En la primera parte del final de la segunda temporada, Walter y Olivia viajan al universo paralelo, y el esperado enfrentamiento entre Walter y William se produce cuando la estrella especial Leonard Nimoy regresa.

Olivia intenta encontrar el camino a casa después de ser sometida a engaños e interrogatorios en el universo paralelo. Los Bishop tratan de continuar con su vida tras los descubrimientos que han hecho de la infancia de Peter. Altivia inicia su misión de infiltración y espionaje en este universo sin levantar sospechas.

La División Fringe del Universo Alternativo investiga un experimento que permite la mejoría intelectual de los pacientes mediante drogas. El Secretario Bishop comparte su plan estratégico sobre la importancia de Olivia con el [[Phillip Broyles (Alternativo|coronel Broyles)]. Olivia empieza a tener visiones confusas mientras se adapta a la forma de vida de Altivia.

La División Fringe del Universo Alternativo tiene problemas para aclarar el escape de dos hermanos de un área en cuarentena. El Secretario Bishop continúa experimentando con la memoria de Olivia en un tanque de privación sensorial. Las visiones de Peter siguen acosando a Olivia mientras lucha con su nueva personalidad.

Una serie de secuestros infantiles provoca que el Coronel Broyles envía el equipo para investigarlos y conseguir más detalles. Olivia resuelve sus problemas de memoria y comienza a trabajar con alguien que ella cree que puede ayudarla a regresar a su universo.

El equipo científico del FBI cree que ha descubierto un dispositivo que les permita comunicarse con el universo alternativo. Peter teme las consecuencias de haber recuperado los artefactos de la máquina de los antiguos. Olivia continúa buscando una alianza que la ayudará a regresar a su universo.

La ausencia del Coronel Broyles, en el universo paralelo, cambia la dinámica del Equipo Fringe mientras investigan a un bioterrorista armado con un insecto al que le gusta el sabor de la carne humana. Walternate permanece con su objetivo de salvar a su mundo, pero descubre que hay ciertas líneas que él no cruzará. Falsolivia acepta la proposición de matrimonio de su pretendiente, pero al final del capítulo descubre que está embarazada. Walternate la busca y le ofrece su apoyo, ya que ese bebé será su nieto.

Una serie de eventos Fringe, llevan al equipo a la casa de una mujer que está en duelo por la muerte de su esposo. Mientras tanto, Peter y Olivia, están haciendo un esfuerzo para reparar la brecha emocional que existe entre ellos.

Siguiendo el episodio anterior Bell explica cómo tomó el cuerpo de Olivia, gracias a unos imanes de almas. El equipo investiga una aparente mujer inmortal quien ha estado involucrada con varias víctimas de suicidio. El agente Lincoln la denomina vampiro de almas.Se hace mención a la historia del ángel Azazel y Bell le explica a Peter que todos los seres tienen un propósito en la vida, y lo que se ha llamado destino, Jung lo nombró sincronicidad.

En el universo paralelo Falsolivia es secuestrada para realizarle un procedimiento de aceleración del nacimiento de su niño, después de haberse hecho unos exámenes sobre los riesgos de la eclampsia viral. Se revela que el embarazo de Falsolivia fue iniciado por Walternativo con el fin de acceder a la herencia genética de Peter.También se hace evidente el amor que siente el agente Lincoln por Falsolivia. Un observador está al tanto de los hechos.

El Secretario Bishop encuentra un método para eliminar las anomalías en su universo, para activarlo requieren una Jaula de Faraday. La división Fringe se entera de que su versión de la máquina fue activada a las 6:02 AM en el otro universo, y Walter supone que las dos máquinas están unidas a un entrelazamiento cuántico, con una máquina destrozando un mundo para estabilizar el paralelo.

Sólo una semana después de que Peter Bishop salvara el día y fuera eliminado de la existencia, la tregua entre los dos mundos se mantiene intacta y los dos universos se ven obligados a trabajar juntos. Lincoln Lee se une al equipo Fringe mientras investigan un caso de cambiaformas que es muy personal para él.

Walternativo y su equipo del Otro Lado piden ayuda al equipo Fringe de Este Lado para capturar a un cruel asesino en serie. Cuando consiguen atraparlo, un profesor de psicología forense, el equipo ha de considerar la idea de enviar civiles al otro lado.

Dos jóvenes son encontrados muertos con apenas unas pocas horas de diferencia en avanzado estado de descomposición. El equipo Fringe investiga y descubre una figura amorfa haciendo más víctimas. Walter está cada vez más distraído con su estado mental.

Olivia descubre una peligrosa fuerza que puede estar conectada con experimentos pasados con Cortexiphan. La investigación obliga a Walter a abandonar el laboratorio por primera vez en años y viajar a Massive Dynamic para examinar los archivos de casos antiguos. Walter lucha con su estado emocional ya que se enfrenta a los demonios de su pasado.

A raíz de los numerosos eventos que han tenido lugar últimamente, las cosas se intensifican, mientras que un cambiaformas vuelve a aparecer. Para ayudar a resolver esta amenaza, el equipo pide ayuda a un científico de Massive Dynamic.

El equipo Fringe se enfrenta a las dramáticas alteraciones producidas por los bucles de tiempo. A medida que avanza la investigación, Raymond, un ingeniero eléctrico, y su mujer Kate, una profesora de física teórica, participarán en la investigación.

Cuando un hombre muere misteriosamente por una fuerza invisible, su cuerpo rápidamente comienza a ponerse de un color blanco fantasmal. El equipo Fringe se entera de que esto no es un incidente aislado, y hay evidencias que vinculan al depredador y a una persona que falleció con un trastorno genético desconocido. Mientras tanto, Olivia sufre de migrañas.

En un esfuerzo por encontrar un camino a casa, Peter viaja al Otro Lado para hacer frente a Walternativo. Sin embargo, su aventura resulta más peligrosa de lo esperado. Mientras tanto, Olivia recibe una premonición extrema de un Observador.

La visita de Peter al Otro Lado se intensifica a medida que el equipo Fringe alternativo se enfrenta a un nuevo formidable enemigo en una carrera angustiosa contra el tiempo.

Olivia sigue haciendo frente a la ominosa advertencia de los Observadores, mientras que Peter y el equipo siguen a una chica con la misteriosa habilidad de predecir la muerte.

Astrid de Este Lado recibe la inesperada visita de su Alternativa, mientras que Peter y Olivia siguen a un asesino con una toxina que aún no se ha inventado. Ambos universos chocan en un caso que empuja los límites de lo que es posible.

Peter, Olivia y Walter se enfrentan a un misterioso y aterrador evento Fringe: se quedan atrapados en una ciudad llamada Westfield de la cuál no pueden escapar.

A medida que el equipo Fringe investiga a un enfermo mental que parece estar conectado a una serie de asesinatos, unas pistas escalofriantes son descubiertas, y llevan a Olivia a algunas revelaciones sorprendentes.

El Observador moribundo va a ver a Walter y Peter, que deben tomar medidas extremas para conocer los secretos que oculta y determinar si él sabe dónde está Olivia. Mientras tanto, David Robert Jones trata de forzar a Olivia a usar sus habilidades torturando a Nina.

A raíz de las recientes e impactantes revelaciones y de los eventos emocionales, Peter sopesa sus opciones de como el equipo Fringe investiga a un asesino cuyo objetivo es el amor.

El equipo de Fringe se enfrenta a un caso que parece conocer Peter. Extrañamente, se lleva a cabo en este mundo.

Lincoln viaja al universo paralelo para ayudar a la otra versión de Olivia y a su versión alterna, ya que busca a un vigilante con una sorprendente conexión con los metamorfos.

Walter viaja al universo alternativo para ayudar en la investigación de un evento Fringe que vincula a ambos mundos.

Los Observadores y lo que queda del equipo Fringe se enfrentan en una batalla en el año 2036.

Los dos equipos Fringe luchan por la misma causa, mientras que impactantes acontecimientos relacionados con los niños Cortexiphan empiezan a surgir.

Walter se ve forzado a revisar su pasado cuando un evento fringe causa combustión espontánea en las personas, mientras que la División Fringe se enfrenta a David Robert Jones.

La División Fringe es llevada a su punto de quiebre ya que, desesperadamente, tratan de evitar una catástrofe que amenaza la vida de todos.

Michael es llevado por Windmark a la isla de la Libertad, la cual está fuertemente protegida, donde este último no logra leer la mente del chico. Mientras Michael es examinado, Broyles le revela al equipo donde se encuentra el chico. Olivia sugiere que se le inyecte Cortexiphan para que pueda cruzar al universo paralelo. Después de cuatro dosis para los cuatro cruces, ella encuentra un universo alternativo sin ninguna invasión Observadora y logra reunirse con Lincoln Lee (Seth Gabel) y su versión alterna, ahora casados y esta última dirigiendo la División Fringe. Con tres horas para que el Cortexiphan deje de hacer efecto, Olivia llega a la isla de la Libertad y cruza al universo principal para rescatar a Michael, donde posteriormente vuelve al alternativo donde Lincoln y la versión alterna de Dunham matan a los Observadores que la persiguieron. Después de dejar la isla, Olivia y Michael regresan a su universo. Por otra parte, Septiembre ha construido el dispositivo que le permitirá a Michael viajar al año 2167, pero busca la ayuda de un ex colega, Diciembre, ya que el reactor inicial está defectuoso. Windmark se entera que Broyles ha estado entregando información a la Resistencia.

Lincoln viaja al universo paralelo para ayudar a la otra versión de Olivia y a su versión alterna, ya que busca a un vigilante con una sorprendente conexión con los metamorfos.

Sólo una semana después de que Peter Bishop salvara el día y fuera eliminado de la existencia, la tregua entre los dos mundos se mantiene intacta y los dos universos se ven obligados a trabajar juntos. Lincoln Lee se une al equipo Fringe mientras investigan un caso de cambiaformas que es muy personal para él.

Siguiendo el episodio anterior Bell explica cómo tomó el cuerpo de Olivia, gracias a unos imanes de almas. El equipo investiga una aparente mujer inmortal quien ha estado involucrada con varias víctimas de suicidio. El agente Lincoln la denomina vampiro de almas.Se hace mención a la historia del ángel Azazel y Bell le explica a Peter que todos los seres tienen un propósito en la vida, y lo que se ha llamado destino, Jung lo nombró sincronicidad.

En un esfuerzo por encontrar un camino a casa, Peter viaja al Otro Lado para hacer frente a Walternativo. Sin embargo, su aventura resulta más peligrosa de lo esperado. Mientras tanto, Olivia recibe una premonición extrema de un Observador.

En el universo paralelo Falsolivia es secuestrada para realizarle un procedimiento de aceleración del nacimiento de su niño, después de haberse hecho unos exámenes sobre los riesgos de la eclampsia viral. Se revela que el embarazo de Falsolivia fue iniciado por Walternativo con el fin de acceder a la herencia genética de Peter.También se hace evidente el amor que siente el agente Lincoln por Falsolivia. Un observador está al tanto de los hechos.

La ausencia del Coronel Broyles, en el universo paralelo, cambia la dinámica del Equipo Fringe mientras investigan a un bioterrorista armado con un insecto al que le gusta el sabor de la carne humana. Walternate permanece con su objetivo de salvar a su mundo, pero descubre que hay ciertas líneas que él no cruzará. Falsolivia acepta la proposición de matrimonio de su pretendiente, pero al final del capítulo descubre que está embarazada. Walternate la busca y le ofrece su apoyo, ya que ese bebé será su nieto.

El equipo de Fringe se enfrenta a un caso que parece conocer Peter. Extrañamente, se lleva a cabo en este mundo.

Cuando un hombre muere misteriosamente por una fuerza invisible, su cuerpo rápidamente comienza a ponerse de un color blanco fantasmal. El equipo Fringe se entera de que esto no es un incidente aislado, y hay evidencias que vinculan al depredador y a una persona que falleció con un trastorno genético desconocido. Mientras tanto, Olivia sufre de migrañas.

Los dos equipos Fringe luchan por la misma causa, mientras que impactantes acontecimientos relacionados con los niños Cortexiphan empiezan a surgir.

Dos jóvenes son encontrados muertos con apenas unas pocas horas de diferencia en avanzado estado de descomposición. El equipo Fringe investiga y descubre una figura amorfa haciendo más víctimas. Walter está cada vez más distraído con su estado mental.