá, por lo que no estaba en las condiciones apropiadas para llevar a cabo la huída. Tony, preocupado por los hijos de su amigo, quienes deben afrontar algunas deudas de su padre, encarga a Paulie que compruebe cómo se están desarrollando los acontecimientos, pero éste solo consigue información algo contradictoria.

Tony tendrá que asumir que su madre y su tío planean acabar con él. Junior está de acuerdo con Tony en que Jimmy Altieri lleva un micrófono oculto, por lo que le da su consentimiento para que haga con él lo que crea conveniente. Abandonan el cuerpo de Jimmy acribillado a balazos en un callejón como claro aviso de lo que le ocurre a los hombres que hacen tratos con el FBI. El FBI hace llamar a Tony para que escuche una cinta en la que Livia y Junior planean jugársela. Además, ahora es consciente de que su madre y su tío saben que está yendo a una psiquiatra, por lo que avisa también a la doctora Melfi de que su vida puede correr peligro y de que ha de salir de la ciudad, y avisa a los chicos del plan que los dos miembros de su familia traman en su contra.

Tony sigue teniendo dos familias, pero, en lo que se refiere a la profesional, ahora él es el único jefe, ya que Junior ha sido acusado y encarcelado.

Después de varios meses sin ataques de pánico, Tony acaba otra vez en el suelo de la cocina. La causa es haber conocido al nuevo amigo de Meadow, Noah, que es afroamericano y judío. Tony lo ha echado de casa pero Carmela le advierte que con esa actitud solo va a empeorar la situación. Tony también tiene otros problemas, el juicio se acerca y va a ver a su madre para convencerla de que no testifique contra él. Pero todo acaba como de costumbre, con Livia llorando y Tony saliendo con un portazo. Poco después, Tony recibe una noticia: Livia ha muerto mientras dormía. Janice regresa a la ciudad e intenta convencer a sus hermanos, Tony y Barbara, de hacer un funeral por su madre, a pesar de que ésta deseaba lo contrario. El intento de Janice de hacer a todos recordar a Livia como un ser querido no sale como ella esperaba y estos se sinceran sobre lo que de verdad pensaban sobre ella. Tony va a ver a la Dr. Melfi y también se sincera: en realidad, se alegra de lo que ha pasado porque le va a librar de algunos problemas. También entonces ocurre algo imprevisto: Raymond Curto es un traidor.

Tony no termina de estar contento con la terapia, pero la Dra. Melfi le asegura que de verdad puede ayudarle sin confía plenamente en ella. Pero el problema de Tony es que cada vez más gente sabe que está viendo a un psiquiatra y eso no es bueno para su imagen. Christopher ya es un hombre de confianza, pero ha empezado a apostar (y a perder) y ahora debe 2000 dólares a Paulie. Para resolver el problema, decide robar la recaudación de un concierto de la cantante Jewel utilizando a Jackie Jr. como conductor. A Tony no le hace mucha gracia, pero al menos le ha devuelto el dinero a Paulie. De todos modos, habla con Jackie Jr. para decirle que se aleje del negocio para cumplir la promesa que le hizo a Jackie Sr. antes de morir. Continúan los problemas con Meadows por su novio y Janice y Svletlana, la asistenta de su madre, se enzarzan en una pelea con robo de una pierna ortopédica de por medio. Tony comienza a hacer progresos de verdad con la Dra. Melfi y descubre que es lo que activa sus ataques, la carne. Tony recuerda el día de su primer ataque: su padre le había cortado en su presencia un dedo al señor Satriale y después vio como su madre preparaba los filetes que éste vendía. Tony continúa traumatizado por la primera vez que experimentó el cruel mundo al que pertenecía su padre y también por el miedo de participar alguna vez en él.

La Navidad se acerca y Tony recuerda a Pussy, intentando comprender que es lo que lo llevó a traicionarlo. Tony tiene otro ataque de pánico mientras le asalta el miedo. Además, tiene que buscar a alguien que sustituya a Pussy como Santa Claus en la fiesta para los jóvenes desfavorecidos y Bobby Baccala será el elegido. Tony encuentra al que pegó la paliza a Janice y se encarga de él, lo que hace que ella tenga otro ataque de fervor religioso. Tony descubre a Jackie en un club y le pega una paliza descubriendo de paso que está armado. Jackie le regala a Meadow un collar y Tony sabe que lo suyo no va a durar mucho. Para colmo, está a punto de tener un ataque delante de toda la familia cuando uno de los regalos le recuerda a Pussy.

Tony y Carmela se muestran muy preocupados por la economía familiar. Adriana, ignorando para quién está trabajando, lleva a Danielle, su nueva amiga, a la cena del domingo de los Soprano. Por otro lado, Tony le da a Christopher la oportunidad de vengar el asesinato de su padre.

Meadow se enfrenta a sus padres cuando éstos se niegan a permitirle dejar la escuela y marcharse a Europa. Tony decide llevarla al psicólogo en un vano intento por frenar su deseo, pero solo consigue empeorar las cosas. Por otro lado, el plan de Danielle se viene abajo y los federales amenazan a Adriana con acusarla de posesión de drogas si no se vuelve en contra de los Soprano.

Carmela se ve obligada a llamar a su ex marido para que acuda a auxiliarla cuando un oso irrumpe en su casa. Mientras, Tony se da cuenta que está empezando a sentir algo especial por la doctora Melfi. A su vez, Paulie discute con Christopher porque éste siempre paga las cenas. Por otra parte, Janice y Bobby se van acostumbrando a su nueva vida de casados.

Adriana es interrogada y presionada por los agentes del FBI y comienza a plantearse confesar y explicar todo lo que sabe. Sin embargo, un enorme sentimiento de culpabilidad la invade. Mientras, Tony prepara una fiesta de bienvenida a su primo al que acaban de conceder la libertad condicional. Por otra parte, recuerdos no demasiado buenos acechan las mentes de Paulie y Christopher.

El FBI encuentra una nueva prueba, que involucra a Adriana. La mujer, por su parte, intenta convencer a Christopher para que acepte incorporarse con ella al programa de protección de testigos. Mientras, Tony y Carmela intentan una nueva reconciliación, al quedar a comer para tratar unos asuntos sobre propiedades inmobiliarias. A su vez, Johnny Sack da un ultimátum a Tony.

Tony planea la reunión con Johnny Sack para conseguir sellar la paz entre Nueva York y Jersey. Sin embargo, los agentes del FBI se adelantan a sus planes. Por otra parte, Tony debe afrontar la presión de su equipo, que le obligan a tomar una decisión respecto a su primo. Mientras, Christopher le explica a Carmela, que su relación con Adriana a terminado.

Tony está preocupado por cómo puede afectar el tema de Johnny Sack a las relaciones de New Jersey y Nueva York. Eugene acaba de heredar una gran suma de dinero, aunque no puede usarla como le gustaría. Y Carmela está inmersa en diversos problemas de construcción.