Sydney Bristow, en apariencia una joven y normal estudiante, es en realidad miembro de 'La Agencia', un grupo donde se forman espías de alto nivel. Sydney es sometida diariamente a rigurosos entrenamientos en artes marciales e idiomas. 'La Agencia' le prohíbe desvelar su vinculación al grupo, pero ella le confía el secreto a su amigo Danny, confesión que acarreará graves consecuencias que harán que Sydney tome la decisión de abandonar definitivamente la red. Jack, el padre de Sydney, le hace ver que 'La Agencia' es realmente una red mundial de espías con temibles intenciones. Buscando venganza, Sydney ingresa en la CIA para convertirse en una doble agente y poder así ayudar a otros miembros a dejar 'La Agencia', decisión que en su día también fue tomada en secreto por Jack.

Sydney empieza a trabajar en la CIA y, poco después, conocerá al agente Vaughn por el que sentirá una innegable atracción. El principal objetivo de Sydeny es destruir 'La Agencia' pero Vaughn le enseñará que 'La Agencia' es simplemente una pequeña cedula y que en realidad pertenece a un grupo superior y de ese es del que tienen que ocuparse.

Sloane envía a Dixon y Sidney a Madrid con la misión de robar una caja de seguridad que contiene un dibujo de lo que parece ser un código dibujado a finales del siglo XV por Milo Ramaldi. El código se compone de dos partes. La Agencia SD-6 necesita el segundo dibujo para completar el código. Sidney descubre que Anna Espinosa, miembro de una agencia rival rusa posee la caja de seguridad. Después de una intensa riña, Sidney consigue la caja pero Anna tiene la llave para abrirla. Por este motivo, Sloane acuerda una cita entre Anna y Sidney. Cuando por fin consiguen abrir la caja, las dos agentes se horrorizan ante el ensordecedor sonido que se emite desde el interior de la caja.

Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6. Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa. Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.

Sydney logra escapar de los guardaespaldas de Sawari que quieren atraparla porque ha presenciado cómo un equipo sanitario implanta una bomba en el marcapasos de un orador. Dixon roba una ambulancia y, mientras son perseguidos, intenta extraer el dispositivo explosivo. Lamentablemente, Jacbnoud lo activa antes de que pueda terminar la intervención. Will, el amigo de Sydney que investiga la muerte de Danny, ha descubierto que el vuelo no viajaba a Hong Kong sino a Singapur. Además, Kate Jones, la mujer que se sentaba a su lado, tampoco se subió a dicho avión. Will se cita con la misteriosa joven, que admite que mantuvo un romance con Danny. Para sorpresa de ella, Will la informa de que, según la seguridad social, lleva muerta desde 1973.

Sydney está aturdida tras conocer la muerte de cuatro agentes de la CIA en una explosión. Además se entera de que su padre, Jack, no trabajará más tiempo a su lado en el SD-6 y que el accidente que causó la muerte de su madre estaba relacionado con la actividad como espía de su padre. Por todo ello, comienza a sospechar de las intenciones de Jack y pide consejo a Michael, que es la única persona que la puede escuchar. Marshall descubre que la red informática de la CIA tiene una infiltración. Mientras Francie vuelve a quedar con su novio y descubrirá para su tranquilidad que sus intenciones que no tienen nada que ver con lo que ella creía. Por otro lado, Will descubre la identidad de la mujer que declaró haber conocido a Danny antes de su muerte.

Sydney es secuestrada en un psiquiátrico de Bucarest, Rumanía, tras encontrar a otro agente del SD-6 muerto. Los secuestradores quieren interrogarla para saber si recibió información de un hombre, Shepard, que está interno en el psiquiátrico con un cuadro de amnesia que le impide recordar su pasado. Sydney intenta que Shepard colabore con ella para huir y así lograr la información que necesita para la misión. Pronto descubrirá que este hombre está relacionado con un hecho importante de su vida. Por otra parte, Jack se sincera con su hija y le explica su verdadera implicación con la muerte de su madre hace veinte años. Mientras en Los Ángeles, Will sigue investigando la muerte de Danny y descubre que hay otro asesinato relacionado e intenta que este caso sea publicado, aunque tendrá cierta oposición de su jefa. Y a la vuelta a casa de Sydney, Francie tiene preparada la cena de Acción de Gracias, para celebrarlo juntas.

Sydney viaja a la universidad de Oxford tras la pista de otro de los misteriosos inventos de Rambaldi. Un extraño reloj que es una pista más de su rompecabezas, para conseguirlo tendrá que enfrentarse con Ana Espinosa que también esta en Oxford. Los problemas de Sydney no terminan con Ana. Sloan ha colocado a un agente para que la vigile y controle. El SD6 sabe que tiene un topo entre sus filas y encontrarlo es prioritario para la división de seguridad. Sydney tiene que enfrentarse a un sofisticado detector de mentiras para convencer a Sloan de que ella no es el agente doble. El agente Vaughn de la CIA ayuda a Sydney a superar el detector de mentiras pero no consigue disipar todas las sospechas que sobre ella existen. Un exploración meticulosa del reloj de Rambaldi revela que combinándolo con otro de los objetos rescatados por Sydney muestra una carta astral de un determinado lugar a una hora precisa. Ese lugar es una montaña entre Argentina y Chile. Sydney viaja con Dixon para investigar el lugar pero allí les está esperando Ana.

Ana irrumpe en la operación de Argentina sorprendiendo a Dixon y a Sydney. Ana desparece con el diario de Rambaldi dejando a Dixon herido, Sydney consigue salir del pozo y cuando encuentra a Dixon herido no tiene otro remedio que pedir ayuda a la CIA aunque esté en una misión del SD6. Sydney trata de encubrir el rescate de la CIA pero en el SD6 desconfían de ella aunque superara el detector de mentiras. Sloan decide enviar a Sydney a la Toscana, quiere tender una trampa para descubrirla: filtra a la CIA una orden de ejecución contra ella para que estos intervengan, pero Jack, el padre de Sydney conoce demasiado bien a Sloan como para dejarse engañar. Tras Toscana Sydney viaja a Ginebra a retirar unos fondos en una misión del SD6, la contra-misión de la CIA es que lleve un trasmisor indetectable que no conseguirá serlo para el SD6.

El SD6 trata de minimizar los riesgos tras la filtración del agente doble. Retienen a Sydney para torturarla e interrogarla. Sloan hace creer a Sydney que su compañero Russeck también es sospechoso de ser un agente doble, Sloan espera que Sydney ante el sufrimiento de un compañero se desplome y confiese todos los datos que le ha dado a la CIA. Jack Bristow tiene que actuar nada más enterarse de la situación de su hija. Sin posibilidad de que la CIA le ayude logra por sus propios medios salvar a su hija. Sydney con la confianza ganada de nuevo frente a Sloan. La nueva misión de Sydney es viajar a Kenia para descubrir la nueva identidad de Hassan, un traficante de armas. Jack debe viajar a Cuba para encontrarse con Hassan y matarlo, pero esa es la misión del SD6, la CIA lo quiere vivo para conseguir su lista de clientes.

Vaughn se reencuentra con Sydney después de la misión de Cuba y le comunica que ha descifrado el código Cyrillic gracias a unos libros que pertenecían a su madre. El código fue escrito por la KGB y contenía los nombres de agentes de la CIA que fueron asesinados. Vaughn y Sydney están convencidos de que Jack colabora con la KGB, pero Sidney tendrá que viajar a Grecia para obtener más información. Poco después, Vaughn confiesa a Sydney que entre los agentes de la CIA asesinados se encontraba su propio padre. Sydney se encuentra confundida y trastornada, y busca la calidez del abrazo de Will Tippin. Por otra parte, Hassan informa a Vaughn que el paquete que están buscando está escondido en un almacén de misiles abandonado en la isla de Creta. Música:

Un nuevo grupo de espías consigue introducirse en el SD-6, saltándose los sistemas de seguridad, y gracias al armamento que poseen se hacen con el control del edificio. Cuando Sydney entra en el SD-6 se encuentra con Jacks en el ascensor, quien aprovecha la situación para advertir a Sydney de que Sloane está planeando matarla si en algún momento intenta huir de la organización. Mientras mantienen esta conversación, el ascensor se detiene bruscamente. Cuando escuchan las alarmas en todo el edificio se dan cuenta de que esto sólo puede significar una cosa: alguien ha irrumpido en el edificio. Sydney y Jack consiguen escapar del ascensor y cuando llegan al sótano del edificio descubren que los intrusos han capturado a un importante número de rehenes. Entre ellos se encuentra Sloane.

Sydney descubre una carta escrita por su padre en la que le advierte de la caótica situación que se le avecina. Después de que Sloane active la alarma de seguridad y se abra el sótano SD, se desencadenará una fuerte explosión. Sydney debe desactivar tres cargadores antes de que los intrusos puedan averiguar el código de seguridad del sótano y se produzca la detonación. Por otro lado, los intrusos toman a Dixon como rehén, pero éste consigue despistarles y ponerse en contacto con la CIA, explicado el peligro que corre. Vaught recibe el mensaje de Dixon y, en contra de lo que dictan las órdenes oficiales, decide ir a ayudarle. En el SD-6 se reúne con Sydney y juntos consiguen desactivar el primer cargador. A continuación, se dividen para inutilizar los dos cargadores que aún están escondidos.

La nueva misión de Sydney y Dixon les conduce hasta la ciudad de Las Vegas, donde deberán infiltrar, en secreto, un mecanismo con el que espiar a uno de los agentes del K-Directorate. Pero antes de marcharse, Sydney descubre que Charlie, su prometido, y su compañera de piso, Francie, han mantenido una relación amorosa al mismo tiempo que ella salía con Charlie. Descubrir esto repercutirá en la nueva misión de la agente. Por su parte Sloane, haciendo uso de un micrófono oculto, ha descubierto el lugar exacto en el que se encuentra el K-Dictorate y envía a Sydney y a Dixon a Rusia para que espíen a dichos grupos. Sydney acepta la proposición, sabiendo de antemano que hará todo lo posible para transmitir la información a Vaughn.

Tras llegar al SD-6 con el vídeo en el que aparece registrado el encuentro entre Mr.Sark y K-Directorate, la siguiente misión de Sydney y Dixon les conduce a Túnez. Allí deberán recuperar el manuscrito Rambaldi para que no llegue a manos de Sark. Sydney accede al yate en el que se encuentra escondido el manuscrito y, tras dominar a los agentes del K-Directorate, consigue hacerse con el manuscrito Rambaldi. Al regresar, Vaughn, conocedor de la buena relación que existe entre Sydney y Emily, la mujer de Sloane, plantea a la agente que utilice dicha relación para entrar en casa de Sloane y colocar un micrófono. Sydney, a pesar de sentirse incómoda con la idea de aprovecharse de ella, decide aceptar la proposición.

En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi. Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR. Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.

El oficial Kendall y el resto de su equipo del FBI retienen a Sydney para interrogarle. Su objetivo es obtener información sobre su pasado y su relación con la profecía Rambaldi. Sydney, presionada por los agentes, se ve en la obligación de confesar cómo entró a formar parte del SD-6 tras su entrenamiento en el Credit Dauphine. Explica, también, cómo descubrió la verdad sobre el SD-6 gracias a su padre, algo que le llevó a unirse con la CIA y que le convirtió en un agente doble. Por su parte, Jack advierte a Vaughn de que Sydney perderá la protección que ahora tiene, por parte del SD-6, si permanece demasiado tiempo retenida por los miembros del FBI. Jack elabora entonces un plan para liberarla y demostrar su inocencia.

El padre de Sydney le dice a ésta que cree que su madre aún está viva. Ahora Sydney está determinada a encontrarla y decide hablar con Sloane para que le ayude, a pesar de la oposición de su padre. Mientras el SD-6 encarga a Sydney una investigación sobre un agente de la KGB, Khasinau, y recuperar un microchip con información relevante. En esta misión Sydney se encuentra con su ex-novio Noah Hicks, también agente del SD-6. Por otra parte, WIll se prepara para recibir un premio por su trabajo. Y Francie comienza a dudar sobre las actividades de Sydney.

La CIA descubre que el Directorio K ha contratado a un asesino a sueldo para que se encargue de Kashinau, ya que Shark, el asesino del jefe del Directorio K, trabajaba para él. La relación entre Noah y Sydney sigue en marcha y él quiere dejar el SD 6 y huir con Sydney a un lugar donde no puedan encontrarlos. El Chip electrónico rescatado de Rusia revela nuevos datos sobre la madre de Sydney, Irina, una agente encubierta soviética con una misión: Ganarse la confianza de Jack Bristow y sonsacarle toda la información posible. La prioridad de La CIA y el SD 6 es hallar a Kashinau esté dónde esté, pero un asesino, el temible "Hombre de Nieve", puede llegar antes que ellos.

Sydney descubre trágicamente que la identidad que se esconde tras el "Hombre de Nieve" no es otra que la de su compañero Noah. Kashinau no ha muerto y continúa siendo un objetivo prioritario de la CIA. El agente Vaughn y Sydney urden una trampa para hacer que Kashinau se acerque a ellos pero lo operación se complica cunado el SD 6 descubre el plan. La enfermedad de Emily, la esposa de Sloan, parece en su fase Terminal. Los médicos estiman que le quedan pocas semanas de vida y a Sloan le está afectado el proceso. En un momento de sinceridad, Emily, revela a Sydney que conoce el verdadero trabajo de su marido. La sección de seguridad debe intervenir siguiendo el protocolo.

La operación de la CIA para capturar a Shark es abortada por el SD 6. Vaughn desobedece las órdenes por salvar a Sydney y su acción hace que Shark caiga en manos del SD 6. Sloan está centrando todos sus esfuerzos por salvar a su mujer y amenaza con dejar la organización si su mujer es asesinada. El SD 6 utiliza a Shark para tender una trampa a Kashinau, Sydney y Dixon viajan a París para capturarlo pero la operación sufre un importante imprevisto. Will recibe una misteriosa llamada de teléfono que le informa que su secuestrador fue Jack Bristow.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.

Sydney atada a una silla tiene enfrente a Alexander Khasinau (Derrick O'Connor) que la trae la comida, aunque ella no quiere comer, ella quiere preguntarle cosas pero él piensa que debería hacérselas a su jefe porque él no es “el hombre”. “El hombre” es Irina Derevko (Lena Olin), su madre, a la que Syney daba por muerta hace ya 20 años y a la que conocía por Laura Bristow. Pero sin recuperarse de ver a su madre esta le dispara en un brazo intentando sacarle información sobre quien la había enviado. Syd habla de ello con la psicóloga y le narra como pudo escapar de aquel infierno aunque no entiende que hace allí contando aquello mientras Vaughn está desaparecido. Tras ser herida por su madre se deshizo de una silla de aluminio no reforzado a la que estaba atada gracias a golpearla contra una llave de paso de agua; luego escapó de su encierro y pudo contactar con su padre quien pudo extraerla de Taipei. Will Tippin está con su padre y sigue sin comprender lo que le pasa y quien es la gente que creía conocer. Además ha de enfrentarse al hecho de que Arvin Sloane (Ron Rifkin) quiere matarle al hacerse público el artículo de Will que narraba el asesinato del prometido de Syd y los entresijos del SD-6. Francie (Merrin Dungey) la llama toda preocupada por Will y Syd intenta quitarle importancia ya que Will está a su aldo, aunque esto no se lo pueda contar, sin embargo su padre Jack se pone manos a la obra y convence a Sloane de que le permita arreglar el problema de Will ya que matarlo sólo daría una publicidad que no les interesa.

Sydney comienza a cuestionarse si su madre está intentando ayudarla o matarla. Después de entregarse a la CIA, Irina rechaza hablar con alguien que no sea su hija pero Sydney no quiere ver a su madre. Es enviada a una nueva misión para recuperar un cd-rom que contiene la información comprometida que Irina (Lena Olin ) utilizó para sus chantajes, pero algo sale mal y el disco cae en las manos equivocadas. Irina asegura que quiere ayudar Syd a recuperar el disco, y durante una tensa visita, ella explica sus motivos: derrotar Arvin Sloane, la SD-6 y la Alianza, justamente lo que Syd desea. Mientras eso ocurre, Sydney tiene que decidir si el gesto de buena voluntad de su madre es sincero o sólo una tentativa de matar a su hija. Sloane recibe informaciones de un chantajista que pueden dejar la SD-6 y que puede ser una oportunidad para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie (Merrin Dungey ) hablando con un hombre de dudosa reputación. Y Sloane se hace miembro oficial de la Alianza de los Doce.

Sydney tendrá que engañar su mayor enemigo, Sark, en la tentativa de encontrar una pieza crucial de un satélite militar ruso. Sydney descubre que la cámara que robó era un prototipo y que la Agencia Espacial Asiática va a lanzar la cámara real. Su misión es cablearla para que el SD-6 pueda hacerse con las imágenes que proporciona la cámara. .Mientras eso pasa, Jack se reencuentra con la madre de Sydney por primera vez en casi 20 años, intentando impedir que ella continúe trabajando con Syd. Will finalmente conoce a Vaughn, que pide la ayuda sobre la misión de Taipei. Y Sloane está asombrado por la muerte de su mujer, que tal vez no esté tan muerta como él creía.

Arvin Sloanen se preocupa por una llamada que ha recibido hasta tal punto que ordena a Jack que se encargue del tema y el envía a que Marcus R. Dixon (Carl Lumbly) la investigue. Mientras Syd le cuenta que la caja de música esta en manos de Sark (David Anders) pero que no podrá utilizarla porque ha sido destruida, aunque más tarde los restos son recuperados en un refugio de Sark junto con un hombre, Claus Richter (Jim Hanna), en muy mal estado por una suero inyectado por el propio Sark. Se trata de un hombre que trabaja para la madre de Syd, Irina, y que fue el encargado de esconder la Biblia que Irina había conseguido en Barcelona; pero existe un mapa para recuperarla. Sydney tras ser rescatada del hielo y ya en las oficinas del SD-6 recibe la misión de viajar hasta Moscú para recuperar el mapa que está escondido en una biblioteca militar. El mapa revela que la Biblia está en Madagascar

Irina ha comunicado que el edificio a asaltar esta limpio, sin explosivos ni sistemas antiintrusos pero Jack no se fía de su exmujer. Syney es enviada a Madagascar a recuperar la Biblia junto con Vaughn mientras Jack se ocupa de la tapadera de Syd. Pero Syd encuentra explosivos, que habían sido puestos por orden de su padre y cree que su madre le ha mentido. Sydney testifica ante un tribunal de la CIA donde ha de contar lo que ocurrió en Madagascar, explicando que su madre la había engañado para que ella cayera en una trampa y sólo gracias a su padre pudo salvar la vida. Ambos se reconcilian. En Viena, el contacto austriaco del SD-6 muere tras haberles informado del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney viaja a Hungría con la misión de fotografiar las armas escondidas en una oficina en Budapest. Allí descubre que las armas son niños a quienes están adiestrando militarmente.

Will habla con Vaughn porque necesita un trabajo y tras lo que ha pasado nadie le da trabajo ya que tiene antecedentes por una drogadicción que nunca existió. Vaughn lo ve difícil, pero puede pagarle por investigar para él. El primer trabajo es una lista de preguntas que necesita saber si han figurado en algún test de estudiantes en los últimos años. Sydney y Jack se encuentran en el hospital en Ginebra haciéndose pasar por padre e hija de una familia de alta posición. Saben que Sark realiza allí experimentos con un virus mortal y ellos intentan conseguir una muestra utilizando como tapadera un transplante de riñón y para ello tienen un dispositivo, realizado por Marshall J. Flinkman (Kevin Weisman), que han de utilizar en el quirófano para que lance un anestésico que les permita librarse del transplante, tiene 15 minutos ya que ese es el tiempo que estarán inconscientes. De vuelta, Sydney debe evitar la muerte de su madre.

Vaughn está infectado y desesperado, tanto que acude a Irina para que le ayude pero esta no quiere hacerlo a menos que él le confiese lo que siente por su hija Syney y si está enamorado de ella. . Will le habla a Syd del trabajo que hace para Vaughn y que en su búsqueda en los test estudiantiles le faltan todos los datos de 1982. Entonces ella le habla de la operación llamada “Proyecto navidad” que había desarrollado su padre y servía para ver que niños se podían reclutar y para eso la inteligencia rusa envió a su madre. Se cree que aún se utiliza por la inteligencia rusa para reclutar americanos. Syd al enterarse por su madre que el antídoto está en Palinski (Estonia), en una antigua base para submarinos nucleares, viaja hasta allí. La base esta dirigida por las autoridades locales pero Syd sabe que aunque lo encuentre puede no salvarle la vida a Vaughn porque ha de ser un antídoto especifico para la sangre del paciente. Cuando va a Estonia es capturada por Sark (David Anders) y este le propone un trato que Syd acepta. Su vida a cambio de que colabore con el para apresar a Sloane. Pero no se trata más que otra trampa de Sark para introducirse en el SD-6.

La alianza de Sark con el SD-6 pone de forma repentina a Sydney en una situación en la que corre el riesgo de ser descubierta como agente doble. Ella se ve obligada a participar en su plan, hasta que su alianza con Sloane pone numerosas armas nucleares en manos equivocadas. Ahora, sólo Irina tiene la clave para desentrañar los planes de Sark, pero ella se niega a cooperar.

Sydney debe actuar como pacificadora en la lucha de sus combatientes padres por recuperar una serie de armas nucleares que han caído en manos equivocadas. Pero cuando los Bristow se infiltran en un complejo militar abandonado, los problemas familiares quedan en un segundo plano frente a un cambio de lealtades, sorprendentes revelaciones y un descubrimiento Rambaldi que podría cambiar todo para siempre.

Will (Bradley Cooper) se siente un hombre nuevo por su nueva colaboración con la CIA. Irina (Lena Olin) parece sincerarse con su hija Sydney, se arrepiente de su paso por el KGB y por haber abandonado a su familia. Por otro lado, Sloan comienza a desconfiar debido a los repetidos fracasos operativos del SD6. Sark es su primer sospechoso de traición. Echelon es una complicada red de espionaje mundial. El SD6 ha decidido que es necesario acceder a ella. Si lo hace, tendrá la misma capacidad de inteligencia que la CIA. El chantaje al que está sometiendo Sloan ha despertado los recelos de Arianna (Faye Dunaway), jefa de la contrainteligencia de la Alianza. Jack Bristow es su principal sospechoso.

Cuando Sydney descubre que Marshall ha sido secuestrado, lucha contra un despiadado Sloane para liberarlo. Mientras tanto, la CIA hace todo lo posible por impedir que el SD-6 acceda a un sistema de seguridad de alto secreto y Jack se da cuenta de que la única persona que puede ayudarles es Irina.

Kane (Faye Dunaway) ordena la caza y captura del padre de Sydney, Jack Bristol (Victor Garber). Sin embargo, y a pesar de los planes de Kane, Jack consigue huir, aunque su regreso al SD6 es invitable. Por otro lado, Sydney (Jennifer Garner) y Michael (Michael Vartan) viajan a Francia a desarrollar una misión. Lo que no saben es que el SD6 ha hecho seguir a Sydney y han confirmado su encuentro con una agente de la CIA. Jack necesita averiguar la razón por la que Kane quiere eliminarlo, para ello debe solicitar la ayuda de mujer Irina.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Tras la muerte de una joven agente de la CIA, todas las sospechas recaen inmediatamente sobre su compañero y amante, el agente Jim Lennox. Sin embargo, tras ser liberado por Sydney, ella empieza a ver que entre ellos existe una conexión más estrecha al tener heridas similares y haber perdido a alquien que querían debido a su trabajo. Pero su opinión empieza a cambiar cuando Vaughn y Jack descubren que Lennox iba detrás de una tecnología que permitía a la gente cambiar su apariencia. Ahora Sydney se pregunta: ¿Es éste el verdadero Jim Lennox o su doble?.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) vuelve a sentirse presionada por el SD-6, pese a vivir uno de los días más importantes de su vida. La joven espía acaba de terminar sus estudios de postgrado y quiere celebrarlo por todo lo alto. No en vano, Sydney se plantea abandonar la Agencia de Inteligencia, pero el subdirector Kendall (Terry O'Quinn) le advierte que si deja la CIA no podrá seguir viendo a su madre. Además, Sloan (Ron Rifkin) le confiesa a Sydney que conocía su condición de agente doble y le advierte que no se entrometa en sus planes si no quiere que su vida se convierta en un infierno. Por otro lado, Marshall (Kevin Weissman) y Dixon (Carl Lumbly) viven momentos intensos después de descubrir la verdad sobre el SD-6. Marshall consigue adaptarse a su nuevo puesto, pero Dixon se siente traicionado y su mujer le empuja a dejar la vida de agente secreto.

Cuando Sloane se apodera de una terrorífica arma, Sydney se ve obligada a pedir ayuda a un traicionado y herido Dixon. Pero cuando su ex-compañero se niega a ayudarla, a ella no le queda otra opción que llevar a cabo la misión en solitario.

Arvin Sloane (Ron Rifkin) y sus secuaces se desplazan a Rusia para robar a un traficante de armas la llave de la caja de seguridad que custodia un importante manuscrito de Rambaldi. La madre de Sydney, Irina Derevko (Lena Olin), considera que puede ayudar a la CIA a recuperar el manuscrito. Para ello deben dejarla en libertad y permitirle reunirse con uno de sus contactos en posición de darle el manuscrito. El plan es que Sloan quiera reunirse con Irina y comprarle el manuscrito. Cuando lo haga un equipo de Fuerza Delta le atrapará.

Sydney es informada sobre la fuga de su madre. La CIA ha decidido ascender a Jack de forma que pasa a ocupar el cargo del subdirector Kendall. Jack Bristow es el agente mejor capacitado para capturar a su esposa Irina Derevko. Aunque Jack accedió a quitarle a Irina el localizador aprovechó su momento romántico para implantarle un localizador pasivo. Jack localiza a Irina en la Toscana italiana. El servicio de contraespionaje de la Agencia desconfía del agente Michael Vaughn: se ha estado reuniendo sin autorización con agentes del KGB.

El agente Caplan continúa desparecido y los datos apuntan a que Sloan le mantiene retenido. Sloan está conmocionado por la muerte de su esposa y clama venganza a cualquier precio. Activa a su espía Francie que logra engañar a Will para acceder a un ordenador de la CIA. Por su parte, Sydney decide hablar con la esposa de Caplan para lograr conocer algún dato sobre el paradero del Agente. Su sorpresa es mayúscula cuando descubre que es una agente del KGB con la misión de enamorar a un operario de la CIA y acceder a secretos oficiales.

Sydney (Jennifer Garner) y Dixon (Carl Lumbly) deben viajar a Panamá para localizar a Di Rengo, un poseedor de información vital sobre Rambaldi. Cuando Sydney lo localiza descubre sorprendida que han extirpado y robado su corazón. Dixon está pasando malos momentos tras la muerte de su esposa. El agente Vaughn (Michael Vartan) le ha visto tomar pastillas y teme que alivie su dolor con drogas. Mientras tanto Sloan (Ron Rifkin) viaja muy lejos de Los Ángeles, al Tibet, donde espera reunirse con Conrad (David Carradine), un enigmático monje tibetano que inició a Sloan en la profecía de Rambaldi.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) se sentirá una vez más traicionada por los que considera sus amigos. Y es que, tras arrestar a Will Tippin (Bradley Cooper) acusado de espionaje, la joven agente comenzará a cuestionarse la identidad de Will. Francie (Merrin Dungey), que ya había informado a su contacto Sark (David Anders) de que Will era sospechoso para la CIA, decide reforzar su tapadera. Para ello, usa un láser para modificar la retina de Will de forma que parezca que se trata del segundo doble del proyecto Hélice. El peso de la CIA cae sobre un Will desconcertado. Tras ser detenido por la CIA, Sark ordena que sea eliminado.

La agente Sydney Bristow (Jennifer Garner) se enfrenta por fin a su madre Irina Derevko (Lena Olin), algo que la joven espía lleva tiempo persiguiendo. Irina cumple con su parte del trato y suministra a la CIA la información genética del segundo doble surgido del proyecto Hélice. Will (Bradley Cooper) por su parte investiga los archivos relacionados con el proyecto Navidad y descubre que una joven fue activada como espía y asesina hace pocos años. Irina se pone en contracto con la CIA y les informa sobre la ubicación del almacén donde Sloan (Ron Rifkin) guarda todos sus inventos.

Sloan (Ron Rifkin) ha convencido a la CIA para trabajar como agente doble junto con la agente Sydney Bristow (Jennifer Garner). El primer trabajo que llevan a cabo está relacionado con un científico inventor de un sistema capaz de anular todas las protecciones del sistema armamentístico ruso. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige hacia Milán para recoger su nueva documentación. Sydney y Vaughn (Michael Vartan) viajan a Italia para capturar al científico. Sark y Allison también están en Italia.

El equipo de salvamento organizado por Jack cumple a la perfección su cometido y Sydney está a salvo. Con la nueva información conseguida, Jack y Sydney viajan al lugar marcado por las coordenadas ocultas y encuentran una caja con una desagradable sorpresa. En el intento por recuperar la memoria de Sydney, Sloan advierte de la existencia de un Doctor especializado en técnicas de recuperación de memoria. Vaughn, Jack y Sydney visitan al Doctor Brezzel (David Cronenberg), el excéntrico neurólogo profesor de Yale que puede sacar a Sydney de la oscuridad de sus últimos dos años.

Sydney (Jennifer Garner) ha conseguido acceder a sus recuerdos perdidos. Su memoria es caprichosa: Will (Bradley Cooper) y su padre Jack (Victor Garber) aparecen en ellos. Sydney sufre un problema con el cóctel de drogas usado y el doctor Brezzel (David Cronenberg) se ve obligado a sacar a Sydney de su estado. Los recuerdos recuperados conmocionan a Sydney que está decidida a contactar con Will aunque tenga que sacarle del programa de protección de testigos. Sydney viaja a Wisconsin donde Will se ha convertido en un obrero de la construcción.

Sydney y Jack intentarán detener a Irina y Sloane para que no lleven a cabo su maléfico plan.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Sloan (Ron Rifkin) ha convencido a la CIA para trabajar como agente doble junto con la agente Sydney Bristow (Jennifer Garner). El primer trabajo que llevan a cabo está relacionado con un científico inventor de un sistema capaz de anular todas las protecciones del sistema armamentístico ruso. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige hacia Milán para recoger su nueva documentación. Sydney y Vaughn (Michael Vartan) viajan a Italia para capturar al científico. Sark y Allison también están en Italia.

Tras la muerte de una joven agente de la CIA, todas las sospechas recaen inmediatamente sobre su compañero y amante, el agente Jim Lennox. Sin embargo, tras ser liberado por Sydney, ella empieza a ver que entre ellos existe una conexión más estrecha al tener heridas similares y haber perdido a alquien que querían debido a su trabajo. Pero su opinión empieza a cambiar cuando Vaughn y Jack descubren que Lennox iba detrás de una tecnología que permitía a la gente cambiar su apariencia. Ahora Sydney se pregunta: ¿Es éste el verdadero Jim Lennox o su doble?.

La nueva misión de Sydney y Dixon les conduce hasta la ciudad de Las Vegas, donde deberán infiltrar, en secreto, un mecanismo con el que espiar a uno de los agentes del K-Directorate. Pero antes de marcharse, Sydney descubre que Charlie, su prometido, y su compañera de piso, Francie, han mantenido una relación amorosa al mismo tiempo que ella salía con Charlie. Descubrir esto repercutirá en la nueva misión de la agente. Por su parte Sloane, haciendo uso de un micrófono oculto, ha descubierto el lugar exacto en el que se encuentra el K-Dictorate y envía a Sydney y a Dixon a Rusia para que espíen a dichos grupos. Sydney acepta la proposición, sabiendo de antemano que hará todo lo posible para transmitir la información a Vaughn.

Sydney Bristow, en apariencia una joven y normal estudiante, es en realidad miembro de 'La Agencia', un grupo donde se forman espías de alto nivel. Sydney es sometida diariamente a rigurosos entrenamientos en artes marciales e idiomas. 'La Agencia' le prohíbe desvelar su vinculación al grupo, pero ella le confía el secreto a su amigo Danny, confesión que acarreará graves consecuencias que harán que Sydney tome la decisión de abandonar definitivamente la red. Jack, el padre de Sydney, le hace ver que 'La Agencia' es realmente una red mundial de espías con temibles intenciones. Buscando venganza, Sydney ingresa en la CIA para convertirse en una doble agente y poder así ayudar a otros miembros a dejar 'La Agencia', decisión que en su día también fue tomada en secreto por Jack.