Mientras Tyrol decide comenzar a construir un nuevo caza, el virus Cylon vuelve a hacer acto de presencia. Boomer dice que esto significa que se avecina un gran ataque Cylon.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

The Chief and his wife get trapped in an airlock on a routine maintenance job, while the Admiral copes with his wedding anniversary and the memories of his ex-wife.

Cuando el jefe de la planta de producción de combustible mantiene a la flota como rehén al proporcionar combustible inseguro, es arrestado por traición, lo que resulta en que el Jefe sea enviado al barco y sea responsable de poner en marcha nuevamente la planta.

El Almirante se ve obligado a tomar la decisión de si debe poner a Kara Thrace en tierra cuando comienza a mostrar signos de un inminente colapso nervioso.

Además de tener que lidiar con la pérdida de Kara Thrace, la tripulación de la Galáctica también está a cargo de la seguridad en torno al juicio del Dr. Baltar y su abogado defensor, quien está reemplazando a un abogado que ya ha sido asesinado.

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

D'Anna exige que los cuatro Cylons de la flota sean enviados a la nave basestar. Solo Tory va, mientras que los otros tres son atraídos repentinamente hacia la Viper de Kara por la música. Finalmente se encuentra la ruta hacia la Tierra.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.