Después de que el Cylon interrogado le dio a Roslin la idea de que Adama podría ser un Cylon, Roslin se vuelve sospechosa de él. Inesperadamente, la esposa separada del Coronel Tigh, Ellen, aparece viva en la flota, aparentemente de manera milagrosa, planteando la posibilidad de que ella pueda ser un Cylon.

La Presidenta Roslin ha reconstruido un nuevo Quórum de Doce, el poder legislativo del gobierno, pero el líder terrorista/disidente político Tom Zarek es elegido como miembro, y de inmediato propone que el Quórum vote para nombrar a un nuevo Vicepresidente, y se postula para el cargo.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

Tigh tiene problemas con la responsabilidad de ser líder, la presidenta Roslin pierde el control sin chamalla. El equipo de Kobol descubre una batería Cylon.

La decisión de Tigh de imponer la ley marcial es protestada tanto en la flota como en la Galáctica. En Caprica, Helo y Starbuck se encuentran con otros humanos.

La periodista D'Anna Biers está haciendo un reportaje sobre el incidente Gideon, cuando Adama y Roslin le piden que filme la vida diaria en la Galactica.

A terrorist attacks and holds several key people hostage and threatens to murder them unless she is given the Cylon prisoner.

El grupo en Caprica está bajo fuego de los Cylons, pero de repente se detienen. Con solo los votos de una nave por contar, Roslin está muy rezagada en las elecciones.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

A figure from Adama's past returns to haunt him. His return raises questions about why the Cylons launched their initial attack against the Twelve Colonies.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

Hace dieciocho meses: Saul envenena a Ellen, quien luego se encuentra descargada en un nuevo cuerpo a bordo de una Nave Base Cylon, con un único Centurión vigilándola. Después del shock inicial, ella tiene una revelación al recordar cosas que había olvidado. Día de hoy: El Dr. Cottle está operando a Anders, quien tiene una bala alojada en su cerebro. Anders comienza a recordar cosas que había olvidado. Hace dieciocho meses: Cavil va a ver a Ellen, quien lo llama John, porque ese es su "verdadero" nombre. Cavil dice que odia ese nombre. John fue el primer modelo de Cylon que *Ellen* creó. También creó otros siete. Entonces, en realidad solo hay *ocho* modelos de Cylon y los "Cinco Finales" son en realidad copias de humanos que vivieron hace 2.000 años y, juntos, crearon la Resurrección, que les permitió a ellos y a los Cylons descargarse. El número siete, Daniel, era el favorito de Ellen. Celoso, John saboteó el proceso de usar la Resurrección en Daniel, haciéndolo único. John y Ellen comienzan un debate filosófico y ético de meses sobre la interacción entre Cylon y humano. John dice que comenzó el genocidio de la humanidad porque sus "antepasados del lado Centurión eran los esclavos de la humanidad". Y él quiere justicia por eso. Día de hoy: Anders le dice a Starbuck que ha visto "todo" y necesita que Kara traiga "a los demás" - Galen, Tory, Saul y Ellen - a su lado. Anders dice que recuerda todo y sabe por qué han llegado hasta la Tierra... Adama reincorpora a Tyrol como Jefe de Ingeniería. Tyrol comienza a inspeccionar los daños que Galactica ha sufrido durante su viaje. Pero él no está preparado para lo que encuentra y Adama no está preparado para lo que Tyrol sugiere como método de reparación.

Ellen and Boomer travel to the Galactica. Saul is entranced at the sight of his wife while Adama puts Boomer in the brig. Ellen is not so pleased when she learns that Caprica Six is pregnant by Saul. Her interference and jealousy leads Six to have a miscarriage. Sam Anders survived the operation but now seems to be brain dead. Ellen is disappointed that the Final Five cannot be completely reunited. By majority vote, the Five agree that they will go off on their own, leaving the Colonial Fleet behind. Adama has agreed to have the cracks in the Galactica's hull repaired using a Cylon living resin.

Kara conoce a un pianista que le recuerda a su padre. Intenta tocar una melodía que recuerda de su infancia, y un dibujo hecho por Hera la ayuda. Mientras tanto, Boomer será juzgada por traición. Tyrol toma su lado y la ayuda a escapar.

Con Hera ahora probablemente en manos de John Cavil, el Almirante Adama envía equipos de búsqueda para localizar La Colonia, el mundo natal de los Cylon, por así decirlo, que Ellen Tigh dice que es el único lugar donde imagina que podría estar. Adama llega a regañadientes a la conclusión de que la Galactica ha llegado al final de sus días. Ordena que se detengan todas las actividades de reparación y decide despojar la nave y compartir todo lo que se pueda salvar con el resto de la flota. Mientras tanto, Starbuck comparte con Gaius Baltar lo que encontró en la Tierra inhabitable. Él posteriormente - y de manera bastante pública - la proclama como un ángel.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.

A medida que los conflictos llegan a su punto culminante, los Cylons y los humanos se enfrentan a una elección crucial.

Hace dieciocho meses: Saul envenena a Ellen, quien luego se encuentra descargada en un nuevo cuerpo a bordo de una Nave Base Cylon, con un único Centurión vigilándola. Después del shock inicial, ella tiene una revelación al recordar cosas que había olvidado. Día de hoy: El Dr. Cottle está operando a Anders, quien tiene una bala alojada en su cerebro. Anders comienza a recordar cosas que había olvidado. Hace dieciocho meses: Cavil va a ver a Ellen, quien lo llama John, porque ese es su "verdadero" nombre. Cavil dice que odia ese nombre. John fue el primer modelo de Cylon que *Ellen* creó. También creó otros siete. Entonces, en realidad solo hay *ocho* modelos de Cylon y los "Cinco Finales" son en realidad copias de humanos que vivieron hace 2.000 años y, juntos, crearon la Resurrección, que les permitió a ellos y a los Cylons descargarse. El número siete, Daniel, era el favorito de Ellen. Celoso, John saboteó el proceso de usar la Resurrección en Daniel, haciéndolo único. John y Ellen comienzan un debate filosófico y ético de meses sobre la interacción entre Cylon y humano. John dice que comenzó el genocidio de la humanidad porque sus "antepasados del lado Centurión eran los esclavos de la humanidad". Y él quiere justicia por eso. Día de hoy: Anders le dice a Starbuck que ha visto "todo" y necesita que Kara traiga "a los demás" - Galen, Tory, Saul y Ellen - a su lado. Anders dice que recuerda todo y sabe por qué han llegado hasta la Tierra... Adama reincorpora a Tyrol como Jefe de Ingeniería. Tyrol comienza a inspeccionar los daños que Galactica ha sufrido durante su viaje. Pero él no está preparado para lo que encuentra y Adama no está preparado para lo que Tyrol sugiere como método de reparación.

Después de que el Cylon interrogado le dio a Roslin la idea de que Adama podría ser un Cylon, Roslin se vuelve sospechosa de él. Inesperadamente, la esposa separada del Coronel Tigh, Ellen, aparece viva en la flota, aparentemente de manera milagrosa, planteando la posibilidad de que ella pueda ser un Cylon.

Ellen and Boomer travel to the Galactica. Saul is entranced at the sight of his wife while Adama puts Boomer in the brig. Ellen is not so pleased when she learns that Caprica Six is pregnant by Saul. Her interference and jealousy leads Six to have a miscarriage. Sam Anders survived the operation but now seems to be brain dead. Ellen is disappointed that the Final Five cannot be completely reunited. By majority vote, the Five agree that they will go off on their own, leaving the Colonial Fleet behind. Adama has agreed to have the cracks in the Galactica's hull repaired using a Cylon living resin.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

La decisión de Tigh de imponer la ley marcial es protestada tanto en la flota como en la Galáctica. En Caprica, Helo y Starbuck se encuentran con otros humanos.

Con Hera ahora probablemente en manos de John Cavil, el Almirante Adama envía equipos de búsqueda para localizar La Colonia, el mundo natal de los Cylon, por así decirlo, que Ellen Tigh dice que es el único lugar donde imagina que podría estar. Adama llega a regañadientes a la conclusión de que la Galactica ha llegado al final de sus días. Ordena que se detengan todas las actividades de reparación y decide despojar la nave y compartir todo lo que se pueda salvar con el resto de la flota. Mientras tanto, Starbuck comparte con Gaius Baltar lo que encontró en la Tierra inhabitable. Él posteriormente - y de manera bastante pública - la proclama como un ángel.