Sydney ha despertado en Hong Kong sin tener las más remota idea de cómo ha llegado allí. Su conmoción aumenta al descubrir que ha estado desaparecida más de dos años. Todo ha cambiado. Vaughn se ha casado, Dixon es el nuevo jefe de operaciones y su Padre ha sido confinado en una remota isla bajo el control de la CIA por haber establecido contacto con Irina, la Madre de Syd y la sexta persona más buscada por el gobierno de los Estados Unidos.

Dos científicos bajo la protección de la CIA han sido secuestrados. Sydney debe participar en la operación y averiguar cuales son las exigencias del grupo: la libertad de Sark. Sydney no termina de adaptarse a su nueva situación, Dixon aconseja a Sydney que acuda a un grupo de ayuda formado por agentes de la CIA que han vivido en tiempo perdido. Jack visita a Sloan, el nuevo director de la Organización Mundial de la Salud.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) se alía una vez más al agente Michael Vaugh (Michael Vartan) para impedir que Julian Sark (David Anders) destruya el satélite nacional de comunicaciones. La joven espía, que viajará con Eric Weiss (Greg Grunberg) a Méjico para interceptar a Sark, descubre durante las investigaciones que Julian ha conseguido las fotos de una secreta instalación, sede de una compañía científica rusa cuyo presidente es amigo del malvado Arvin Sloane (Ron Rifkin). Por otro lado, el Consejo de Seguridad Nacional (NSC) quiere hallar a la asesina de Lazarev, puesto que eso le dará más pistas sobre la Coalición. Sin embargo, sólo Sydney y su padre Jack (Victor Garber) conocen la identidad de la asesina: Sydney Bristow. No obstante, Jack está dispuesto a hacer cualquier cosa para que no la identifiquen y no se descubra la verdad.

Sydney (Jennifer Garner) siente que debe contarle a la CIA que ha descubierto que ella es la asesina de Lazarev. Su padre Jack (Victor Garber) consigue disuadirla, ya que si confesara la verdad se tendría que exponer a pruebas médicas muy peligrosas. Paralelamente, la propia Sydney debe infiltrarse en una organización de ladrones profesionales contratados para hacerse con una peligrosa variante del virus ébola. La misión conduce a Sydney a España, donde debe robar una cepa del virus de unos laboratorios de Zaragoza

Sydney alerta a Los Ángeles de la delicada situación de Vaughn y de que el intercambio del virus es inminente. La CIA consigue localizar a su agente herido gracias al localizador que Sydney consiguió implantarle. Sydney debe recuperar el virus antes de que sea utilizado pero fracasa. El virus es utilizado para rescatar a un preso de una cárcel africana.

Sloan (Ron Rifkin) ha convencido a la CIA para trabajar como agente doble junto con la agente Sydney Bristow (Jennifer Garner). El primer trabajo que llevan a cabo está relacionado con un científico inventor de un sistema capaz de anular todas las protecciones del sistema armamentístico ruso. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige hacia Milán para recoger su nueva documentación. Sydney y Vaughn (Michael Vartan) viajan a Italia para capturar al científico. Sark y Allison también están en Italia.

Sydney (Jennifer Garner) y Sloan (Ron Rifkin) se ven obligados a realizar una misión juntos: deben volar hasta China y recuperar un objeto importante. A la vuelta del viaje Sloan le entrega a Sydney un sobre cerrado con un código y una llave. La letra es indudablemente la de Sydney.

El Consejo de Seguridad Nacional (NSC) decide hacerse con el control de la Fuerza de Operación Conjunta y captura a Sydney Bristow (Jennifer Garner) por el asesinato del diplomático ruso Lazarey. Para ello, el NSC releva del mando a Dixon (Carl Lumbly). Ante este suceso, Jack (Victor Garber) y Vaughn (Michael Vartan) no tienen más remedio que aliarse con Sloan (Ron Rifkin) y tramar un rescate. Mientras tanto, las cosas para Sydney cada vez son más complicadas. La joven agente está sufriendo duras pruebas en la prisión y pretenden someterla a una arriesgada operación para que recupere la memoria.

El equipo de salvamento organizado por Jack cumple a la perfección su cometido y Sydney está a salvo. Con la nueva información conseguida, Jack y Sydney viajan al lugar marcado por las coordenadas ocultas y encuentran una caja con una desagradable sorpresa. En el intento por recuperar la memoria de Sydney, Sloan advierte de la existencia de un Doctor especializado en técnicas de recuperación de memoria. Vaughn, Jack y Sydney visitan al Doctor Brezzel (David Cronenberg), el excéntrico neurólogo profesor de Yale que puede sacar a Sydney de la oscuridad de sus últimos dos años.

Sydney (Jennifer Garner) ha conseguido acceder a sus recuerdos perdidos. Su memoria es caprichosa: Will (Bradley Cooper) y su padre Jack (Victor Garber) aparecen en ellos. Sydney sufre un problema con el cóctel de drogas usado y el doctor Brezzel (David Cronenberg) se ve obligado a sacar a Sydney de su estado. Los recuerdos recuperados conmocionan a Sydney que está decidida a contactar con Will aunque tenga que sacarle del programa de protección de testigos. Sydney viaja a Wisconsin donde Will se ha convertido en un obrero de la construcción.

El Departamento de Investigaciones especiales (DIE) irrumpe en la Agencia y se hace con la custodia del artefacto de Rambaldi. Sydney frustrada por la pérdida de competencias se va a casa pero allí alguien le dispara un dardo tranquilizante. Syd se despierta dentro de un avión en pleno vuelo, su compañero de viaje es Kendall que en realidad no es subdirector del FBI, trabaja para el DIE y sabe lo que le pasó a Sydney durante su cautiverio.

La CIA prepara una operación en territorio hostil, Corea. Un miembro del Pacto quiere desertar y Sydney y Vaughn son los encargados de sacarle del país. Lauren trabaja ahora muy cerca del Pacto y suministra información que les capacita para lanzar un ataque con misiles sobre el avión de la CIA. Sydney y Vaughn logran salir con vida del aparato pero aun no están a salvo. Jack, desde Los Ángeles, contacta con Irina para que ayude a su hija. Irina, entonces, envía a Katia, interpretada por Isabella Rosellini.

La CIA conoce la ubicación del escondite de una agenda con información vital para el Pacto. Se encuentra en una casa con un sistema de seguridad con respuesta letal. La oportunidad de la CIA pasa por contactar con Toni Cumming, a la que da vida la actriz Vivica A. Fox, creadora del sistema. Sark viaja a Rusia para reunirse con el que es su nuevo contacto con la coalición: McKenas Cole que encarna

Dixon sospecha de la existencia de un topo dentro de la Agencia e inicia investigación interna para encontrarlo. La misión de Sydney (Jennifer Garner) es viajar a Canadá con Vaughn (Michael Vartan) e infiltrarse en un ordenador para saber dónde se encuentra una peligrosa bomba de nueva generación. Lauren alerta a Sark y ambos se desplazan a Canadá para frustrar los planes de Sydney. Mientras tanto en Zurich, Sloane sigue a Barnett y le confiesa su secreto: desde hace más de veinte años vive con el remordimiento de haber traicionado a su amigo Jack Bristow al tener una aventura con Irina, la madre de Sydney.

Sydney ha de enfrentarse a Daniel Ryan, un experto en explosivos y terrorista irlandés creador de una nueva generación de bombas que la CIA tratará de vender al Pacto. Dixon decide organizar una operación de captura, pero de tal manera que parezca que es el Pacto quien le tiene cautivo. Ryan, por su parte, intenta asesinar a Sark colocando una bomba en un avión que es desactivada finalmente entre Vaughn y Sark. En el episodio aparece como estrella invitada Griffin Dune (Mi Chica, Frasier) en el papel de Leonid Lisenker.

Sark (David Anders) es retenido por las fuerzas de seguridad francesas y extraditado a los Estados Unidos. Sydney (Jennifer Garner) y Vaughn (Michael Vartan) esperan a pie de pista el aterrizaje de su avión, pero no llega. Mientras, el senador George Reed (Raymond J. Barry, Ley y Orden, CSI) ha sido enviado para dirigir la operación. Se trata del padre de Lauren Reed, la esposa de Vaughn y también agente doble del Pacto y la CIA. Finalmente, Sark aterriza en el desierto y escapa, asesinando a los guardias y secuestrando a los hijos de Dixon (Karl Lumbly). George Reed no quiere negociar con terroristas, pero Jack sugiere que se abran las negociaciones para ganar un poco de tiempo. Por otro lado, Sloane y Barnett deciden terminar su relación.

Vaughn y Sydney están en México. Allí un contacto tiene información sobre un mapa que conduce a un objeto del rompecabezas de Rambaldi. Con la ayuda de un satélite localizan el objeto y envían a Sydney y a Vaughn a recuperarlo. Sloane (Ron Rifkin) esperando su ejecución, para tratar de salvar su vida, facilita a la CIA la información que les permite llegar hasta el mapa. A Vaughn le asaltan dudas respecto a su matrimonio con Lauren por la llegada de Sydney. Sark organiza un plan en el que Lauren debe matar a su padre para que Vaughn vuelva con ella por lástima. Finalmente, Lauren no es capaz de pulsar el gatillo, aunque una inesperada aliada le hace el trabajo sucio.

La CIA trata de buscar información sobre un pasajero, y Dixon lo hace interrogando al cautivo Sloan, pero el prisionero sólo está dispuesto a hablar con Jack. Por su parte, Marshall descubre que un nuevo y peligroso virus está afectando toda la red de Internet, parece un ataque de un terrorista cibernético. Sydney y Vaughn, por último, viajan a Berlín para capturar al pirata informático, pero Laureen también está allí y su misión es sabotear la misión de la CIA.

Jack trata de interrogar a Irina sobre el pasajero, pero ésta desaparece. Sark busca la misma información que Jack pero lo hace en el Tibet donde busca a Conrad (David Carradine). Por otro lado, Vaughn, Jack y Sydney se reúnen discretamente para confirmar la traición de Laureen Reed. Deben comportarse como si nada pasara que Laureen no sospecha y puedan atraparla en el momento oportuno. Vaughn y Sydney tratan de recuperar a Conrad de las manos de Sark, cuando le encuentran Sydney recibe una información que la trastorna, el pasajero es su hermano.

Sydney, por fin, descubre la verdadera trama que envuelve la muerte y resurrección de Sloan. A lo largo del episodio la joven espía averigua con la ayuda de Sloan la ubicación del Pasajero: un hospital psiquiátrico en Chechenia. Mientras tanto Vaughn recibe una llamada. Se trata de Brill, un veterano agente de la CIA compañero de su padre que tiene algo que contarle: su padre murió por proteger al Pasajero

Nadia está en poder de Sloan, que la usa para conseguir un mensaje de Rambaldi. La CIA intenta localizar a Nadia y Katya Derevko (Isabella Rosellini) les ayudará en su búsqueda. Katya les cuenta que cuando Irina regresó de Estados Unidos a Rusia fue apresada bajo los cargos de espía y dio a luz a Nadia en la cárcel. Otro de los contactos que utilizará la CIA en su búsqueda será Toni Cummings (Vivica A. Fox), la especialista en sistemas de seguridad que ha diseñado uno a Sloan. Jack, trastornado por la situación del agente Vaughn, le da un consejo: debe eliminar a su esposa o el tormento de su traición le acompañará hasta la muerte.

Sydney con una actitud muy extraña ha entrado en la Rotonda, se dirige al despacho de Marshall e inicio la copia del código Rambaldi. Cunado Marshall la descubre dispara sobre él iniciando una huida salpicada de fuego y explosiones. Sloan consigue infiltrarse en casa franca de la CIA donde su hija Nadia está custodiada, consigue hablar con ella y le indica donde se esconde con la esperanza de que ella acuda a él. Vaughn sigue tras la pista de Laureen Reed lo que permite a la CIA acercarse a Sark.

Mientras Nadia está en coma, Sark entra en la organización para ayudarles a infiltrarse en el Frente Revolucionario de Cadmus y recuperar la bomba, pero a cambio pide ver el cuerpo de Lauren y que Vaughn abra el ataúd para él. Nadia sería la única persona con la inteligencia necesaria para interceptar la bomba, así que Jack es forzado para despertar prematuramente a Nadia del coma, poniendo en peligro su vida, lo que no le hace gracia a Sloane cuando se entera.

La CIA conoce la ubicación del escondite de una agenda con información vital para el Pacto. Se encuentra en una casa con un sistema de seguridad con respuesta letal. La oportunidad de la CIA pasa por contactar con Toni Cumming, a la que da vida la actriz Vivica A. Fox, creadora del sistema. Sark viaja a Rusia para reunirse con el que es su nuevo contacto con la coalición: McKenas Cole que encarna

Dixon sospecha de la existencia de un topo dentro de la Agencia e inicia investigación interna para encontrarlo. La misión de Sydney (Jennifer Garner) es viajar a Canadá con Vaughn (Michael Vartan) e infiltrarse en un ordenador para saber dónde se encuentra una peligrosa bomba de nueva generación. Lauren alerta a Sark y ambos se desplazan a Canadá para frustrar los planes de Sydney. Mientras tanto en Zurich, Sloane sigue a Barnett y le confiesa su secreto: desde hace más de veinte años vive con el remordimiento de haber traicionado a su amigo Jack Bristow al tener una aventura con Irina, la madre de Sydney.

Vaughn y Sydney están en México. Allí un contacto tiene información sobre un mapa que conduce a un objeto del rompecabezas de Rambaldi. Con la ayuda de un satélite localizan el objeto y envían a Sydney y a Vaughn a recuperarlo. Sloane (Ron Rifkin) esperando su ejecución, para tratar de salvar su vida, facilita a la CIA la información que les permite llegar hasta el mapa. A Vaughn le asaltan dudas respecto a su matrimonio con Lauren por la llegada de Sydney. Sark organiza un plan en el que Lauren debe matar a su padre para que Vaughn vuelva con ella por lástima. Finalmente, Lauren no es capaz de pulsar el gatillo, aunque una inesperada aliada le hace el trabajo sucio.

El Consejo de Seguridad Nacional (NSC) decide hacerse con el control de la Fuerza de Operación Conjunta y captura a Sydney Bristow (Jennifer Garner) por el asesinato del diplomático ruso Lazarey. Para ello, el NSC releva del mando a Dixon (Carl Lumbly). Ante este suceso, Jack (Victor Garber) y Vaughn (Michael Vartan) no tienen más remedio que aliarse con Sloan (Ron Rifkin) y tramar un rescate. Mientras tanto, las cosas para Sydney cada vez son más complicadas. La joven agente está sufriendo duras pruebas en la prisión y pretenden someterla a una arriesgada operación para que recupere la memoria.

La CIA trata de buscar información sobre un pasajero, y Dixon lo hace interrogando al cautivo Sloan, pero el prisionero sólo está dispuesto a hablar con Jack. Por su parte, Marshall descubre que un nuevo y peligroso virus está afectando toda la red de Internet, parece un ataque de un terrorista cibernético. Sydney y Vaughn, por último, viajan a Berlín para capturar al pirata informático, pero Laureen también está allí y su misión es sabotear la misión de la CIA.

Sydney alerta a Los Ángeles de la delicada situación de Vaughn y de que el intercambio del virus es inminente. La CIA consigue localizar a su agente herido gracias al localizador que Sydney consiguió implantarle. Sydney debe recuperar el virus antes de que sea utilizado pero fracasa. El virus es utilizado para rescatar a un preso de una cárcel africana.

Sydney (Jennifer Garner) y Sloan (Ron Rifkin) se ven obligados a realizar una misión juntos: deben volar hasta China y recuperar un objeto importante. A la vuelta del viaje Sloan le entrega a Sydney un sobre cerrado con un código y una llave. La letra es indudablemente la de Sydney.

El equipo de salvamento organizado por Jack cumple a la perfección su cometido y Sydney está a salvo. Con la nueva información conseguida, Jack y Sydney viajan al lugar marcado por las coordenadas ocultas y encuentran una caja con una desagradable sorpresa. En el intento por recuperar la memoria de Sydney, Sloan advierte de la existencia de un Doctor especializado en técnicas de recuperación de memoria. Vaughn, Jack y Sydney visitan al Doctor Brezzel (David Cronenberg), el excéntrico neurólogo profesor de Yale que puede sacar a Sydney de la oscuridad de sus últimos dos años.

El Departamento de Investigaciones especiales (DIE) irrumpe en la Agencia y se hace con la custodia del artefacto de Rambaldi. Sydney frustrada por la pérdida de competencias se va a casa pero allí alguien le dispara un dardo tranquilizante. Syd se despierta dentro de un avión en pleno vuelo, su compañero de viaje es Kendall que en realidad no es subdirector del FBI, trabaja para el DIE y sabe lo que le pasó a Sydney durante su cautiverio.

Sydney con una actitud muy extraña ha entrado en la Rotonda, se dirige al despacho de Marshall e inicio la copia del código Rambaldi. Cunado Marshall la descubre dispara sobre él iniciando una huida salpicada de fuego y explosiones. Sloan consigue infiltrarse en casa franca de la CIA donde su hija Nadia está custodiada, consigue hablar con ella y le indica donde se esconde con la esperanza de que ella acuda a él. Vaughn sigue tras la pista de Laureen Reed lo que permite a la CIA acercarse a Sark.