En Río, el primer capítulo de la temporada, Horatio y Delko viajan a Brasil con el objetivo de lograr la extradición a Miami de Antonio Riaz, el asesino de Marisol Caine. Poco después, los forenses descubren que Riaz ha sido puesto en libertad debido a un tecnicismo legal.

El C.S.I inicia una nueva investigación tras la aparición del cuerpo de Kathleen Newberry atado al volante de su coche en los Everglades. Los primeros indicios revelan que la mujer murió ahogada. Los forenses se desplazan al lugar del crimen, donde procesan el escenario observados por una multitud de curiosos y descubren que falta la tarjeta SunPass del vehículo de la víctima. Tras localizar a Ted Wallace con dicho pase, el camionero asegura que él tan sólo se lo encontró. Cuando Calleigh regresa al laboratorio, descubre que le han robado la tarjeta de memoria de su cámara de fotos, situación que pone en peligro la investigación del caso y la reputación de Duquesne. Una de las huellas recogidas en el escenario resulta ser de Julia Winston, la ex-mujer de Horatio y madre de Kyle. Tras ser interrogada, Winston explica que ella entregó a Newberry un paquete que contenía una importante suma de dinero. Además, una muestra de cabello encontrado en una bolsa lleva a los investigadores hasta Pamela Osborne, la ayudante de Kathleen. Un análisis posterior del coche demuestra que el maletero fue forzado. El C.S.I. interroga a los dos hombres que hallaron el cuerpo sin vida de la víctima, quienes confiesan que abrieron el maletero y se llevaron el dinero. Delko y Tripp, por su parte, visitan un restaurante de carretera cercano al lugar del crimen. Allí descubren un trapo con un ligero olor a cloroformo, posiblemente utilizado para reducir a Newberry. Junto a un dispensador, hallan varias gotas de sangre seca que resultan ser de Ron Saris. Al parecer, Winston y Saris habían estado involucrados en una anterior estafa a una organización benéfica.

En su lucha por sobrevivir en la jungla brasileña, Horatio logra empuñar su arma y abatir a los matones que quieren acabar con su vida. Tras lograr escapar del lugar sano y salvo, el jefe del C.S.I. regresa a Miami con un único objetivo en mente: encontrar a Calleigh. Los forenses estudian pormenorizadamente todas las evidencias y descubren ciertas similitudes entre la misteriosa desaparición de Duquesne y el caso Newberry. Horatio decide advertir a Julia Winston sobre Ron Saris, un criminal sin escrúpulos que constituye una seria amenaza para las vidas de su ex-mujer y su hijo Kyle. Entretanto, Calleigh se despierta y descubre que está atada y en poder de dos hombres: Toby Garver y Seth McAdams. Cuando la forense les pregunta qué quieren de ella, sus captores le indican mediante gestos la web de Dan Cooper, denominada “Resolver un crimen junto a Calleigh”. Poco después, Toby y Seth confiesan a la investigadora que mataron de un disparo a su compinche de póquer, Robert Millard. Los criminales obligan a Duquesne a utilizar sus conocimientos forenses para limpiar el lugar del crimen. Mientras Calleigh acata sus órdenes, deja una prueba oculta en el escenario con el fin de que sus colegas puedan localizarla. Por otro lado, Dan Cooper visita la sede el C.S.I. para entregar la tarjeta de memoria de la cámara de fotos de Calleigh con las imágenes que la forense tomó en el escenario del crimen de Kathleen Newberry. Tras acusarlo de alterar las pruebas y de ser el responsable de la desaparición de Duquesne, Delko arresta a Cooper.