El equipo Fringe, preservado en ámbar durante 20 años, es ahora un grupo de la resistencia rebelde luchando por la libertad. Peter, junto con la que ahora es su hija adulta, Etta, se dispone a averiguar qué sucedió con su esposa y con la madre de Etta, Olivia, mientras comienzan su misión de salvar al mundo de los Observadores.

Mientras que equipo Fringe original sigue intentando luchar contra la invasión y la opresión de los Observadores, acontecimientos imprevistos lleva al equipo a un bosque donde se encuentran con una extraña subcultura de personas dedicadas a la grabación de la historia humana.

Después de la muerta de Etta, Olivia intenta lidiar con el dolor de la muerte de una hija mientras que Peter interroga a un observador capturado por la Resistencia.

El equipo continúa siguiendo las instrucciones de las cintas. Walter cada vez más se transforma en su viejo yo. Olivia comienza a cuestionar las acciones de Peter tras sus extraños comportamientos. Nina Sharp hace su reaparición.

Peter se esfuerza para acabar con el capitán Windmark. Olivia va en busca de un objeto que ayudará en la lucha contra los Observadores, lo que le lleva a conocer a una misteriosa mujer antes de enfrentarse al peligro. Peter y Olivia se reconcilian.

Walter recurre al LSD para recordar el resto de su plan, sin embargo, se enfrenta a una lucha con los demonios de su pasado. Mientras tanto, Olivia y Peter localizan una señal de radio proveniente de una isla donde se encuentra un elemento crucial del plan.

Sabiendo que los Observadores y los Lealistas siguen a Broyles, el equipo Fringe se ve obligado a cambiar sus planes. Peter se entera que alguien tendrá que viajar con el silencioso Michael para hablar con los científicos que crearon la tecnología Observadora y Walter será quien se sacrificará. Posteriormente, Septiembre decide sustituir a Walter. Diciembre es encontrado muerto en su departamento ya que los Observadores fueron tras él. Como el plan ha cambiado, el equipo tiene que interceptar un envío a través de un agujero de gusano en un puerto, el cual estará custodiada por Lealistas. Peter y Olivia realizan un ataque biológico, el cual incluye varios eventos Fringe del pasado como los vistos en los episodios «The Cure», «The Dreamscape», «Ability», «Snakehead» y «Os», a través de la ventilación del edificio donde Broyles está cautivo y donde se encuentra un reactor bueno. Durante un enfrentamiento para proteger el proceso del plan de los Observadores y los Lealistas, la Resistencia logra activar un agujero de gusano hacia el año 2167. Windmark intenta retenerlos, pero finalmente muere aplastado por dos camiones, debido al Cortexiphan en el cuerpo de Olivia, antes de que se pudiera teletransportar. Como Septiembre comienza a correr con Michael hacia el agujero de gusano, el primero recibe una bala la cual le provoca la muerte, haciendo que Walter tenga que llevar al niño. Como resultado de esto, la línea de tiempo se reescribe y en el año 2015 nunca se produjo la invasión. En la escena final, Peter abre un sobre proveniente de su padre, el cual contiene un tulipán blanco dibujado en un pedazo de papel.