Un cerdo de un buscador de trufas de West Virginia encuentra por accidente un cadáver en el bosque. El asesinato puede encajar en una centuria de feroz y vívida disputa entre las familias vecinas Babcock y Mobley, que un abogado de la familia había convertido recientemente en una interminable litigación. Los recursos naturales y el amor prohibido también podrían resultar cruciales. Sweets se encarga de interrogar por su cuenta mientras Booth está ocupado impidiendo que Bones persiga a todos los cuidadores de bebés, incluso a su propio padre.

El presunto asesino en serie Christopher Pelant, el genio de la informática, claramente espera evitar el juicio desacreditando por completo al equipo de Jeffersonian. Jugando con sus emociones, cada uno de ellos cae en una trampa para cometer errores innegables, a menudo ilegales, que conducen a su destitución como testigo e incluso a la suspensión de sus deberes, como le sucede a Booth. Ante las amenazas implícitas hacia la bebé Christine y las pruebas acumuladas en contra de Bones misma en el asesinato de su mentor detenido, el Dr. Ethan Sawyer, Max argumenta convincentemente que sería mejor que ella desapareciera hasta que se aclare el caso.

Meses después, Brennan sigue huyendo del FBI, después de ser incriminada por asesinato por Christopher Pelant. El equipo restante busca al verdadero asesino.

Se encuentra un cuerpo quemado. La víctima es un abogado de divorcios que tenía muchos clientes insatisfechos. Con Brennan de regreso a casa, ella y Booth tienen que adaptarse a vivir juntos. Tienen varias desacuerdos sobre las nuevas rutinas en casa.

El equipo identifica el cuerpo eviscerado de una mujer como co-propietaria de una tienda de compota de manzana natural. Hay una simetría en sus incisiones. Sweets ha estado viviendo en su oficina desde la ruptura con Daisy, así que Booth lo invita a quedarse con él y Bones.

The team talk to the deceased teenaged victim as if he is alive. A psychic visits and says the victim called her to help with the case. The boy's spirit affects everyone as they look for his killer.

Se encuentra asesinado un arqueólogo. Su laboratorio contiene restos antiguos de neandertales y Homo sapiens; estos son entregados a Clark para investigar. Brennan siente celos de tener que trabajar en el caso actual y no en el antiguo.

Después de que Hodgins y Angela fueran drogados y despertaran con un cadáver ensangrentado colgado en la cama y pétalos de flores alrededor de la cuna de su hijo Michael, se ven obligados a creer que Pelant ha vuelto para vengarse de Hodgins. Aunque Hodgins quiere ir tras Pelant directamente, Booth sabe que es mejor trabajar dentro del sistema y no ir en contra del protocolo. Mientras tanto, mientras el equipo de Jeffersonian investiga el cadáver, descubren que la víctima era un agente de las Fuerzas Especiales que trabajaba para el proveedor de mercenarios más grande del mundo, y Angela y Hodgins deciden iniciar una investigación sin el resto del equipo de Jeffersonian por el bien de su familia.

The Jeffersonian team investigates the remains of two bodies that were found at the same burial plot: one of a female cancer patient; the other, the doula who was guiding her through her grieving process with the illness. Meanwhile, with a spotlight on the case, Brennan and Booth start discussing their individual choices for after-death arrangements. Also, Daisy Wick returns for her first case after her break-up with Sweets.

Cuando Brennan es disparada mientras trabaja hasta tarde en el laboratorio de Jeffersonian, es llevada de urgencia al hospital en estado crítico. Mientras está en el hospital, lucha con visiones de su madre que desafían su lógica habitual. Mientras tanto, todas las pruebas sugieren que el atacante de Brennan puede estar relacionado con Jeffersonian.

El equipo de Jeffersonian investiga la muerte de Symchay Conteh, un joven cuyos restos fueron encontrados en un barril en una instalación de eliminación de residuos peligrosos. Descubren que la víctima era un inmigrante de Sierra Leona que trabajaba en varios empleos a tiempo parcial para salir adelante. Mientras tanto, a medida que el equipo profundiza en la investigación, Cam y Arastoo encuentran aún más difícil mantener en secreto su relación, y Brennan y Booth intentan decidir un destino de vacaciones.

When the Jeffersonian team investigates the death of a former Marine sergeant whose remains were found burned to a crisp, they discover that she was discharged after a fist fight with another Marine. When Booth and Sweets go to question the other Marine involved in the altercation, they learn that Deanna was obsessed with the idea of the apocalypse, which leads the team to a following of doomsday preppers who become key suspects in her death. Meanwhile, Sweets thinks he has landed his dream apartment but Brennan and Booth are not convinced that he will actually move out.

The Jeffersonian team investigates the murder of a TV producer. Meanwhile, Brennan has trouble accepting the fact that Christine might be an "average" child, when her daughter gets accused of biting another classmate. Then, Hodgins uses all of his tools at the Jeffersonian to chemically recreate Finn's (guest star Luke Kleintank) special hot sauce.

The Jeffersonian team investigates the murder of Jack Spindler, a successful employee at a brokerage firm by day, but a stripper by night. When the team learns how Spindler's moonlighting affected his personal life, they start to question the people closest to him, including his stripper friend, Storm. Meanwhile, Booth's mother shows up after a 24-year absence in his life and makes a special request of him.

Cuando el malvado genio de la tecnología Christopher Pelant regresa para jugar con el equipo de Jeffersonian en su nueva investigación, descubren que la serie de asesinatos que han estado ocurriendo están relacionados con agentes del FBI cercanos a Booth. Mientras tanto, a medida que avanza la investigación, Sweets se da cuenta de que las pruebas le resultan demasiado familiares y Brennan comienza a evaluar su relación con Booth cuando las señales comienzan a apuntar a él como un posible objetivo de Pelant.