Harm es asignado a trabajar junto a la congresista Bobbi Latham para investigar una información ofrecida por una cadena de televisión donde se asegura que el ejército de los EEUU usaron gas Serin contra unos científicos americanos que trabajaban para Sadaam Hussein durante la Guerra del Golfo. Entre tanto, dos hombres harán su entrada en la vida de Mac, el comandante Mic Brumby, un elegante marine australiano, oficial del JAG, designado para reemplazar a Harm durante su ausencia y Chris Ragle, el hombre con el que Mac se casó en el período en el que ella era una joven rebelde y alcohólica. Chris acaba de salir de prisión donde cumplió una condena por robo, ahora busca a Mac para rehacer su relación y pedirla un préstamo de 15 mil dólares para pagar unas deudas de juego

Mac es detenida junto a su ex comandante y mentor, el Coronel John Farrow. Ambos se enfrentan a una importante condena de varios años de prisión. Harm se ofrece voluntario para preparar la defensa de Mac, pero sus esfuerzos se ven frustrados por el trabajo del abogado defensor de Farrow, que presenta a un testigo estrella en el juicio.

Harm y Mac tienen que presentar un folleto en el que explican que el avión que se estrelló en Irán fue a causa de un fallo mecánico. Pero el caso se complica cuando se descubre el elevado coste del avión.

Harm y Mac son asignados a la fiscalía en un caso en el que tres marines le pegaron una paliza al propietario de un bar del muelle. Pronto descubrirán que la paliza se la dieron como un acto de venganza por la violación de una compañera de barco. Mac consigue que la oficial López le cuente todo lo que esta recuerda de la violación ocurrida en una noche en la que ella y sus compañeros habían bebido bastante en el bar como una forma de iniciación e introducción dentro del equipo.

Tres miembros de Naciones Unidas son secuestrados en Kosovo. Los terroristas dan un plazo de 24 horas para que cedan a sus peticiones. Un equipo SEAL es enviado a la zona para rescatarlos pero la pesada niebla retrasa su viaje una media hora. Cuando encuentran a los rehenes ya están muertos y el equipo se responsabiliza de su muerte. Los encargados de defender al equipo son Bud y Mac que tendrán que demostrar que hicieron todo lo posible por rescatar a los miembros de Naciones Unidas con vida. Mientras, el Almirante Chegwidden pasa sus vacaciones como asesor técnico de una película sobre la Armada.

Harm está oyendo la voz de su difunto padre, lo que le hace pensar que está perdiendo la mente. Asustado, decide recurrir a la ayuda de la psicóloga de la marina que ya ha tratado a un marinero con síntomas similares. La experta determina que Harm no tiene nada inusual, que es un problema que puede ocurrir cuando pierdes a un ser querido en circunstancias estresantes.

El Almirante Chewidden y Clayton Webb deciden formar un equipo para salvar a un agente italiano de la CIA de los terroristas. Webb ya lo intentó, pero sin éxito. Ahora, ambos irán a Italia para poner en marcha una peligrosa trampa para los terroristas, que en caso de no salga bien, podrá matar a los participantes.

Harm vuelve a decirle al Almirante Chegwidden que ha decido que es hora de volar de nuevo. Chewidden habla de esta decisión a Jordan y a Mac para ver la reacción de ambos, pero no logra nada claro. Poco después Harm va a ver a Mac, pero ella lo despide con una excusa débil. Ya en el apartamento, Chloe le dice a Mac que no se preocupe, que ella sabe que Harm está enamorado de ella. Por otro lado, Harriet da a luz a su bebé.

Harm deberá decidir si deja definitivamente el JAG al tiempo que se enfrenta con Charlie Lynch, acusado del asesinato de una menor.

Mientras patrullaban por el Mediterráneo, en la costa de Yugoslavia, el Teniente Buxton descubre un gran incendio que cree que pueden ser serbios atacando algunos refugios kosovares. Sin embargo, Buxton estaba en un error, el incendio era provocado por los rusos que se encontraban en misión de paz. Así que Buxton es acusado de imprudencia temeraria y Mac es la encargada del caso.

Inesperadamente, Buxton es más astuto de lo que parecía, y sus abogados consiguen que Harm testifique contra él. El juicio se convierte en un polémico y duro enfrentamiento entre la Marina de EEUU y el Gobierno ruso, que intentan por todos los medios que sus agendas se lleven a cabo.

El Almirante Chegwidden celebra que a Harm le hayan asignado un caso delicado, la defensa del hijo de un Secretario de la Marina. Nelson está acusado de desobediencia en el mar, por lo que su caso tendrá que ser seguido por un Tribunal marcial.

El testigo ocular en un caso de intento de violación de pronto deserta tras ser llamado a testificar. Harm y Bud seguirán su pista y comenzarán a tener información acerca del pasado del testigo.

A Bud le asignan acompañar a Raglan, un antiguo miembro de las Fuerzas especiales, a testar la seguridad de las bases militares. Pero Raglan va más allá y secuestra un submarino con Bud. Harm deberá alcanzar el submarino e intentar solucionar la situación.

Harm y Mac tienen que viajar a Panamá para investigar a la esposa de un oficial de la marina, Olivia Dunston, sospechosa de contrabando de drogas en los EEUU. Cuando le presentan las pruebas a la sospechosa, ella lo niega todo, pero esto no evita que Mac piense que es culpable de los cargos.

Una investigación amenazará el ascenso del comandante Harm y su carrera entera en el Jag de manera que un renombrado abogado se ofrece a representarle y éste acepta.

La Teniente Elisabeth "Skates" Hawkes, antigua RIO, llega tras el aterrizaje de emergencia del USS Patrick Henry. El capitán de la nave y el superior de Skates la culpan de lo sucedido. Excluido de la investigación por su relación con Skates, Harm es capaz de ayudar cuando le llaman para defender a su amiga y emplea todos sus recursos legales para salvar su carrera militar.

El día de Nochebuena, Harm realiza su visita anual al monumento en honor a las víctimas de Vietnam, donde su padre fue asesinado la víspera de navidad de 1969. Allí conoce a una misteriosa mujer que dice haber conocido a su padre poco antes del fatal vuelo.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

El Almirante Chegwidden envía a Harm y a Bud a Australia para representar a un oficial de la Marina, Kevin Lee, que reaparece 28 años después de haber sido supuestamente asesinado. Lee asegura que mató por accidente a su enemigo australiano y que tuvo que cambiar su identidad fruto del pánico. Ahora, acusado de asesinato y robo de identidad, va a ser juzgado en Australia.

El juicio de Lee toma un rumbo diferente cuando la mujer del acusado, Kevin Lee, cambia su testimonio. El oficial ve como sus opciones para librarse de los cargos de los que se le acusa, cada vez son menores. A pesar de todo, Harm y Bud lucharán para que gane el caso.

Harm y Mac deben investigar un caso en el que los americanos son acusados de haber disparado y asesinado a civiles durante la Guerra de Corea. Para ello, deberán viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados veteranos demandados. El viaje se complica cuando unos terroristas coreanos se hacen con el control de la aeronave y se toman la justicia por su mano.

Mac se enfrenta al caso de un soldado acusado de ser responsable de la muerte de un principiante durante unas prácticas con paracaídas. Bud defenderá al acusado junto con su nueva ayudante, una teniente ambiciosa que quiere ser la primera mujer JAG.

Mac se infiltra para ayudar a Harm a investigar un caso de violación contra el Oficial Merker, el líder de los Wiccans. La marine que le demanda asegura que fue seducida por sus palabras pero el acusado declara que fue sexo consentido. Aunque en un primer momento Merker parecía inocente, el caso se complica cuando otra mujer testifica que había sufrido los mismos abusos por parte del oficial.

El Teniente Curtis Rivers, medalla de Honor de la marina, es acusado de agredir a un candidato al Congreso que había mentido identificándose como un marine. Harm tiene que defender al acusado e intentar que las medallas honoríficas de la marina no pierdan su prestigio.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.

Harm tendrá que viajar a Rusia para ayudar a los rusos a mejorar sus métodos de enjuiciamiento militar. Allí se verá envuelto en una investigación de corrupción.

Harm tendrá que enfrentarse con el hecho de que su recién descubierto hermano por parte de padre (Sergei) es acusado de un crimen por el que puede ser condenado a la pena capital. A su vez Mac viaja hasta Rusia para impedir que se cometa un asesinato presidencial

El capitán de una fragata de los EEUU rescata a una joven en aguas cubanas con lo que origina un enfrentamiento internacional, la investigación que deberán realizar Harm y Bud les llevará hasta Cuba donde se entrevistarán con Castro

Dos aviadores navales resultan muertos en el accidente de su recientemente mejorado F-14. Harm descubre una relación improcedente entre el contratante civil y su socio naval.

Mac deberá representar a una princesa árabe que, tras una audiencia con los gobernantes islámicos, había huido con un suboficial acusado de meterla clandestinamente en los Estados Unidos.

Bud lleva a juicio al doctor de Harriet al que acusa de haber cometido una negligencia en la muerte del hijo que estaban esperando. El caso amenaza con poner en peligro su carrera. Cuando Harriet se recupera, desvela un secreto acerca de su pasado. Mientras tanto, Webb le dice a Harm que su hermano ha desaparecido en territorio Checheno, tras verse obligado a hacer un aterrizaje de emergencia en una misión.

Una antigua compañera de Harm, la Teniente Comandante Kate, regresa al JAG de forma temporal. Las cosas se complican cuando Kate se encuentra con otro antiguo compañero que ha sido ascendido a Inspector General y ésta le confiesa a Harm que le acosó sexualmente cuando trabajaba para él.

Harm deberá defender a un Sargento de la marina acusado de intento de asesinato. El acusado asegura que un "milagro" le llevó hacia un callejón donde encontró a su mujer gravemente herida.

Un submarino ruso explota matando a 110 hombres y Los Estados Unidos son culpados por el incidente.

Gunny es cogido en una emboscada y resulta herido mientras escoltaba a un prisionero blanco del asalto.

Harm y Mac viajan a Bahrein para aclarar si la mujer que apareció en un barco de los terroristas que atacaron a los navíos de EEUU, fue obligada a ayudar a sus captores o se trata de una participante voluntaria. Por otro lado, Clayton Web solicita ayuda para investigar a un terrorista que planea poner otra bomba en EEUU en 48 horas.

Un sargento de la Marina en prisión necesita, de nuevo, la ayuda de Harm cuando sus huellas aparecen en el arma de un asesinato. Por otro lado, Bud está nervioso porque tiene que transportar un maletín que contiene los códigos de un lanzamiento militar.

Harm se sorprendió al enterarse de que su ex novia ha aparecido muerta en su apartamento y que al parecer se ha disparado con su propia arma. Harm no está dispuesto a aceptar que Jordan se ha suicidado y pide la ayuda de la Teniente Teresa Coulter para examinar las pruebas forenses. Harm y Mac empiezan buscando a sospechosos dentro del entorno de la chica. Harm, además descubre una carta que escribió Jordan minutos antes de morir, en la que decía que valoraba muchos los ratos que ambos habían pasado juntos.

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.

Tras coger un avión, Harm se estrella ya que es sorprendido por una fuerte tormenta. Mienrtas, todo el personal del JAG se prepara para la boda de Mac. Sin embargo, cuando comunican a Mac lo sucedido con Harm es incapaz de ocultar lo que siente por su compañero.

Mic comprende los sentimientos de Mac hacia Harm, que le fueron imposibles de ocultar tras el accidente, por lo que toma una decisión que quizá le lleve una ruptura de su relación con Mac. Mientras, Harm es rescatado y viaja de nuevo hasta Washington. Allí deberá enfrentarse a ciertos problemas personales de su vida.

Harm vuelve a Washington y quedará sorprendido cuando descubra que el Almirante Chedwidden ha procesado su dimisión a través de los canales oficiales.

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.

El Almirante Chegwidden envía a Harm y a Bud a Australia para representar a un oficial de la Marina, Kevin Lee, que reaparece 28 años después de haber sido supuestamente asesinado. Lee asegura que mató por accidente a su enemigo australiano y que tuvo que cambiar su identidad fruto del pánico. Ahora, acusado de asesinato y robo de identidad, va a ser juzgado en Australia.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

El capitán de una fragata de los EEUU rescata a una joven en aguas cubanas con lo que origina un enfrentamiento internacional, la investigación que deberán realizar Harm y Bud les llevará hasta Cuba donde se entrevistarán con Castro

El juicio de Lee toma un rumbo diferente cuando la mujer del acusado, Kevin Lee, cambia su testimonio. El oficial ve como sus opciones para librarse de los cargos de los que se le acusa, cada vez son menores. A pesar de todo, Harm y Bud lucharán para que gane el caso.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.

Bud lleva a juicio al doctor de Harriet al que acusa de haber cometido una negligencia en la muerte del hijo que estaban esperando. El caso amenaza con poner en peligro su carrera. Cuando Harriet se recupera, desvela un secreto acerca de su pasado. Mientras tanto, Webb le dice a Harm que su hermano ha desaparecido en territorio Checheno, tras verse obligado a hacer un aterrizaje de emergencia en una misión.

Mic comprende los sentimientos de Mac hacia Harm, que le fueron imposibles de ocultar tras el accidente, por lo que toma una decisión que quizá le lleve una ruptura de su relación con Mac. Mientras, Harm es rescatado y viaja de nuevo hasta Washington. Allí deberá enfrentarse a ciertos problemas personales de su vida.

Mac es detenida junto a su ex comandante y mentor, el Coronel John Farrow. Ambos se enfrentan a una importante condena de varios años de prisión. Harm se ofrece voluntario para preparar la defensa de Mac, pero sus esfuerzos se ven frustrados por el trabajo del abogado defensor de Farrow, que presenta a un testigo estrella en el juicio.

Harm es asignado a trabajar junto a la congresista Bobbi Latham para investigar una información ofrecida por una cadena de televisión donde se asegura que el ejército de los EEUU usaron gas Serin contra unos científicos americanos que trabajaban para Sadaam Hussein durante la Guerra del Golfo. Entre tanto, dos hombres harán su entrada en la vida de Mac, el comandante Mic Brumby, un elegante marine australiano, oficial del JAG, designado para reemplazar a Harm durante su ausencia y Chris Ragle, el hombre con el que Mac se casó en el período en el que ella era una joven rebelde y alcohólica. Chris acaba de salir de prisión donde cumplió una condena por robo, ahora busca a Mac para rehacer su relación y pedirla un préstamo de 15 mil dólares para pagar unas deudas de juego