Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Cuando una nave pesada tripulada por Leoben Conoy se acopla a bordo de la Demetrius, se forman confrontaciones entre la tripulación sobre la posibilidad de un alto el fuego con los rebeldes Cylon, mientras que Starbuck confía en un viejo enemigo.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

El Híbrido sigue saltando la nave basestar, y Roslin tiene visiones. Los tres, D'Anna, están desactivados. Humanos y Cylon se enfrentan en una batalla para destruir el Resurrection Hub. Baltar está gravemente herido y Roslin debe decidir si ayudarlo o no.

D'Anna exige que los cuatro Cylons de la flota sean enviados a la nave basestar. Solo Tory va, mientras que los otros tres son atraídos repentinamente hacia la Viper de Kara por la música. Finalmente se encuentra la ruta hacia la Tierra.